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続・Jupyter notebookでRを使おうとして、試行錯誤した結果。

猫と人間が付属している眼鏡

先日のnoteでは、上手くいった話をしましたが、その翌日に上手くいきませんでした。

嘆いても仕方が無いので、試行錯誤をおこないました。

迷走していますが、同じように困った方（将来の自分を含む）の参考になればと思います。

あと、キチンと調べられていないのですが、上手くいった仮想環境を別パソコンに移行すれば良いのでは無いかとも思います（今度試す）。

RStudioのインストールをクリックすると詰まる。

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ここでinstallをクリックしましたが、早速

ResolvePackageNotFound:
- anaconda==2019.07=py37_0

というエラーが出現。なぜだ。

Google先生に相談した結果、下記noteに行き着きました。

このnoteを参考にしながら、Anaconda Promptで下記のコマンドを実行。

conda install anaconda

今度こそいけるだろう。RStudioインストールをクリック。

この環境では使えません。

うまく行きそうだったのに、再度エラーが出現。

rstudio==1.1.456 cannot be installed on this environment.
Do you want to install the package in an existing environment or create a new environment?

ああ、これはアレだ。この前見た奴だ。
しかし、この前は、Jupyter Notebookの更新で対応できたのに。
今回は、Jupyter Notebookは最新版なんだが…

再度、Google先生に相談だ。今度は、下記ページに行き着きました。

このページの「Install Rstudio」を参考にしながら、Anaconda Promptでコマンドを実行しました。

conda install r-essentials
conda install -c r rstudio

これでうまく行くと良いのですが…

Rでの操作でエラーが出る。

RStudioのインストールは上手くいったようでした（希望）。あとは、R側でコマンドを打ち込んでやれば、上手くいくはずです。

前のnoteでも書いたように、Rでは下記のコマンドです。

install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon', 'pbdZMQ', 'devtools', 'uuid', 'digest'))
install.packages('IRkernel')
IRkernel::installspec()

しかし、今回は「IRkernel::installspec()」について、

Error in loadNamespace(name) :
‘IRkernel’ という名前のパッケージはありません

というエラーが出現しました。何故なのか。

気にしながらも、Jupyter Notebookを起動

エラーが出現しましたが、そろそろ飽きてきたので、Google先生への相談もなく、Jupyter Notebookを起動します。

ダメならダメでまた考えればいいのです。私は疫学研究のために統計解析や機械学習がやりたいのであって、環境構築の専門家になりたいのではありませんから。

なぜだか分かりませんが、R側ではエラーメッセージが出ていたにもかかわらず、Jupyter NotebookからRを実行できました。

ただし、Jupyter Notebook実行時には、次のようなエラーダイアログが開きました。

何も触っていないんですが、普通には動きました。

[W 17:10:54.062 NotebookApp] Terminals not available (error was DLL load failed: %1 は有効な Win32 アプリケーションではありません。)
[I 17:10:54.228 NotebookApp] JupyterLab extension loaded from C:\Users\foobar\Anaconda3\lib\site-packages\jupyterlab
[I 17:10:54.229 NotebookApp] JupyterLab application directory is C:\Users\foobar\Anaconda3\share\jupyter\lab
[I 17:10:54.258 NotebookApp] Serving notebooks from local directory: C:\Users\foobar
[I 17:10:54.258 NotebookApp] The Jupyter Notebook is running at:
[I 17:10:54.258 NotebookApp] http://localhost:8888/?token=foobar
[I 17:10:54.258 NotebookApp] or http://127.0.0.1:8888/?token=foobar
[I 17:10:54.258 NotebookApp] Use Control-C to stop this server and shut down all kernels (twice to skip confirmation).
[C 17:10:54.339 NotebookApp]

To access the notebook, open this file in a browser:
file:///C:/Users/foobar/AppData/Roaming/jupyter/runtime/nbserver-13476-open.html
Or copy and paste one of these URLs:
http://localhost:8888/?token=foobar
or http://127.0.0.1:8888/?token=foobar

問題が起ったら、また考えることにして、とりあえず、これで進めていこうと思います（小並感）。

試しに同等性試験（割合）のサンプルサイズを算出しましたが、取りあえず計算はできました。

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まとめ

先日のSurface Pro6で出来た方法では、環境構築ができませんでした。

何故なのかはわかりませんでしたが、おそらく、色々とインストールしていなかったものがあったようです。

上手くいかないときは、必要なパッケージとかのインストール関係を調べて見ると良いかもしれません。


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