仮想環境下でBiopythonのインストール
はじめに
塩基配列データをいじるときにpythonではめんどうなことも、biopythonなら簡単に記述することが出来たりします。
Gem Bankやfastaファイルをいじりましょう。
Gem Bankとは--wikiより
GenBank(ジェンバンク)は、米国生物工学情報センター(NCBI; National Center for Biotechnology Information)が提供している、塩基配列データを蓄積・提供している世界的な公共の塩基配列データベースである。
(意外なことにネット上では仮想環境を使ったインストールの方法が書かれていなかったので、今回まとめてみました。)
インストール
version:python 3.6.8 Biopython 1.72
モジュールがごちゃごちゃしてると後々困るので、Anaconda Navigatorを使って仮想環境下でインストールします。
createからpythonのバージョンを選ぶと新しい仮想環境が作られます。
(図ではbiopythonという名前にしました。この図では既にインストールされています。^^;)
▶をクリックしてターミナルを選択。下のように打つ。
$conda install -c anaconda biopython
右のinstalledのところにbiopythonのチェックが入っていたらokです。
参考