【準備編②】 Homebrewをインストールしよう

バイオインフォマン

2025年2月4日 21:20

1. Homebrewとは？

HomebrewはmacOSまたはLinux用のパッケージ管理システムです。

NGSのデータ解析を行う際には，複数のパッケージをインストールする必要があります。

パッケージを一つ一つ開発者サイトからダウンロードしたり，アップグレードしたりするのは手間がかかります。

パッケージ管理システムであるHomebrewを使用すると，これらの手間がなくなりとても管理しやすくなります。

様々なパッケージのインストール，アンインストール，アップグレード，ダウングレードをHomebrewから実行できるようになります。

（注意：Windowsのプロンプトでは使用できないようです。Windowsで使用するためにはVirtualBoxなどを利用してUbuntuなどのLinux環境を構築する必要があります。）

2. Homebrewのインストール手順

1. Googleなどの検索エンジンで『Homebrew』と検索して公式サイト(https://brew.sh/ja/)に移動します。

2. インストール用コマンドをコピーしてTerminal画面上に貼り付けて実行（Enterキー）します。

/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

3 . 管理者パスワード(PCログイン時に使用しているパスワード)を求められるので，入力して実行(Enterキー)します。

4. インストールが完了すると，Terminal画面に以下のような表示が見られると思います。

==> Next steps:

- Run these two commands in your terminal to add Homebrew to your PATH:

    (echo; echo 'eval "$(/usr/local/bin/brew shellenv)"') >> /Users/○○○/.zprofile

    eval "$(/usr/local/bin/brew shellenv)"

- Run brew help to get started

- Further documentation:

https://docs.brew.sh

5. 指示に従ってNext stepsに記載されているコマンドを順番に実行します。

echo; echo 'eval "$(/usr/local/bin/brew shellenv)"' >> /Users/〇〇〇/.zprofile<br><br>eval "$(/usr/local/bin/brew shellenv)"

eval "$(/usr/local/bin/brew shellenv)"

(注意：〇〇〇はご自身のユーザーネームになっているはず。書かれている内容をそのままコピペで実行しましょう。)

これでHomebrewのインストールが完了しました。

3. Homebrewを使ってパッケージをインストールしてみる

wgetのインストール

1 . wgetは指定したファイルをダウンロードできるパッケージで，ダウンロードが何かのエラーで止まった時も，途中からダウンロードを再開できる機能が備わっています。wgetパッケージはmacOSにはデフォルトで入っていないので下記コマンドでインストールしてみましょう。

brew install wget

2 . 以下のような表示が出てインストールできない場合があります。

Cannot install under Rosetta 2 in ARM default prefix (/opt/homebrew)!

Apple sillicon搭載のPCでよく出る表示です。こんな時は先頭に「arch -arm64」をつけて実行します。

arch -arm64 brew install wget

3 . 下記コマンドでwgetがどのフォルダにインストールされたか確認します。

which wget

/Users/user/bin/wgetのようにディレクトリが表示されればインストール完了です。

4. Homebrewのアップグレード

解析がひと段落したら下記コマンドでHomebrewパッケージを全て最新版にしましょう。

解析の途中でアップグレードすると解析条件が変わってしまう可能性があるので，一通り解析が終了するまではアップデートやアップグレードしないようにしましょう。

brew upgrade

または

arch -arm64 brew upgrade

5. 最後に

Homebrewのインストール方法と使い方を解説しました。

バイオインフォではよく使用しますので，ぜひインストールしておいてください。

次回はBiocindaを解説します。