2024/1/9(火)のゾンビ論文 DNA情報を読み取るゾンビ
ゾンビについて書かれた論文を収集すべく、Googleスカラーのアラート機能を使っている。アラート設定ごとに、得られた論文を以下にまとめる。
アラートの条件は次の通り。
「zombie -firms -philosophical -drug -biolegend -gender -narrative -network」
「zombie -firms -philosophical -xylazine -biolegend -gender -narrative -network」
「zombie -firms -xylazine -biolegend -DDoS」（取りこぼし確認用）
検索条件は次の意図をもって設定してある。
「zombie」：ゾンビ論文を探す
「-firms」：ゾンビ企業を扱う論文を排除する
「-philosophical」：哲学的ゾンビを扱う論文を排除する
「-drug/xylazine」：ゾンビドラッグに関する論文を排除する
「-network」：とにかく情報科学の論文を排除したい
「-DDoS」：ゾンビPCを扱う論文を排除する
「-biolegend」：細胞の生死を確認するゾンビ試薬を使う医学の論文を排除する
「-gender」：ジェンダー学の論文を排除する
「-narrative」：ゾンビ映画・小説などを評論する論文を排除する
検索条件２は「-drug」と「-xylazine」の差分を見るためにある。また、検索条件１と２には一般性の高い排除キーワードが含まれているため、それらが不必要にゾンビ論文を排除していないかを確かめる。
今回、それぞれのヒット数は以下の通り。
「zombie -firms -philosophical -drug -biolegend -gender -narrative -network」ゼロ件
「zombie -firms -philosophical -xylazine -biolegend -gender -narrative -network」ゼロ件（差分ゼロ件）
「zombie -firms -xylazine -biolegend -DDoS」二件（検索条件２との差分は二件）
検索条件１はゼロ件だった。
検索条件1「zombie -firms -philosophical -drug -biolegend -gender -narrative -network」（ヒットなし）
今回は検索に引っかからなかった。
検索条件2「zombie -firms -philosophical -xylazine -biolegend -gender -narrative -network」（ヒットなし）
検索条件１との差分を調べ、「-drug」が「-xylazine」よりも論文を排除しているか確認する。
今回はヒットがなかった。
検索条件3「zombie -firms -xylazine -biolegend -DDoS」
上記の条件で誤ってねらいのゾンビ論文を取りこぼしていないかチェックするために、こちらの検索結果もチェックしておく。ただし、ゾンビ企業とゾンビ試薬、ゾンビPCは排除されるように設定してある。
画像読み取り可能なベースエディター記録による空間的細胞履歴の再構築
原題：Reconstructing cell histories in space with image-readable base editor recording
掲載：bioRxiv
著者：Duncan M Chadlyを筆頭著者として、十名
ジャンル：生物学
「-drug」で排除。細胞の何かをいじって情報を保存する技術らしい。zombieはとある細胞読み取り技術の名称。出典はAmjadらによる論文。
Molecular barcoding technologies that uniquely identify single cells are hampered by limitations in barcode measurement. ... Here we introduce a system for image-based readout of short (20-base-pair) DNA barcodes. In this system, called Zombie, phage RNA polymerases transcribe engineered barcodes in fixed cells.
（単一細胞を一意に識別する分子バーコーディング技術は、バーコード測定の限界によって妨げられています。 … ここでは、短い (20 塩基対) DNA バーコードを画像ベースで読み取るシステムを紹介します。 ゾンビと呼ばれるこのシステムでは、ファージ RNA ポリメラーゼが固定細胞内で操作されたバーコードを転写します。）
…
Phage polymerases are known to be efficient and specific for their target promoters30, but have not, to our knowledge, been previously applied in fixed cells. Because it is based on ‘waking up’ otherwise transcriptionally ‘dead’ (silent) barcodes in fixed cells, we term the technique Zombie, for ‘Zombie is Optical Measurement of Barcodes by In situ Expression’.
（ファージポリメラーゼは、効率的かつ標的プロモーターに対して特異的であることが知られていますが、我々の知る限りでは、これまで固定細胞に適用されたことはありませんでした。 これは、固定細胞内で転写的に「死んだ」（沈黙した）バーコードを「目覚めさせる」ことに基づいているため、「ゾンビは、その場での発現によるバーコードの光学的測定である」という意味で、この技術をゾンビと呼んでいるのです。）
Amjad Askaryら著
『In situ readout of DNA barcodes and single base edits facilitated by in vitro transcription』より
DNAバーコードという生物種の同定を簡易化する概念があり、本来ならば生きた細胞を使わなければならないところを、転写されたRNAを使ってDNAバーコードを再現することができた…といったところだろうか。私の理解度ギリギリを攻めるとこの程度の表現になる。正しいかはわからない。
意識の（あまりに）多くの側面について
原題：On the (too) many faces of consciousness
掲載：Journal of Consciousness Studies
著者：Steven Harnad
ジャンル：哲学
「-philosophical」および「-drug」、「-network」で排除。著者自身によるOn the (Too) Many Faces of Consciousnessの解説記事。哲学的ゾンビを扱う論文。
まとめ
検索条件１はゼロ件だった。
二日連続でゼロ件。楽で良いがここまで少ないとGoogleアラートのアルゴリズムが悪さをしてゾンビ論文を不当に少なく報告しているのではないかと不安になってくる。
それは置いといて、ゾンビというDNA読み取り技術は興味深かった。アラートチェックでは論文が本物のゾンビを扱うかどうかに注目しているため簡易的な紹介に留めたが、もう少し調べて正確な表現で記録しておいても楽しいかもしれない。
今回はねらいの論文がなかった。