pymol 色分け

タンパクの特定の原子を球で表示 → 実験で得られた値を使って色分け

NMRとかの実験で得られた何らかのパラメータを使って蛋白質の原子レベルでの色分けがしたい.

まずは色々やる前に全体の色をGrays → White にしてしまう.
ついでにcartoon表示を少しシュッとさせたい.
oval ヘリックス
rect ストランド
length 横幅
with 厚み
loop_radius ループ部分の半径

set cartoon_oval_length, 1
set cartoon_oval_width, 0.2
set cartoon_rect_length, 1.3
set cartoon_rect_width, 0.25
set cartoon_loop_radius, 0.15
set ray_shadow, off

※ 自分はいま小さな球状蛋白質を表示しており, ストランドが細いと何だかスカスカになってしまって迫力が無いのでこれくらいにしてみた.

特定の原子を球で表示
アミドプロトンを選ぶ.

select 10/H   #10番目の残基のアミドプロトン
select name H #全てのアミドプロトン

GUIの(sele)のSからspheresを選ぶ.

以下の方が簡単.

show spheres,  10/H
show spheres,  10/HE1 
#HE1はトリプトファン側鎖インドールのNH.
#一度sequenceから残基を選んでsticksを表示したあとに目的の原子をマウスで選ぶと原子の名前がreturnされてくる.
#この辺はpdbファイルの中に色々書いてある.

球の大きさを指定.

set sphere_scale, 1.0 #「, 10/H」を付け足すと10番目の残基のアミドプロトンをselect.

ここからは(sele)から色を選ぶ感じでしょうか？