【QIIME2でメタゲノム解析】⓪Docker上でQIIME2を動かす

前の記事でQIIME2のDockerイメージをpullしている状態で進めます。

ローカルのワーキングディレクトリに移動した後

$ docker run -t -i -v $(pwd):/data qiime2/core:2019.10 --name o2u_qiime2 /bin/bash
(qiime2-2019.10) root@XXXXXXXXXXXX:/data#

でQIIME2が使えるようになります。
nameオプションでコンテナ名を指定しておくと、これを使い回すことができる。

終了する場合は

(qiime2-2019.10) root@XXXXXXXXXXXX:/data# exit
exit
o2u@Oz-Ubuntu:/media/o2u/Data/Share$

再び起動する場合、runではなくてstart。
iオプションを加えることでインタラクティブモードになる。

$ docker start -i o2u_qiime2
(qiime2-2019.10) root@XXXXXXXXXXXX:/data#

使わないコンテナは適宜削除しておく。

$ docker ps -a
CONTAINER ID        IMAGE                 COMMAND                  CREATED             STATUS                          PORTS               NAMES
XXXXXXXXXXXX        qiime2/core:2019.10   "/usr/bin/tini -- /b…"   35 seconds ago      Exited (127) 8 seconds ago                          o2u_qiime2
f1238c9a3a48        qiime2/core:2019.10   "/usr/bin/tini -- /b…"   13 minutes ago      Exited (0) 12 minutes ago                           wizardly_allen
f4c66e11af33        qiime2/core:2019.10   "/usr/bin/tini -- /b…"   16 minutes ago      Exited (0) About a minute ago                       nice_jones
 
$ docker rm f1238c9a3a48
f1238c9a3a48
$ docker rm f4c66e11af33
f4c66e11af3
 
$ docker ps -a
CONTAINER ID        IMAGE                 COMMAND                  CREATED             STATUS                     PORTS               NAMES
XXXXXXXXXXXX        qiime2/core:2019.10   "/usr/bin/tini -- /b…"   4 minutes ago       Exited (0) 3 minutes ago                       o2u_qiime2