ゲノム編集ソフトウェア情報メモ（No.1-5）

こんにちは、株式会社プラチナバイオの主任研究員の中前です。

弊社は、バイオインフォマティクスを利用した標的遺伝子の特定からゲノム編集、ゲノム編集後の解析までを一気通貫で行い、顧客の目的の表現型を構築する研究開発を進めています。
取組の中でバイオインフォマティクスツールに関する問い合わせも最近増えてますので、本記事では、国内外のバイオインフォマティクスツールについて簡単に情報発信していこうと思います。

※リンク管理を単純化するため、ツールをリストアップしたページを経由する形にしています。

【ゲノム編集ソフトウェア情報メモ】No.1

CRISPORは総合的なsgRNA設計ツールです。さまざまなタイプのCasやゲノムの設計に対応している他、オンターゲット・オフターゲット・変異パターンの予測結果が一括で調べられるようになっています。プロトコール付きのオリゴ設計情報が載っていて初心者にとっても便利なサイトです。

【ゲノム編集ソフトウェア情報メモ】No.2

BEable-GPSはCytosine Base Editorのターゲットデータベースです。疾患関連変異にフォーカスを置いており、修正可能、あるいは再現可能な病原変異が登録されています。

【ゲノム編集ソフトウェア情報メモ】No.3

PrimeDesignはPrime Editingの設計ツールです。pegRNAのプロトスペーサだけでなく、RTTやPBS、ngRNAのプロトスペーサ、構築に必要なオリゴ配列についても網羅的に設計してくれます。

【ゲノム編集ソフトウェア情報メモ】No.4

Microhomology-Predictorはゲノム編集で生じる変異を予測するツールです。切断末端間に存在する相同配列をプロファイリングすることで、生じやすい変異パターンやフレームシフト傾向を推定します。

【ゲノム編集ソフトウェア情報メモ】No.5

TIDEはサンガーシーケンスデータからCRISPR-Cas9によって生じたインデルを推定するツールです。場合によってはサブクローニング後のシーケンス解析の手間を省略できるため、効率的にゲノム編集の評価を実施できます。

以上です。

ソフトウェアの詳細な使い方等の相談も随時お受けしておりますので、気になる方は弊社窓口(info@pt-bio.com)まで気軽にご連絡ください。