Qiime2を使った微生物叢の解析（その６）

サンプル中で観察されたOTUsの数

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime diversity alpha --i-table table-20180220_Kazusa.qza --p-metric observed_otus --o-alpha-diversity observed_otus_vector.qza

observed_otus_vector.qzaファイルをqzvファイルに変換。

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime metadata tabulate --m-input-file observed_otus_vector.qza --o-visualization observed_otu_vector.qzv

Tableをブラウザで表示。

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime tools view observed_otu_vector.qzv

同様に、shannon指数などもTableとして出力できます。

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime metadata tabulate --m-input-file core-metrics-7118-results/shannon_vector.qza --o-visualization shannon.qzv

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime tools view shannon.qzv

rooted-tree.qzaやunrooted-tree.qzaは、以下のサイトにファイルをアップロードすることによって可視化することができます。

https://itol.embl.de