人類が様々な惑星に植民地を築いていた未来。なぜか人類を皆殺しにしようとする宇宙人連合軍〈コヴナント〉の侵略を受けて人類が絶滅寸前になる。改造手術で肉体を強化した超人兵士からなる特殊部隊スパルタンが実戦に投入され戦果を挙げたがほとんどは死んでしまった。