腸球菌のコロニー形成を阻害する抗菌薬過剰生産が腸炎を持続させる

2023年9月1日 11:47

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腸球菌のコロニー形成を阻害する抗菌薬過剰生産が腸炎を持続させる

https://www.cell.com/cell-host-microbe/fulltext/S1931-3128(23)00327-X

張京九
Thomas Heaney
マリヤ・ロンドン
マシュー・E・グリフィン 13
ハワード・C・ハング
ケン・キャドウェル 14
すべての著者を表示

脚注を表示する発行:2023年08月30日DOI:https://doi.org/10.1016/j.chom.2023.08.002

ハイライト

REG3タンパク質はIBD患者の腸内細菌叢のEnterococcus faeciumを減少させる

腸球菌SagAはNOD2依存的に腸の炎症を抑制する

NOD2によって活性化された骨髄系細胞はIL-1βを産生し、リンパ系細胞からIL-22を誘導する。

NOD2 R702W変異体はマウスにおいてE. faeciumを介した防御を阻害する
まとめ
REG3ファミリーのような抗菌タンパク質の欠損は、腸管バリアの完全性を損なう。ここで我々は、REG3タンパク質の過剰産生が、微生物叢の保護種を減少させることによっても有害となりうることを証明した。再燃を起こした炎症性腸疾患（IBD）患者は、腸内細菌叢からEnterococcus faecium（Efm）を減少させるREG3タンパク質の分泌量が増加していた。Efmをマウスに接種すると、自然免疫受容体NOD2が活性化され、NOD2を刺激するムロペプチドを生成する細菌性DL-エンドペプチダーゼSagAと関連して、腸の炎症が改善した。骨髄細胞におけるNOD2の活性化は、インターロイキン-1β（IL-1β）の分泌を誘導し、組織の修復を促進するIL-22産生CD4＋Tヘルパー細胞と自然リンパ球の割合を増加させた。最後に、EfmはIBD患者によく見られるNOD2遺伝子変異を持つマウスを保護することはできなかった。我々の発見は、腸内微生物との共生関係を破壊する異常な抗菌活性を引き起こすことによって、炎症が自己増殖することを示している。

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キーワード
腸球菌
抗菌タンパク質
REG3
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山下貴史
他．
潰瘍性大腸炎患者由来の腸管由来腸球菌（Enterococcus faecium）は遺伝子感受性マウス宿主において大腸炎を促進する。
Genome Biol.
https://doi.org/10.1186/s13059-019-1879-9
論文で見る
スコープス（53）
クロス
グーグル奨学生
ベン・ブライク O.
Smaoui S.
腸球菌：新興病原体と潜在的プロバイオティクスの間。
BioMed Res. Int. 2019; 20195938210
https://doi.org/10.1155/2019/5938210
記事で見る
スコープス（40）
Crossref
グーグル奨学生
フランツ・C.M.A.P.
フッチM.
アブリウエル・H.
ホルツァプフェル W.
ガルベスA.
プロバイオティクスとしての腸球菌と食品安全におけるその意味合い。
Int. J. Food Microbiol. 2011; 151: 125-140
https://doi.org/10.1016/j.ijfoodmicro.2011.08.014
論文で見る
スコープス (524)
パブコメ
クロス
グーグル奨学生
ランガン K.J.
ペディコードV.A.
Wang Y.-C.
Kim B.
ルー Y.
シャハム S.
ムチダ D.
ハング H.C.
分泌型ペプチドグリカンヒドロラーゼは腸内病原体に対する耐性を増強する。
Science. 2016; 353: 1434-1437
https://doi.org/10.1126/science.aaf3552
論文で見る
スコープス (91)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
ペディコードV.A.
ロックハートA.A.K.
ランガン K.J.
クレイグ J.W.
ロシュコ J.
ロゴス A.
ハング H.C.
ムチダD.
腸管バリア機能と腸内病原体耐性を促進するための宿主-宿主間相互作用の利用。
Sci. Immunol. 2016; 1eaai7732
https://doi.org/10.1126/sciimmunol.aai7732
論文で見る
スコープス (49)
クロスリファレンス
グーグル奨学生
グリフィン M.E.
エスピノーサJ.
ベッカーJ.L.
ルオ J.-D.
キャロル T.S.
Jha J.K.
ファンガーG.R.
ハング H.C.
腸球菌のペプチドグリカンリモデリングはチェックポイント阻害剤のがん免疫療法を促進する。
Science. 2021; 373: 1040-1046
https://doi.org/10.1126/science.abc9113
論文で見る
スコープス (100)
パブコメ
クロス
グーグル奨学生
ワン Y.-C.
ウェストコット N.P.
グリフィン M.E.
ハング H.C.
ペプチドグリカン代謝物光親和性レポーターが細胞内パターン認識受容体およびArf GTPaseに直接結合することを明らかにした。
ACS Chem. Biol. 2019; 14: 405-414
https://doi.org/10.1021/acschembio.8b01038
論文で見る
スコープス (21)
クロス
グーグル奨学生
ミショ J.M.
ビゲンワルドC.
シャンピアS.
コリンズ M.
カルボネル F.
ポステル・ヴィネイ S.
ベルデルー A.
ヴァルガ A.
バーレダ R.
ホレベックA.
他。
免疫チェックポイント阻害薬による免疫関連有害事象：包括的レビュー。
Eur. J. Cancer. 2016; 54: 139-148
https://doi.org/10.1016/j.ejca.2015.11.016
論文で見る
スコープス (1476)
PubMed
概要
全文
全文PDF
グーグル奨学生
パリク A.
ステファン A.-F.
ツァナカキス E.S.
再生タンパク質とその発現、制御、シグナル伝達。
Biomol. Biomol. 2012; 3: 57-70
https://doi.org/10.1515/bmc.2011.055
論文で見る
スコープス (77)
パブコメ
クロス
グーグル奨学生
Wang W.
Wang Y.
Lu Y.
Zhu J.
Tian X.
Wu B.
Du J.
Cai W.
Xiao Y.
Reg4はカルシウム依存性レクチン様ドメインを介してサルモネラ感染に伴う腸の炎症を防御する。
Int. Immunopharmacol. 2022; 113109310
https://doi.org/10.1016/j.intimp.2022.109310
論文で見る
スコープス (0)
クロスリファレンス
グーグル奨学生
Qi H.
Wei J.
Gao Y.
Yang Y.
Li Y.
Zhu H.
Su L.
蘇 X.
Zhang Y.
Yang R.
Reg4と補体因子Dがマウス腸管における大腸菌の過剰増殖を防ぐ。
Commun. Biol.
https://doi.org/10.1038/s42003-020-01219-2
論文で見る
スコパス (17)
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ブラッドリー C.R.
フレイズA.P.
腸球菌の耐熱性と耐薬品性。
J. Hosp. Infect. 1996; 34: 191-196
https://doi.org/10.1016/s0195-6701(96)90065-1
論文で見る
スコープス (0)
パブコメ
概要
全文PDF
グーグル奨学生
マクヒューC.P.
チャン P.
ミハレック S.
エレアザーP.D.
試験管内で腸球菌（Enterococcus faecalis）を死滅させるのに必要なpH。
J. Endod. 2004; 30: 218-219
https://doi.org/10.1097/00004770-200404000-00008
論文で見る
スコープス (123)
PubMed
概要
全文
全文PDF
グーグル奨学生
マリア・R.
ダッタ S.D.
テテ S.G.
アルアッタス M.H.
エンテロコッカス・フェカリスに対する有機ガッタパーチャ溶媒および合成溶媒の抗菌性評価
J. J. Int. Soc. Prev. Community Dent. 2021; 11: 179-183
https://doi.org/10.4103/jispcd.JISPCD_422_20
論文で見る
パブコメ
クロス
グーグル奨学生
ルディン N.
アーメド H.M.A.
Enterococcus faecalisに対する次亜塩素酸ナトリウムおよびクロルヘキシジンの抗菌活性：寒天拡散法および直接接触法に関する総説。
J. Conserv. Dent. 2013; 16: 9-16
https://doi.org/10.4103/0972-0707.105291
記事で見る
スコープス (50)
パブコメ
クロス
グーグル奨学生
Piewngam P.
Zheng Y.
グエン T.H.
ディッキー S.W.
Joo H.-S.
ビラルス A.E.
グロース K.A.
フィッシャー E.L.
ハント R.L.
リー B．
他。
プロバイオティック・バチルスによるシグナル干渉を介した病原体除去。
Nature. 2018; 562: 532-537
https://doi.org/10.1038/s41586-018-0616-y
論文で見る
スコープス (317)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
ホール A.B.
ヤスールM.
サウクJ.
ガーナー A.
ジアン X.
アーサー T．
ラゴダス G.K.
ヴァタネン T.
フォルネロス N.
ウィルソンR.
他。
炎症性腸疾患患者に濃縮された新規Ruminococcus gnavusクレード。
Genome Med. 2017; 9103
https://doi.org/10.1186/s13073-017-0490-5
論文で見る
スコープス (340)
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ルイス・J.D.
チェン E.Z.
バルダッサーノR.N.
オトリーA.R.
グリフィス A.M.
リー D．
ビッティンガーK.
ベイリー A．
フリードマン E.S.
ホフマン C．
他。
小児クローン病における腸内細菌叢の環境ストレス因子としての炎症、抗生物質、食事。
Cell Host Microbe. 2015; 18: 489-500
https://doi.org/10.1016/j.chom.2015.09.008
論文で見る
スコープス (507)
PubMed
概要
全文
全文PDF
グーグル奨学生
フランゾーザ E.A.
シロタ-マディA.
アビラ-パチェコJ.
フォルネロス N.
ハイザー H.J.
ラインカー S.
ヴァタネン T.
ホール A.B.
マリック H.
マカイバーL.J.
他。
炎症性腸疾患における腸内細菌叢の構造と代謝活性。
Nat. Microbiol. 2019; 4: 293-305
https://doi.org/10.1038/s41564-018-0306-4
論文で見る
スコープス (796)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
シャセインB.
スリニバサンG.
デルガドM.A.
ヤング A.N.
ゲヴィルツ A.T.
ヴィジャイ・クマールM.
便中リポカリン2は、高感度で広範に動的な非侵襲的腸炎症バイオマーカーである。
PLoS One. 2012; 7e44328
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0044328
記事で見る
スコープス (329)
クロスリファレンス
グーグル奨学生
フォースター S.C.
クレア・S.
ベレスフォード-ジョーンズB.S.
ハーコートK.
ノトリーG.
スターズ M.D.
クマール N．
ソダーホルム A.T.
アドゥム A.
ウォン H.
他。
広く用いられている大腸炎モデルマウスにおける疾患変動に関連する腸内細菌種の同定。
Nat. Microbiol. 2022; 7: 590-599
https://doi.org/10.1038/s41564-022-01094-z
論文で見る
スコープス (17)
パブコメ
クロス
グーグル奨学生
ムーンC.
ボールドリッジ M.T.
ウォレス M.A.
D C.-A.
バーナム
ヴァージン H.W.
スタッペンベック T.S.
糞便中IgA濃度の垂直伝播は染色体外の表現型変異を決定する。
Nature. 2015; 521: 90-93
https://doi.org/10.1038/nature14139
論文で見る
スコープス (183)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
コミネニ S．
ブレトルD.J.
ラムV.
チャクラボルティ R.
ヘイワード M.
シンプソン P．
カオ Y.
ブスーニス P．
クリスティッチ C.J.
サルツマン N.H.
バクテリオシンの産生は、哺乳類の消化管における腸球菌のニッチ競争を増大させる。
Nature. 2015; 526: 719-722
https://doi.org/10.1038/nature15524
論文で見る
スコパス (271)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
チェン Z.
ダウニング S.
Tzanakakis E.S.
再生膵島由来（reg）タンパク質の発見から40年：現在の理解と課題。
Front. Cell Dev. Biol.
https://doi.org/10.3389/fcell.2019.00235
論文で見る
スコープス (44)
クロス
グーグル奨学生
エドワーズ J.A.
タン N.
トゥーサンN.
ウー P.
ミューラー C.
スタネク A.
ジンスー V.
ルドニツキー S.
サガル M.
ドレスナーL.
ら。
炎症性腸疾患における再生膵島由来タンパク質の役割。
World J. Gastroenterol. 2020; 26: 2702-2714
https://doi.org/10.3748/wjg.v26.i21.2702
論文で見る
クロス
グーグル奨学生
テング F.
カワレック M.
ワインストックG.M.
Hryniewicz W.
マレー B.E.
エンテロコッカス・フェシウム（Enterococcus faecium）の分泌抗原SagAは、細胞外マトリックスタンパク質に広範に結合し、E. faeciumの増殖に必須であると考えられる。
Infect. Immun. 2003; 71: 5033-5041
https://doi.org/10.1128/IAI.71.9.5033-5041.2003
論文で見る
スコープス (64)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
ラコフ-ナホウムS.
パグリーノJ.
エスラミ-ヴァルザネF.
エドバーグ S.
メジトフR.
toll様受容体による常在細菌叢の認識は腸の恒常性維持に必要である。
Cell. 2004; 118: 229-241
https://doi.org/10.1016/j.cell.2004.07.002
論文で見る
日本
PubMed
概要
全文
全文PDF
グーグル奨学生
カーンバウアー E.
Ding Y.
カドウェル・K.
腸内ウイルスは常在細菌の有益な機能に取って代わることができる。
Nature. 2014; 516: 94-98
https://doi.org/10.1038/nature13960
記事で見る
スコープス (356)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
フェラン A.
アル・ナバニZ.
タピアス N.S.
マス E.
ユゴ J.P.
バロー F.
腸管上皮細胞におけるNOD2発現は、炎症とそれに伴う発癌の発生を予防する。
細胞。Mol. Gastroenterol. Hepatol. 2019; 7: 357-369
https://doi.org/10.1016/j.jcmgh.2018.10.009
論文で見る
スコープス (30)
PubMed
要旨
全文
全文PDF
グーグル奨学生
ムカルジー T.
ホービング E.S.
フォースター E.G.
アブデルヌール M.
フィルポット D.J.
ジラルディン S.E.
炎症、免疫、疾患におけるNOD1とNOD2。
Arch. Biochem. Biophys. 2019; 670: 69-81
https://doi.org/10.1016/j.abb.2018.12.022
論文で見る
スコープス (105)
PubMed
クロスフィルム
グーグル奨学生
トリンダーデ B.C.
チェン G.Y.
炎症性および感染性疾患におけるNOD1とNOD2。
Immunol. Rev. 2020; 297： 139-161
https://doi.org/10.1111/imr.12902
論文で見る
スコープス(52)
パブコメ
クロス
グーグル奨学生
ニール J.A.
松沢-石本祐子
ケルンバウアー・ヘルツル E.
シュスター S.L.
Sota S.
ヴェンソン M.
ダラーリ S．
ガルバオ・ネト A.
ハイネ A.
フデスマンD.
他
IFN-IとIL-22は腸内ウイルス感染の防御効果を媒介する。
Nat. Microbiol. 2019; 4: 1737-1749
https://doi.org/10.1038/s41564-019-0470-1
論文で見る
スコープス (50)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
杉本和彦
小川晃
溝口英夫
下村陽子
安藤 A.
バーン A.K.
ブルムバーグ R.S.
ザビエル R.J.
溝口敦
IL-22は潰瘍性大腸炎モデルマウスにおいて腸の炎症を改善する。
J. Clin. Invest. 2008; 118: 534-544
https://doi.org/10.1172/JCI33194
論文で見る
スコープス (840)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
Chu H.
ホスラビ A.
クスマワルダニ I.P.
クォン A.H.
ヴァスコンセロス A.C.
クーニャ・L.D.
メイヤー A.E.
シェン Y.
ウー W.-L.
カンバル A.
他。
遺伝子と微生物叢の相互作用が炎症性腸疾患の発症に寄与している。
Science. 2016; 352: 1116-1120
https://doi.org/10.1126/science.aad9948
論文で見る
スコープス (425)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
Wu W.-J.H.
キム・エム
チャン L.-C.
Assie A.
サルダナ・モラレス F.B.
ゼガーラ・ルイズ D.F.
ノーウッド K．
サミュエル・B・S
ディールG.E.
粘膜関連腸内常在菌によって誘導されるインターロイキン-1β分泌は、腸管バリアの修復を促進する。
腸内細菌。2022; 142014772
https://doi.org/10.1080/19490976.2021.2014772
論文で見る
スコパス (11)
クロスリファレンス
グーグル奨学生
Seo S.-U.
カッファ P.
北本聡
長尾-北本
ルソー J.
キム・Y.-G.
ヌニェス G.
鎌田直樹
CCR2(+)単球から生じた腸管マクロファージは、自然リンパ球を活性化することにより病原体感染を制御する。
Nat. Commun. 2015; 68010
https://doi.org/10.1038/ncomms9010
論文で見る
スコープス (57)
クロス
グーグル奨学生
Zhou L.
チュー C.
テング F.
ベスマン N.J.
ゴック J.
サントサ E.K.
プッツェル G.G.
カバタ H.
ケルセン J.R.
バルダッサーノR.N.
他
自然リンパ球はインターロイキン-2を通じて腸の制御性T細胞をサポートする。
Nature. 2019; 568: 405-409
https://doi.org/10.1038/s41586-019-1082-x
論文で見る
スコープス (152)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
エボ M.
クリニエ A.
ヴェリーF.
ヴィヴィエ E.
自然リンパ球：炎症性疾患の主要なプレーヤー。
Nat. Rev. Immunol. 2017; 17: 665-678
https://doi.org/10.1038/nri.2017.86
論文で見る
スコープス (242)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
溝口明彦
矢野愛子
氷室宏
江崎由美子
貞永知行
溝口英夫
IBDにおけるIL-22カスケードの臨床的重要性。
J. Gastroenterol. 2018; 53: 465-474
https://doi.org/10.1007/s00535-017-1401-7
論文で見る
スコープス (131)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
スワンソン K.V.
デン M.
ティン J.-Y.P.
NLRP3 インフラマソーム：分子の活性化と制御から治療法まで。
Nat. Rev. Immunol. 2019; 19: 477-489
https://doi.org/10.1038/s41577-019-0165-0
論文で見る
スコパス (1994)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
Huang Y.
Xu W.
Zhou R.
NLRP3インフラマソームの活性化と細胞死。
Cell. Mol. Immunol. 2021; 18: 2114-2127
https://doi.org/10.1038/s41423-021-00740-6
論文で見る
スコープス (248)
パブコメ
クロス
グーグル奨学生
バウエルンファインドF.G.
ホルヴァートG.
シュトゥッツA.
アルネムリ E.S.
マクドナルドK.
シュペールト D．
フェルナンデス-アルネムリT.
ウー J．
モンクス B.G.
フィッツジェラルド K.A.
他
最先端： NF-κB活性化パターン認識およびサイトカイン受容体は、NLRP3の発現を制御することにより、NLRP3インフラムソームの活性化をライセンスする。
J. Immunol. 2009; 183: 787-791
https://doi.org/10.4049/jimmunol.0901363
論文で見る
スコパス (1972)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
ヤオ X.
張 C.
Xing Y.
Xue G.
Zhang Q.
Pan F.
Wu G.
Hu Y.
Guo Q.
Lu A.
et al.
NLRP3の亢進による腸内細菌叢のリモデリングは、制御性T細胞を誘導して恒常性を維持する。
Nat. Commun. 2017; 81896
https://doi.org/10.1038/s41467-017-01917-2
論文で見る
スコープス (124)
クロス
グーグル奨学生
Zhu Q.
Kanneganti T.-D.
最先端：炎症性サイトカインIL-18とIL-1βを制御する異なる制御機構。
J. Immunol. 2017; 198: 4210-4215
https://doi.org/10.4049/jimmunol.1700352
論文で見る
スコープス (75)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
井ノ原直彦
小倉康夫
フォンタルバ A.
グティエレス O.
ポンス F.
クレスポ J.
深瀬 K.
稲村 S.
楠本慎一郎
橋本雅彦
他
NOD2を介した細菌性ムラミルジペプチドの宿主認識。クローン病への示唆。
J. Biol. Chem. 2003; 278: 5509-5512
https://doi.org/10.1074/jbc.C200673200
論文で見る
日本学術振興会特別研究員
パブコメ
概要
全文
全文PDF
グーグル奨学生
ユゴー J.P.
シャマイヤール M.
ズアリ H.
レサージュ S.
セザール J.P.
ベライシュ J.
アルメール S.
ティスク C.
オモラン C.A.
ガスールM.
他
NOD2ロイシンリッチリピート変異体とクローン病感受性との関連。
Nature. 2001; 411: 599-603
https://doi.org/10.1038/35079107
論文で見る
日本学術振興会特別研究員
PubMed
クロス
グーグル奨学生
村野忠雄
岡本理
伊藤剛
中田毅
日比谷聡
清水秀明
藤井誠一郎
狩野祐子
水谷哲也
油井慎一郎
ほか
Hes1は、ヒト腸管上皮細胞においてSTAT3依存性転写を増強することにより、IL-22を介した抗菌応答を促進する。
Biochem. Biophys. Res. Commun. 2014; 443: 840-846
https://doi.org/10.1016/j.bbrc.2013.12.061
論文で見る
スコープス (38)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
ルーネン L.M.
ストルテ E.H.
ヤクロフスキーM.T.
メイエリンク M.
デッカーJ.
ファン・バーレン P.
Wells J.M.
REG3γ欠損マウスでは、回腸の粘液分布が変化し、微生物叢や腸内病原体に対する粘膜炎症反応が亢進する。
Mucosal Immunol. 2014; 7: 939-947
https://doi.org/10.1038/mi.2013.109
論文で見る
スコープス (132)
パブコメ
概要
全文
全文PDF
グーグル奨学生
ウィンター S.E.
ウィンター M.G.
ザビエル M.N.
ティエンニミットルP.
プーン V.
キーストラ A.M.
ラフリン R.C.
ゴメス G．
ウー J.
ローホン S.D.
他
宿主由来の硝酸塩が、炎症を起こした腸内で大腸菌の増殖を促進する。
Science. 2013; 339: 708-711
https://doi.org/10.1126/science.1232467
記事で見る
スコパス (631)
パブコメ
クロス
グーグル奨学生
リーJ.-Y.
ツォリスR.M.
バウムラーA.J.
マイクロバイオームと腸の恒常性。
サイエンス。2022; 377eabp9960
https://doi.org/10.1126/science.abp9960
記事で見る
スコープス (58)
クロスリファレンス
グーグル奨学生
シュヴァル D.S.
ビスワス A.
カン Y.H.
グリフィス A.E.
Konnikova L.
マスカンフローニI.D.
レドゥ N.S.
フライ S.M.
フィールド M．
ドティ A.L.
他
インターロイキン10受容体欠損マウスおよび患者において、インターロイキン1βが腸の炎症を媒介する。
Gastroenterology. 2016; 151: 1100-1104
https://doi.org/10.1053/j.gastro.2016.08.055
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スコープス (129)
パブコメ
概要
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グーグル奨学生
キム D.
Kim Y.-G.
Seo S.-U.
キム D.-J.
鎌田直樹
プレスコット D.
シャマイヤール M.
フィルポット D.J.
ローゼンスティール P.
井ノ原直彦
ヌニェスG.
コレラ毒素の粘膜アジュバント活性には、Nod2を介した微生物叢の認識が重要である。
Nat. Med. 2016; 22: 524-530
https://doi.org/10.1038/nm.4075
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スコープス (73)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
マーティン P.K.
マルキアンド A.
Xu R.
ルデンスキー E.
ヨン F.
シュスター S.L.
カーンバウアー E.
カドウェル K.
オートファジータンパク質は、マウス腸内細菌叢に応答して、防御的I型インターフェロンシグナルを抑制する。
Nat. Microbiol. 2018; 3: 1131-1141
https://doi.org/10.1038/s41564-018-0229-0
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スコープス (56)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
松澤-石本祐子
ヤオ X.
小出晃
ユーバーハイドB.M.
アクセルラッド J.E.
レイス B.S.
パルサ R．
ニール J.A.
デブリン J.C.
ルーデンスキーE.
他。
γδIELエフェクターAPI5は、パネス細胞死に対する遺伝的感受性をマスクする。
Nature. 2022; 610: 547-554
https://doi.org/10.1038/s41586-022-05259-y
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スコパス (5)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
シンデリンJ.
アルガンダ-カレーラスI.
フリーズE.
ケイニッヒV.
ロンゲア M.
ピエツシュ T.
プライビッシュ S.
ルーデン C.
ザールフェルト S.
シュミットB.
et al.
Fiji: 生物学的画像解析のためのオープンソースプラットフォーム。
Nat. Methods. 2012; 9: 676-682
https://doi.org/10.1038/nmeth.2019
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スコープス (33456)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
ボクリッチ N.A.
ケーラーB.D.
ライドアウトJ.R.
ディロン M.
ボリエン E.
ナイト R．
ハットリー G.A.
Gregory Caporaso J.
QIIME 2のq2-feature-classifierプラグインによるマーカー遺伝子アンプリコン配列の分類学的分類の最適化。
Microbiome. 2018; 690
https://doi.org/10.1186/s40168-018-0470-z
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スコープス (2172)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
ロズポーンC.
ラドザーM.E.
ナイツD.
ストンボーJ.
ナイト R.
UniFrac：微生物群集比較のための効果的な距離指標。
ISME J. 2011; 5: 169-172
https://doi.org/10.1038/ismej.2010.133
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スコープス (1691)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
バスケス-バエザY.
ピルルンM.
ゴンザレスA.
ナイト R.
EMPeror：ハイスループットの微生物群集データを可視化するツール。
Gigascience. 2013; 216
https://doi.org/10.1186/2047-217X-2-16
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スコープス (816)
クロスリファレンス
グーグル奨学生
マンダル S.
ヴァン・トレレンW.
ホワイト R.A.
エッゲスボ M.
ナイト R.
ペッダダ S.D.
マイクロバイオームの組成分析：微生物組成研究のための新しい方法。
Microb. Ecol. Health Dis. 2015; 2627663
https://doi.org/10.3402/mehd.v26.27663
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Crossref
グーグル・スカラー
チェン S.
マクレスキー F.K.
グレス M.J.
ペトロジエロ J.M.
リュー R.
ナムダリ H.
ベニンガ K.
サルメン A.
デルベッキオV.G.
エンテロコッカス・フェシウム（Enterococcus faecium）を同定するためのPCRアッセイ。
J. Clin. Microbiol. 1997; 35: 1248-1250
https://doi.org/10.1128/jcm.35.5.1248-1250.1997
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スコープス (97)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
陳 S.
Zhou Y.
Chen Y.
Gu J.
fastp: 超高速オールインワンFASTQプリプロセッサ。
Bioinformatics. 2018; 34: i884-i890
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty560
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スコープ(6473)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
ロー A.J.
コジオールA.G.
マニンガーP.A.
ブレーズB.
カリージョ C.D.
ConFindr：細菌全ゲノム配列データにおける種内および種間汚染の迅速な検出。
PeerJ. 2019; 7e6995
https://doi.org/10.7717/peerj.6995
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スコープス（57）
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ショーメイユ P.-A.
ムッシグ A.J.
ヒューゲンホルツP.
パークス D.H.
GTDB-Tk：ゲノム分類データベースでゲノムを分類するためのツールキット。
Bioinformatics. 2019; 36: 1925-1927
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz848
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スコープス (1544)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
ウィック R.R.
ジャッドL.M.
ゴリーC.L.
ホルト K.E.
Unicycler：短いシーケンスリードと長いシーケンスリードから細菌ゲノムアセンブリを分離する。
PLoS Comput. Biol. 2017; 13e1005595
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005595
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スコープ(3347)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
アルトシュール S.F.
ギッシュW.
ミラーW.
マイヤーズ E.W.
リップマン D.J.
基本的なローカルアライメント検索ツール。
J. Mol. Biol. 1990; 215： 403-410
https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2
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日本学術振興会特別研究員
PubMed
クロス
グーグル奨学生
Stamatakis A.
RAxMLバージョン8：系統解析と大規模系統のポスト解析のためのツール。
Bioinformatics. 2014; 30: 1312-1313
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033
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論文掲載
PubMed
クロス
グーグル奨学生
チャルディ G．
Nepusz T.
複雑ネットワーク研究のためのIgraphソフトウェアパッケージ。InterJournal, complex systems. 2006; 1695: 1-9
https://igraph.org
記事で見る
グーグル・スカラー
ヴァンデソンペレ J.
デ・プレター K.
パティーン F.
ポッペ B.
ヴァン・ロイ N.
デペペ A.
Speleman F.
複数の内部コントロール遺伝子の幾何平均によるリアルタイム定量RT-PCRデータの正確な正規化。
ゲノム生物学 2002; 3 (RESEARCH0034)
https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-7-research0034
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PubMed
クロスフィルム
グーグル奨学生
ダラーリ S.
ヒーニーT.
ロサス-ビレガスA.
ニール・J.A.
ウォン S.-Y.
ブラウン J.J.
ウルバネク K．
ハーマン C．
デプレッジ D.P.
ダーモディ T.S.
カドウェル K.
腸内ウイルスは、細菌マイクロバイオームによって惹起される免疫応答に類似した広範な宿主免疫応答を惹起する。
Cell Host Microbe. 2021; 29: 1014-1029.e8
https://doi.org/10.1016/j.chom.2021.03.015
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スコパス(24)
PubMed
概要
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グーグル奨学生
ジャン K.K.
Kaczmarek M.E.
ダラーリ S.
チェン Y.-H.
Tada T.
Axelrad J.
ランダウ N.R.
ステープルフォード K.A.
カドウェルK.
SARS-CoV-2感染に対する腸管オルガノイド由来単層膜の多様な感受性。
PLoS Biol.
https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001592
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スコープス (4)
クロスリファレンス
グーグル・スカラー
記事情報
出版履歴
出版 2023年8月30日
受理受理：2023年8月7日
改訂版受理 2023年7月2日
受理：2023年7月2日受理：2023年2月10日
出版段階
インプレス、修正校正
識別
DOI: https://doi.org/10.1016/j.chom.2023.08.002

著作権
© 2023 Elsevier Inc.
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また、このような研究は、科学的根拠を欠くものである。このような、曖昧で、曖昧で、曖昧で、曖昧で、曖昧で、曖昧で、曖昧で。このような試合では、このような試合はありません。このような稚魚は、その稚拙な形から、稚魚の体躯を形成している。このような素晴らしい試合は初めてです。私は、このような素晴らしいゲームをプレイすることはできません。このような素晴らしい試合は初めてです。このような稚魚は、そのような稚拙な稚魚である可能性があります。