「新型コロナウィルスの発生源がアメリカ」というツイートのソース論文を翻訳してみた。

2月29日、Twitterでこんなのがツイートされバズってました。

新型コロナウイルスの遺伝子解析の最新の研究から分かった事

・ゲノムの変異状況から見ると、人為的に作られたものではない
・最初の発生源は武漢ではないどころか、中国ではない
・変異元を辿ると、過去アメリカで小規模に流行ったコロナウイルスが源である可能性が大きい

遺伝子配列は嘘をつかない pic.twitter.com/PTHTB4rUqo

— Sakai 🌐📲 CreaScien, Inc. (@sakai_web) February 28, 2020

ホントか？と思ってソースの論文を読んでみました。結構長め＆専門用語多めなのでちゃんと読んだ人は少ないと思われるので、ざっくり翻訳してみました。

ちなみに、私はコロナウィルスどころか生物に関しては全くの専門外なので悪しからず。

ソースはこちら（サムネの画像もこちらより引用）：Decoding evolution and transmissions of novel pneumonia coronavirus (SARS-CoV-2) using the whole genomic data

まずは、内容まとめ。忙しい人は最後だけ読んでも良いかも。

・ゲノム解析したよ（具体的にはハプロタイプ解析）

・COVID-19が拡散したのはWuhan（武漢）なのは確か

・でも、発生源はWuhan（武漢）-Hua Nan market（華南市場）だけじゃないかも

・感染ルートを遡れたのは12月8日まで

・ヒト-ヒト感染が始まったのは11月中旬から下旬かもしれない

・最初に特定された患者はWuhan由来だった

・潜伏期間が24日以上になるのはごくわずかのケース

・COVID-19はまだ進化し続けている

・最初の感染者はHua Nan marketじゃなかったかも？

・発生源はアメリカ？

以下、論文の内容をざっくり翻訳しました。引用部分は論文での順序と異なりますが、ご容赦ください。

ゲノム解析

解析手法については私は専門外なのでよくわかりませんが、ハプロタイプ解析という手法を行ったようです。

ウィルスは感染を繰り返すうちにゲノムを変異させていくみたいですが、「変化を辿っていけば元のウィルスまでたどり着ける」みたいな解釈ですかね。

映画「アウトブレイク」でも同じような感じで発生源を特定する描写がありましたね。発生源を特定してオリジナルの遺伝情報がわかればワクチンが作れるっぽいです。

だから、この論文でやってる発生源を特定するのは重要っぽいです。

COVID-19が拡散したのはWuhan（武漢）である

論文では、「新型コロナが拡散したのはWuhanである」と言っています。

It is evident, however, that the Hua Nan market boosted SARS-CoV-2 transmission to humans at an early stage of the pneumonia outbreak in Wuhan, after which it spread rapidly with infected travelers to the whole of China and to other countries.

まぁこれは一般的な見方と一致するので、特に驚くことはないですが、問題は次の部分。

ウィルスの発生源はHua Nan marketだけじゃなさそう

the Hua Nan market has not been confirmed as the single source of SARS-CoV-2 transmission to humans and other possible original sources of SARS-CoV-2 have not been identified in Wuhan yet.

この部分、結構重要だと思うんですが、「Hua Nan marketはSARS-Cov-2（COVID-19）の唯一の発生源かどうかはまだわからない」「そして、Wuhan内で可能性がある他の発生源も特定できてない」と書いてあります。

遡れたのは12月8日まで

An earlier expansion date could be traced back to 8 December 2019. Genomic evidence did not support the Hua Nan market as the birthplace of SARS-CoV-2.

ここでは拡散が始まった日は12月8日までは遡れたと書いてあります。そして、ここでも「ゲノム解析によればHua Nan marketは発生源ではないことを示している」と書いてあります。

ちなみに、こんなことも書いてあります。

The market was closed on 1 January 2020, making it very difficult to identify the intermediate animal vectors of SARS-CoV-2. In the absence of information on potential intermediary reservoirs, the origin and transmission pattern of SARS-CoV-2 are still unresolved.

「The market (Hua Nan marketのこと)は2020年1月1日に封鎖されたせいで、ゲノムを辿るのが難しくなった」「発生源と（ゲノムの）変異パターンはいまだに未解明である」

最初に特定された患者はWuhan由来だった

the first infected individuals identified in other provinces and regions of China, and other countries, during January 2020, have been assumed to have been infected in Wuhan or through contact with people from Wuhan.

この部分の続きにはこうあります。

For example, the first identified infected patient and his four family members from Shenzhen visited Wuhan between Dec 29, 2019 and Jan 4, 2020, and the first identified infected patient in the United States visited family in Wuhan and returned to Washington State on January 15, 2020.

「最初の患者は2019年12月29日から2020年1月4日までWuhanに滞在していたShenzhenの家族5人だった。」「また、アメリカで最初に特定された患者はWuhanを訪れ、その後2020年1月15日にワシントンに戻った。」

潜伏期間が24日以上になるのはごくわずかのケース

Although the incubation period can be over 24 days, there was only one case of this out of 1099 observations.

「潜伏期間が24日を超えたのは1099の観測結果から1件だけだった」らしいです。潜伏期間は長くても24日以内というのは間違いなさそうですね。一般的には14日とか言われてますが・・・。

続けてこんなことも書かれてます。

It therefore looks as if SARS-CoV-2 is still undergoing stable evolution.

「SARS-CoV-2（COVID-19）はまだ安定した進化の途中っぽい」

最初の感染者はHua Nan marketの人じゃなかったかも？

As the first identified infected patients had no link to the market,11 it is possible that infected humans transmitted SARS-CoV-2 to workers or sellers in the market, after which it rapidly circulated there.

この文章の前後はハプロタイプ解析の話がいろいろ書いてあるのでわかりにくいですが、「最初に特定された感染者はthe market (Hua Nan market)に関係ない人だったが、その人からマーケット関係者に広まった可能性がある。」

発生源はアメリカ？

ツイートに端を発してここまで調べましたが、最後に肝心の部分に触れておきたいと思います。

そのためには「Where are the original sources from?」の部分を注意深く読む必要があります。素人にはわかりにくすぎましたが、なんとか解読してみたのでまとめます。論文に添付されたfigも合わせてみると参考になります。

・解析に用いられたハプロタイプのうち重要なのはH1、H3、H13、H38

・H3を中心として、H3→H1、H3→H13、H3→H38と拡まっていったのではないか

・H13は最初に特定されたShenzhenの5つの患者サンプルからしか見つかってない（最初に紹介した家族も含まれる）

・H13はなぜかWuhanでは拡散しなかった（もしくはまだゲノム解析が終わってないのでわからないだけかも）

・H13はWuhanで拡散しなかったものの、その派生ハプロタイプがこれまたなぜか日本（H52、H53）とアメリカ（H38）のサンプルから発見された（ここを読み違えるとアメリカが発生源！？となってしまいそう。もしそうだとしたら、日本も発生源の可能性がw）

・H13の派生元と考えられるH3がH1に変異、さらにHua Nan marketで変異してH2となり超拡散（これが一般的に認知されているoutbreak）

・可能性が高そうなのは、まずHua Nan marketとは関係ないところで誰かが（H3に？）感染し、その人がマーケットを訪れてマーケットの誰かに感染させた（H1→H2→・・・と変異）。そして、密集したマーケットで一気に拡散した。

・ただし、Wuhanが閉鎖されてしまったためにサンプルがないので、確かなことはわからない

とりあえずこんな感じだと思われます。論文を読む限り、発生源がアメリカとは1ミリも書いてないですね。「どうやらH3が今のところ遡れる一番古い、つまり発生源、もしくは発生源に一番近いハプロタイプなのでは？」くらいです。

H3→H13→H38と派生していったと思われるハプロタイプはアメリカのサンプルからしか発見できなかったと書いてありますが、それはまぁ納得ですね。この感染者がH38持ちの最初の一人だとしたらWuhanからワシントンに帰るまでに色んなところに寄らない限り、H38は出現しないでしょう。

H3→H13→H53→H52と派生したと思われるハプロタイプも同じく日本のサンプルからしか発見されてません。これもアメリカのH38と同じ理由っぽいです。チャーター便で帰国した人のサンプルっぽいですね（全く確証はないけど）。

こう考えるとH3→H13、H3→H38のルートは妥当かもしれないですね。

間違ってたらぜひコメント欄でご指摘ください。