FastQC インストール

次世代シーケンサーが出力するリードのクオリティチェックするプログラム。
下記のサイトからダウンロードしてインストールします。

Babraham Instituite
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

Javaで書かれているので、Javaランタイム環境（JRE）がインストールされているか確認します。

java -version

バージョンが表示されればインストールされている。
表示されなかったら、下記のコマンドでインストールする。

sudo apt install default-jre

もう一度Javaのバージョンを確認

java -version

下記のような表示があれば、OK!
openjdk version "11.0.9.1" 2020-11-04
OpenJDK Runtime Environment (build 11.0.9.1+1-Ubuntu-0ubuntu1.20.04)
OpenJDK 64-Bit Server VM (build 11.0.9.1+1-Ubuntu-0ubuntu1.20.04, mixed mode, sharing)

Babraham Instituiteからダウンロードせず、wgetでダウンロードするなら
下記のコマンドで

sudo wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.9.zip

ダウンロードする場所を指定し忘れたので、/usr/local/へコピー

sudo cp fastqc_v0.11.9.zip /usr/local/

解凍して

sudo unzip fastqc_v0.11.9.zip

fastqcのパーミッションを変えて、実行権限を与える。

sudo chmod +x FastQC/fastqc

lnコマンドでシンボリックリンクを作成
（ln -s リンク元 登録名）

sudo ln -s /usr/local/FastQC/fastqc /usr/local/bin/

バージョンを確認

fastqc -v

FastQC v0.11.9

インストール完了