【DRY解析環境構築】④QIIME 2のセットアップ
QIIME 2はメタゲノム解析パイプラインです。
としたり顔で書いていますが、一昨年メタゲノム解析を頼まれた時はQIIME（チャイム）の読み方すらわかりませんでした。
Wetしかやったことのない私に頼んだ人も、引き受けた私もどうかしています。
他の先生が解析されたログを見ながら、必要なツールを１つ１つググりつつインストールしていって…懐かしい。
昨年QIIME 2をインストールする際にはDockerの意味もわからず、普通にローカルにインストールして使っていました。成長を感じる。
という戯言を書かないといけないくらい、やることは少ない。
参考文献はこちら。
セットアップ自体は以下を入力するだけ。
$ docker pull qiime2/core:2019.10バージョンに注意。
動作確認は以下。
$ docker run -t -i -v $(pwd):/data qiime2/core:2019.10 qiime使い方は同じ記事を参考にしますが、環境構築はとりあえずここまで。
次回以降メタゲノム解析をやっていきます。