TCIAからがん研究用の医用画像を取得する方法【初心者向けガイド】
がん研究に必要な医用画像を簡単に入手できる「The Cancer Imaging Archive(TCIA)」をご存じですか?TCIAは、がん研究のために医用画像を無償で提供している公開データベースです。
歴史的経緯については詳しくないのですが、「The Cancer Genome Atlas (TCGA) 」という約33種類のがんについて、ゲノム解析データを中心に情報が蓄積されているデータベースがあり、TCIA はTCGA の分子データと対応する画像データを収集し、リンクしています。これにより、分子レベルと画像レベルのデータを統合して解析(いわゆるRadiogenomics解析)することが可能になります。
この記事では、初心者の方向けに、TCIAからデータを検索・ダウンロードする手順を分かりやすく解説します。
1. TCIAウェブサイトへのアクセス
最初に、TCIAの公式ウェブサイト(こちら)にアクセスしてください。トップページにはデータに関する情報や検索ツールへのリンク(「ACCESS THE DATA」)が用意されています。「ACCESS THE DATA」のボタンをクリックしてください。
2. データセットの閲覧
TCIAで利用可能なデータセットを見るには、トップページの「Access The Data」セクションから「Browse Collections」をクリックします。
• コレクション一覧の確認
各データセット(コレクション)は、疾患の種類(例:肺がん、乳がん)、画像モダリティ(例:CT、MRI)、解剖学的部位(例:胸部、脳)で分類されています。興味のあるコレクションを選ぶと、詳細情報や関連する臨床データを確認できます。
3. 画像データの検索
特定の条件で画像を絞り込みたい場合、「Search Radiology」ツールを利用します。
1. フィルター設定
左側にあるフィルターオプションで、以下を設定できます:
• 画像モダリティ(例:CT、MRI)
• 解剖学的部位(例:胸部、脳)
2. 検索結果の確認
条件に該当する画像シリーズが一覧表示されます。
3. 詳細の確認
気になる画像シリーズをクリックすると、詳細情報を確認できます。
4. 画像データのダウンロード
TCIAの画像データをダウンロードする際は、必要な画像セットにチェックを入れる(カートに追加)→ マニフェストファイル(「manifest-xxx.tcia」というような「.tcia」という拡張子のあるファイル)のダウンロード→「NBIA Data Retriever」という専用ツールを使用して画像取得、という手順になります。
ステップ1:ダウンロードするデータの選択
各画像シリーズの横にあるカートアイコンをクリックし、必要なデータをダウンロードリストに追加します。
ステップ2:マニフェストファイルの取得
ページ上部にある「Download」ボタンをクリックして「Download Cart」を選択。これにより、マニフェストファイル(例:manifest-xxx.tcia)がダウンロードされます。
ステップ3:NBIA Data Retrieverのインストール
初めて利用する場合は、「Get NBIA Data Retriever」リンクから、お使いのOSに対応するバージョンをダウンロードしてインストールしてください。
MacOSの場合はAppStoreにアプリが用意されているので、AppStoreで「NBIA Data Retriever」で検索してアプリをダウンロードしてください。
(このアプリ自体は何も操作できません!.tciaファイルをクリックした際に裏で動いてくれるソフトになります。)
ステップ4:データのダウンロード
ダウンロードしたマニフェストファイルをダブルクリックすると、自動的にNBIA Data Retrieverが立ち上がります。
保存先を指定してダウンロードを開始します。
おわりに
TCIAはがん研究をサポートする貴重なリソースです。今回ご紹介した手順を参考に、ぜひデータを活用してみてください!初心者の方でも簡単にデータ検索やダウンロードができるようになるはずです。
TCIAを使って新しい研究に挑戦しましょう!