ウマ科の12種類のtoll-like receptor (TLR)遺伝子 - 比較ゲノム学、選択と進化

2023年10月25日 11:00

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ウマ科の12種類のtoll-like receptor (TLR)遺伝子 - 比較ゲノム学、選択と進化

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37874499/

K Stejskalova et al. 2023.
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引用

要旨
Toll様受容体（TLR）は自然免疫系の重要な一部である。ヒトやマウスのTLRは精力的に研究されているが、非モデル種のTLRについてはほとんど知られていない。Perissodactyla目は、さまざまな生息地でさまざまな病原体にさらされる自由生活種と家畜化された種から構成されているため、免疫関連遺伝子の多様性と進化を解析するのに適している。我々は、ウマ目ウマ科を中心にTLR遺伝子を解析した。オンラインゲノム資源のバイオインフォマティクス解析により12のTLRが同定された。これらの配列は、9種のパネルのゲノムDNAリシーケンスによりウマ科で確認された。TLR11とTLR12の発現は、cDNA配列決定によりウマで確認された。PerissodactylaにおけるTLR遺伝子ファミリーの系統的再構築により、6つのサブファミリーが同定された。TLR4はTLR5とともにクラスター化し、TLR1-6-10サブファミリーは高い配列同一性を示した。調査した12個のTLRの進化的分岐の平均推定値は、ウマ科の間で0.3％であった。最もCDSが分岐していたのは、TLR3ではEquus caballusとEquus hemionus kulanのもの（1.34％）、TLR1タンパク質ではEquus africanus somaliensisとEquus quagga antiquorumのもの（2.1％）であった。それぞれのTLR遺伝子において、ウマ科動物種間で共有されるハプロタイプが存在し、特にTLR3とTLR9のCDS、およびTLR6のアミノ酸配列において顕著であった。12のTLR遺伝子はすべて、強い負の全体選択下にあった。TLR8を除くすべてのTLRで、特定のコドン部位における多様化選択の兆候が検出された。ウイルス感受性のTLRと非ウイルス性のTLRでは、選択パターンに違いが見られた。

キーワードウマ科動物；自然免疫；奇蹄類；Toll様受容体；種を超えたハプロタイプ共有

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