Qiime2を使った微生物叢の解析（その５）

2018年3月8日 10:34

Taxonomy解析

ここでは、silva-119-99-515-806-nb-classifier.qzaに対してTaxonomy解析を行う。

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier silva-119-99-515-806-nb-classifier.qza --i-reads rep-seqs-20180220_Kazusa.qza --o-classification taxonomy-20180220_Kazusa.qza

＊Mac上で半日-3日程度かかります。
＊qiime2-2019.4以降ではfeature-classifier classify-sklearnがバージョンアップされた為、silvaなどのqzaも最新のファイルを再ダウンロードしたものを用いてください。

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime metadata tabulate --m-input-file taxonomy-20180220_Kazusa.qza --o-visualization taxonomy-20180220_Kazusa.qzv

＊ qiime metadata tabulateコマンドで時々エラーが出て以下のメッセージ等が表示されることがあります。

here was an issue with viewing the artifact taxonomy-
20180220_Kazusa.qza as Qime2 Metadata:
   CategoricalMetadataColumn does not support strings with leading or
 trailing whitespace characters: '
D_0__Bacteria;D_1__Chlorobi;D_2__Chlorobia;D_3__Chlorobiales;D_4__OP
B56;D_5__uncultured bacterium '

この場合は、metadata.tsvファイルにスペースやアプリケーションで予約語として使用されている文字が含まれている場合や空白スペースが含まれているので、metadata.tsvファイルを書き換えて再度 qiime feature-table summarizeから実行してみてください。無視してBar plotsを可視化できる場合もあります。

最後に、Bar plotsとして可視化します。

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime taxa barplot --i-table table-20180220_Kazusa.qza --i-taxonomy taxonomy-20180220_Kazusa.qza --m-metadata-file 20180220_Kazusa-metadata.tsv --o-visualization taxa-bar-plots-20180220_Kazusa.qzv

(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime tools view taxa-bar-plots-20180220_Kazusa.qzv

Barplotがブラウザで表示されればOK。
OTUsのデータをcsvで出力保存して解析を行うことも可能です。

補足：
葉のサンプルでは、葉緑体が多いためOTUsの多くがCyanobacteriaとしてカウントされてしまうことがあります。これはfilterで除くことができます。

以下のサイトを参照

$ qiime feature-table filter-features --i-table my-feature-table.qza --m-metadata-file my-taxonomy-metadata.tsv --p-where "Taxon NOT LIKE '%Cyanobacteria%'" --o-filtered-table feature-table-sans-cyanobacteria.qza

$ qiime taxa barplot –i-table feature-table-filtered-without-Cyanobacteria.qza –i-taxonomy taxonomy.qza –m-metadata-file my-taxonomy-metadata.tsv –o-visualization taxa-bar-plots.qzv

その他、/20180112/ や /core-metrics-7118-results/ フォルダに保存されたqzvファイルをqiime tools viewコマンドを使ってブラウザで表示すると、様々な解析結果を見ることができます。

demux.qzv - シーケンスとクオリティの概要
table.qzv - フィーチャー（OTU）
rep-seqs.qzv - 代表配列
jaccard_emperor.qzv - Jaccard 指数（類似度距離）
bray_curtis_emperor.qzv - Bray-Curtis 指数（類似度距離）
unweighted_unifrac_emperor.qzv - Unweighted UniFrac （質的距離）
weighted_unifrac_emperor.qzv - Weighted UniFrac （量的距離）
faith-pd-group-significance.qzv - 試料グループ間の系統学的多様性
evenness-group-significance.qzv - 試料グループ間の均等度
unweighted-unifrac-body-site-significance.qzv - 試料グループ間の類似度検定
taxonomy.qzv - フィーチャーの系統分類
taxa-bar-plots.qzv - 試料の系統構成比率

続く

Qiime2を使った微生物叢の解析（その５）

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