【DRY解析環境構築】①Dockerのセットアップ

2020年1月17日 11:25

これまではローカルRやPythonを動かしていましたが、次世代シークエンサーDRY解析教本[改訂第２版]（以下 #NGS_DAT ）でDockerが紹介されていたので導入することに。
覚書のために、インストール手順などを記録します。

１．Docker hubへのサインアップ

以前（昨年？）Dockerをインストールした時にはなかった気がする。
とりあえずdocker.comのサイトから必要情報を入力しconfirm。

２．Dockerのインストール

ログインしたらDownloadボタンがあるのでクリック。682.5MB。
dmgファイルを開いてアプリケーションフォルダにコピー。
アプリを開くと"Docker Desktop needs privileged access."のアラート。とりあえずOK。Macのパスワードを入力。
メニューバーにDockerのアイコンが現れ、ログイン画面が表示されるのでログイン。
"Docker Desktop is now up and running!"の表示が出る。

３．設定

メモリやCPUの設定を行う。メニューの"Preferences..."→"Advanced"から設定。
#NGS_DAT 本にはゲノムアセンブルを行うには32GB以上のメモリを積んだマシンが推奨されるとのこと。
そこまではやらないだろう、ということでとりあえずCPUsを6、Memoryを8.0GB、Swapを2.0GBに設定。"Apply & Restart"をクリックして再起動。
アクティビティモニタを見て、メモリやCPUがDockerに使われていることを確認。やっぱ解析用にMac mini買うかな…

４．テスト

Terminalを開いてコマンド入力。

(base) Ozs-MacBook-Pro:~ o2u$ docker run --rm -it inutano/cmatrix
Unable to find image 'inutano/cmatrix:latest' locally
latest: Pulling from inutano/cmatrix
Image docker.io/inutano/cmatrix:latest uses outdated schema1 manifest format. Please upgrade to a schema2 image for better future compatibility. More information at https://docs.docker.com/registry/spec/deprecated-schema-v1/
203137e8afd5: Pull complete 
2ff1bbbe9310: Pull complete 
933ae2486129: Pull complete 
a3ed95caeb02: Pull complete 
5a347bbd38d9: Pull complete 
Digest: sha256:6066b8483544ddfcb41ab0d0153955374a5b6d2516d6c45c4035d47ee97299f3
Status: Downloaded newer image for inutano/cmatrix:latest

マトリックスっぽい文字が流れる。とりあえず成功っぽい。

感想

以前は何のこっちゃわからずDockerをインストールして、意味がわからなくなり使わなくなりました。
今回はコンテナの意義を少し理解できたので良しとします。
次はいよいよR studio、Jupyter notebookのインストールです。