日本における多施設共同研究におけるClostridioides difficileの地域的・経時的遺伝子型プロファイリング

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日本における多施設共同研究におけるClostridioides difficileの地域的・経時的遺伝子型プロファイリング


サイエンティフィック・リポーツ 14巻、論文番号：21559（2024）この論文を引用する

概要

医療関連感染症の原因であるClostridioides difficileは、世界的に重大な健康脅威となっている。この複数施設によるレトロスペクティブ研究では、高分解能遺伝子型判定により、マイナーおよび毒素陰性の臨床分離株に重点を置き、流行の動態に焦点を当てている。2005年から2022年までのC. difficile臨床分離株の遺伝子型を日本全国14病院から収集した（N＝982）。ユニークな遺伝子型の総数は294であった。ある遺伝子型はすべての病院で同定され（地域横断的遺伝子型）、他の遺伝子型は特定の病院または地理的に近接した病院に特異的であった（地域特異的遺伝子型）。特に、人口の少ない県にある病院では、地域特異的遺伝子型の有病率が最も高かった。地域横断的遺伝子型の分離率は、人の移動の流れと正の相関を示した。大学病院における2019年から2021年までの6カ月間のインターバル解析により、遺伝子型の優位性の時間的推移が明らかになった。短期間に同一の遺伝子型が頻繁に分離されることは、院内アウトブレイクを定義する現行の基準とは必ずしも一致しなかった。本研究は、地域環境における多様な常在C. difficile株の存在を浮き彫りにした。地域横断的な菌株は、ヒト社会で拡散する能力が高い可能性がある。縦断的解析により、潜在的な院内伝播に関するさらなる調査の必要性が強調された。

はじめに

クロストリジオイデス・ディフィシル（Clostridioides difficile）は、芽胞形成性の嫌気性グラム陽性桿菌で、動物の腸内や土壌によく見られる1。ヒトの腸内常在菌のひとつであるが、C.difficile感染症（CDI）と呼ばれる抗体関連下痢や偽膜性大腸炎を引き起こすことがある。ヒトへの感染は主に糞便から経口感染経路で起こる。C.difficileは医療施設での集団発生を引き起こし、社会経済的に大きな負担となっていることから注目されている。医療関連感染（HAI）の観点から、接触予防策の実施は院内CDIアウトブレイクを予防するために極めて重要である2。C. difficileの主要な病原性因子には、病原性遺伝子座（PaLoc）のtcdAと tcdBにそれぞれコードされる毒素AとBが含まれる3。さらに、バイナリートキシン（BT）としても知られるC. difficileトランスフェラーゼ（CDT）も、cdtAと cdtBにコードされる強力な病原因子である4。特に北米とヨーロッパでは、3つのC. difficile毒素をすべて保有するPCRリボタイプ（RT）027や078に代表されるような、強毒株の蔓延が世界的な脅威となっている4,5,6,7,8,9。

C. difficileの臨床分離株に関する分子疫学研究は、国内および国間の流行動態を分析するため、また医療施設におけるCDIアウトブレイクを評価するために実施されてきました。これらの研究には、リボタイピング10,11,12、多座配列タイピング（MLST/ST）13,14、トキシノタイピング10、表面層タンパク質A（slpA）配列タイピング15,16,17、パルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）タイピング18、PCRベースのオープンリーディングフレームタイピング（POT）19など、さまざまな遺伝子型判定法が採用されている。

POT法は、他のジェノタイピング・プロトコルに代わる、費用対効果が高く、使いやすいタイピング法である。マルチプレックスPCRを利用したこの方法は、細菌種の決定や、黄色ブドウ球菌20,21のようなHAIに関連する様々な細菌病原体の遺伝子型決定に有効であることが証明されている。HAIだけでなく、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌の地域的蔓延を調査するためにも採用された22。C. difficileの場合、POT法は2つの反応、POT1とPOT2を含み、それぞれ11と10のマルチプレックスPCR反応からなる。二項PCRの結果は10進数に変換され、POT遺伝子型は郵便番号のようにPOT1とPOT2をハイフンでつないだ番号で表される（例えば000-000）23。POT1は配列型（ST）と相関し、POT2は毒素遺伝子（すなわち tcdA、tcdB、cdtA）などを対象とし、分離株のさらなる分類を可能にする。その結果、POT法はPCRリボタイピングやMLSTに比べ、本質的に微細な遺伝的解像度を有していることが、これまでの研究で実証されている19,24。この分解能の高さは、C. difficileの分子疫学研究における有用性を高めている。

C. difficileに関する歴史的な分子疫学研究では、世界的な強毒株に注目が集まっており、しばしばRTやMLSTのような遺伝子型判定法が用いられてきた。しかし、今回のレトロスペクティブな多施設共同研究では、遺伝的解像度に優れるPOTジェノタイピング法を選択した。我々の解析は、日本全国におけるC. difficileの分子疫学を掘り下げるものであり、一般的に検出される遺伝子型だけでなく、マイナーな遺伝子型や毒素遺伝子を欠く臨床分離株にも焦点を当てている。このアプローチにより、C. difficileの分子疫学に関するユニークで貴重な知見を得ることを目的としている。

結果

POT遺伝子型の概要

14の病院は日本の北から南まで広がっていた（図1a）。982株の臨床分離株のPOT遺伝子型データが収集された。各病院は10～177株を含むデータセットを提供した（表1および補足情報S1）。ユニークなPOT遺伝子型の総数は294に達した。最も多かった遺伝子型はPOT 826-279/ST8/RT002で、全分離株の6.0％（59/982株）を占め、14病院中11病院で同定された。次いでPOT 691-387/ST17/RT018-like（5.2％、51/982株）、POT 700-501/ST81/RT369（4.6％、45/982株）であった。POT 826-279とPOT 691-387の毒素遺伝子型はともにtcdA+/tcdB +/cdtA-であった。POT 700-501の毒素遺伝子型はtcdA-/ tcdB+/cdtA-であった。各病院におけるPOTの優勢遺伝子型は5.2％～37.5％であり，病院間でばらつきがあった．全分離株のうち190株（19.3％）が毒素陰性であった。最も多かった毒素遺伝子陰性遺伝子型はPOT 732-272と732-308で、それぞれ9位と10位であった。

図1

本研究の対象となった病院の位置とPOT遺伝子型のプロフィールを示した日本地図。(a)鉄道利用者数を反映した日本の密度地図上に14の病院が描かれている。円グラフは、全14病院から分離された臨床分離株のPOT遺伝子型のプロフィールを示している。(b）大阪府の3病院から分離されたC. difficile臨床分離株と大阪府以外の8病院から分離されたC. difficile臨床分離株におけるPOT遺伝子型の比較。地域横断的遺伝子型には下線を引いた。地域特異的遺伝子型（ベージュ）は左上の他の遺伝子型（グレー）の中に示されている。アスタリスクは、非大阪地域に対する大阪地域の遺伝子型の分離率の統計的有意性を示す（Fischerの正確検定、両側でP= 0.00002）。

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表1 本研究に参加した14病院の特徴と遺伝子型解析

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地域間および地域特有の遺伝子型

流行動態を評価するために、40株以上の臨床分離株のPOT遺伝子型データセットを提供してくれた11病院に焦点を当てた。地域横断的なPOT遺伝子型は、11病院のうち8病院以上で検出されたものと定義し、離れた地理的地域に存在することを意味した。826-279、691-387、700-501、732-272、485-439、485-275の6つの地域横断的POT遺伝子型が同定された。そのうちの1つ、すなわち732-272は毒素遺伝子陰性であった。地域横断的遺伝子型の有病率は平均22.4％で、個々の病院によって8.3～45.8％のばらつきが認められた。

11の病院はそれぞれ独自のPOT遺伝子型を有し、これは地域特異的遺伝子型と定義された（250分離株、218の異なるPOT遺伝子型種）。この独自性は、大阪府のE、F、G病院や福岡県のJ、K病院のような近接した病院にも及んでいた。地域特異的遺伝子型の有病率は平均26.5％で、個々の病院によって6.3～52.0％の幅が認められた。地域特異的遺伝子型の数は病院ごとに異なり、1病院あたり2～38種であった。それぞれの地域特異的遺伝子型は、1遺伝子型につき1～4回分離された。特に興味深いのは、地域特異的遺伝子型の26.0％が毒素遺伝子陰性であったことである。

より広い地理的スケールで地域別解析が行われた。具体的には、大阪府の3病院から分離された臨床分離株（E、F、G病院から369株）を、他の8病院から分離された株（561株、図1B）と比較した。大阪府下で最も多かったPOT遺伝子型は827-3（tcdA+/tcdB+/cdtA-）で6.8％（25/369株）であり、地域横断的な遺伝子型ではなかった。この遺伝子型は大阪府外の病院では1.4％（8/561株）にすぎず、大阪府下ではこの遺伝子型が有意に集積していることが示された（Fischerの正確検定、両側P＜0.00002）。

地域特異的遺伝子型と地域横断的遺伝子型の分離率の解析

地域特異的な遺伝子型の分離率は、優勢なPOTの占有率と負の相関を示した（P= 0.009、Studentのt検定、両側）。これらの結果は、病院内に多様な遺伝子型が存在すると優勢遺伝子型の占有率が低下することを示唆している。島根県のI病院では、地域特異的遺伝子型の分離率が52.0％と最も高かった（Smirnov-Grubbs検定によるP= 0.022）。この地域は人口密度が低く、県境を越えた人の移動が限られているという特徴があり25、後述する地域特異的遺伝子型の高い分離率に関係している可能性がある。

逆に、福岡のJ病院では地域特異的遺伝子型の分離率が6.3％と最も低かった（Smirnov-Grubbs検定によるP= 0.0495）。また、J病院では優勢なPOT遺伝子型の割合が高く、地域横断的遺伝子型の分離率も高かった（37.5％、45.8％、Smirnov-Grubbs検定による各P＝0.016、0.034）。これらの所見は、この特定の地理的地域で地域横断型株が流行している可能性、またはこの遺伝子型株が病院J内で院内伝播している可能性を示唆している。

C. difficileの伝播と人の移動との潜在的な相関関係について調査した。地域横断的な株は、地域特異的な株と比較して、おそらくその高い伝播性により広まった可能性がある。C.difficileの水平伝播は、移動性のあるヒト集団においてより一般的であると予想される。この仮説を検証するために、地域横断的遺伝子型の割合と人の移動の流れを反映する指標との相関を分析した。J病院は前述の理由により除外した。日本では公共交通機関への依存度が高いことから、2018年または2019年の各病院の最寄り駅の乗降客数をヒトの移動の指標として利用した（図2および補足情報S2）。これらの変数の間には正の相関が観察された（r= 0.792, N = 10,P= 0.008 by Student'st-test, two-sided）．注目すべきことに、病院があるそれぞれの市町村の人口や人口密度には、このような相関は見られなかった。

図2

C. difficileの地域横断的遺伝子型の分離率と各病院の最寄り鉄道駅の利用者数との相関。この2つのパラメータは正の相関を示し、相関係数はr= 0.792であった（N = 10、P< 0.008、Studentのt検定、両側）。

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毒素遺伝子の解析

毒素遺伝子の解析の結果，982株の臨床分離株のうち794株（80.9％）がPOT法で少なくとも1つの毒素遺伝子陽性であった．主な遺伝子型はtcdA +/tcdB+/cdtA-（75.6％，600/794株），次いでtcdA-/ tcdB+/cdtA-（19.1％，152/794株），tcdA+/tcdB -/cdtA-（0.3％，2/794株：POT 944-242および945-434）であった．特にtcdA+/tcdB-は日本では未報告であった。

982株中50株（5.1％）がcdtA遺伝子陽性であった。cdtA陽性株は1株（tcdA-/tcdB+/cdtA+）を除き、すべて遺伝子型tcdA +/tcdB+/cdtA+に属していた。3つの毒素がすべて陽性の分離株は強毒性であると考えられる26。このような分離株は日本のすべての地域で確認された。例えば、遺伝子型4-315は東京、大阪、愛媛などで、遺伝子型4-347は愛知、兵庫、愛媛で分離された（補足情報S3）。これらの知見は、ヒト集団内の個人が無症候性に強毒性C. difficile株を保有し、拡散している可能性があることを強調している。

E大学病院における時間的プロファイリング

C.difficileのPOT遺伝子型を縦断的に解析するために、2019年から2021年にかけてE病院でテンポラルプロファイリングが実施された。3年間の期間を6つの区間に分けた（図3および補足情報S4）。院内で最も頻繁に同定された6つの遺伝子型、すなわち827-3、700-501（各15株）、700-437、732-308（各10株）、826-279（9株）、691-387（6株）の分離傾向を評価した。ほとんどの遺伝子型は、調査期間を通じて同様の頻度で継続的に分離された。特に、700-501は2019年に分離頻度が高く、700-437は他の調査期間と比較して2021年後半に高い分離率を示した（図3のアスタリスク）。700-501と700-437はともにtcdA-/tcdB+/cdtA -およびST 81/クレード4と同定された。POT法の実施なしには、これら2つのピークが2つの独立したC. difficile株に起因することは識別できなかったであろう。

図3

E病院における臨床分離株のPOT遺伝子型の経時的プロファイリング。2019年から2021年までの6つの間隔にわたって、最も分離頻度の高い6つの遺伝子型株が示されている。*,P= 0.0001; **, Fischerの正確検定（両側）によるP= 0.004。

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臨床的観点から、患者が消化器症状を示し、病棟の同じ階に入院し、最初の症例から4週間以内に発症した場合にCDIの院内集団発生が疑われた。E病院の感染制御チーム（ICT）は、C. difficilePOT 700-501陽性患者8人のうち6人が病棟の同一フロアに入院していたが、6人のうち2人は別々の診療科で診療を受けていたことから、2019年の最初のピーク時にCDIアウトブレイクを宣言した（1つのアスタリスク、図3）。また、2名は明らかな消化器症状を示さなかった。8例中2例の病室は別フロアであったため、アウトブレイクコントロールから除外した。レトロスペクティブな遺伝子型データにより、院内CDIアウトブレイクが確認された。最初のアウトブレイク後、2019年後半に5人の患者がC. difficilePOT 700-501陽性となり、その全員が同じ病棟の別のフロアにいた（二重星印、図3）。2021年には6人の患者がC. difficilePOT 700-437に陽性であった（二重アスタリスク、図3）。しかし、ICTは主に患者の病室が異なる階にあり、C. difficile陽性患者間の明らかな関連性が確認されなかったため、これら後者の2つのエピソードに対して特別な措置を実施しなかった。

考察

ここでわれわれは、臨床C. difficile分離株の遺伝子型が多様であり、どの病院にも地域特異的遺伝子型と地域横断的遺伝子型の両方が存在することを証明した。いくつかの病院が地理的に近接しているにもかかわらず、地域特異的な遺伝子型がすべての病院で認められたことは注目に値する。これらの結果は、高分解能の遺伝子型判定法を用いたこと、日本全国の病院を対象としたこと、マイナー遺伝子型および毒素遺伝子陰性遺伝子型を含む臨床分離株を解析したことに起因すると考えられる。これは、C. difficileの地域特異的な常在菌株の存在を示唆する最初の報告である。

ヒト集団がC. difficileを獲得するのは、主に環境源や汚染された食物を通じてであることが広く受け入れられている1。地域横断的な菌株は全国の土壌に生息している可能性がある。現代のフードチェーンは、地域間交差株で汚染された食品が広く流通する一因となっている可能性がある。一方、地域間交差株の分離率と人の移動の流れとの間に相関関係が見られることから、これらの株は一般住民の間に広がっており、医療現場を超えて一般的な生活環境にまで広がっている可能性がある。このように、地域横断株は臨床分離株のかなりの部分を占めている可能性がある。地域社会におけるC. difficileの蔓延を食い止めるのは困難であるが、その一因はエタノールなどの一般的に使用される消毒薬の感染防止効果が限定的であるためである。これはC. difficileの芽胞形成性によるものである。地域横断的な株は芽胞を形成する力がより強い可能性がある。地理的に離れた病院でまれに分離されるtcdA+/tcdB +/cdtA+陽性株の同定は、C. difficileが地域全体に広がっていることを示唆している。

現在、地域横断的な株はCDT陰性である。日本におけるCDT産生株の分離率は比較的低い（0～6.8％）11,27,28,29,30,31,32,33,34,35,36。CDT陽性株が地域横断的な株として出現することが懸念される。したがって、このような潜在的な変化を監視・検出するためには、分子サーベイランスの実施が不可欠である。

われわれのデータは、各病院における遺伝子型の優劣を明らかにしており、C. difficileの遺伝子型を国間で比較する分子疫学研究において、国を代表する施設を選択する際には注意が必要であることを強調している。病院間の遺伝子型分布のばらつきは、特定の地理的地域におけるC. difficileの遺伝的状況を正確に反映する代表的医療機関を選択することの重要性を強調している。

C.difficileの患者から分離された固有の菌株は、抗体関連急性胃腸炎を引き起こす潜在的な病原性を示し、地域横断的な菌株と類似していた。しかし、土着株における病原性の評価は、今後の研究で取り組むべきであることを強調しておくことが肝要である。このような土着株は各地域の土壌中に存在するはずである。日本の多様な気候や地質学的特徴を考慮すると、C. difficileは地域の環境に適応し、多様な遺伝子型を持つ土着株が選択されている可能性がある。このような観点からすると、地域横断的な菌株は生き残るために幅広い環境に適応しているのかもしれない。また、他のクロストリジウム属菌で観察されているように、ユーラシア大陸からのバイオエアロゾルが偏西風によって運ばれ、地域横断的な菌株がこの地域に持ち込まれたというシナリオも考えられる37,38,39,40,41。

ジェノタイピングは院内集団発生サーベイランスのための貴重なツールである。我々の知見は、CDIの院内アウトブレイクを即座に特定するために、C. difficileの臨床遺伝子型を継続的にモニタリングすることの重要性を強調するものである。遺伝子型のベースライン有病率を確立することは、分子疫学データを適切に評価するために不可欠であるため、この継続的モニタリングは極めて重要である。

2019年と2021年にそれぞれCD POT 700-501と700-437が統計的に有意な検出頻度を示したことは注目に値する。病棟の異なる階に入院しているC. difficile陽性患者（図3）。接触感染はC. difficileの主な院内感染経路である。したがって、これらの事象は院内CDIアウトブレイクとはみなされなかった。しかしながら、これらの2つのエピソードでC. difficileの院内伝播が起こったことは否定できない。院内伝播の可能性のある経路については、C. difficileの伝播動態をよりよく理解するために、今後の研究でさらに詳細に検討されるであろう。

本研究の限界は、その後ろ向きな性質である。ジェノタイピングプロセスは各病院で個別に実施され、分離株数や患者選択の基準にはばらつきがあった。報告されたCDIアウトブレイクに対応して遺伝子型判定研究を開始した病院もあれば、分離培養に対するC. difficile迅速検査陽性で提出されたすべての検体に対して普遍的に遺伝子型判定アプローチを適用した病院もあった。このことが、観察された優勢率と遺伝子型の多様性に影響を与えた可能性がある。この制限にもかかわらず、本研究の中心的な結論は強固なままである-各病院は優勢なC. difficile遺伝子型を示し、地域特異的な遺伝子型はユニークなセットを示した。本研究のもう一つの限界は、毒素産生や抗菌薬耐性を含む臨床分離株の表現型が評価されていないことである。この点については今後の研究で取り組む予定である。

POT遺伝子型判定法はPCR法であり、比較的安価で実施しやすいことが特徴である。タイピングの結果は、検体と並行して行われるコントロール反応によって強化され、独立した施設で実施された場合でもPOTデータの信頼性を高めることができる。しかし、POTジェノタイピングに関連する潜在的な注意点-C. difficileゲノムの変異による増幅エラーの発生-を認識することは重要です。この懸念は毒素遺伝子を評価する場合に特に関連します。POTジェノタイピングによって同定された毒素遺伝子の存在は、必ずしも対応する毒素がタンパク質として実際に産生されていることを意味しないことに注意することが重要である。したがって、POT遺伝子型のみに基づいて細菌の病原性を推定することは慎重に解釈すべきである。同定された遺伝子型の病原性をより正確に推定するためには、機能研究や毒素発現解析などの補完的な評価が必要な場合がある。マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型（MALDI-TOF）質量分析（MS）を用いた微生物診断法は、ますます普及しており、実行可能な選択肢である。この方法は病原性に基づいてC. difficile株を迅速に識別することができるが、設備への初期投資が必要である42,43。

材料と方法

レトロスペクティブ多施設共同研究

米国国立生物工学情報センター（NCBI）のPubMedサービスおよびYahooやGoogleなどのウェブ検索エンジンを用いて文献検索を行い、C. difficileの分子タイピングにPOT法を利用している日本の医療施設を特定した。C.difficileの遺伝子型データは、2005年から2022年までの期間に日本全国14病院（A病院からN病院）から収集された（N = 982臨床分離株）。表1および図1（Table1and Fig.1）に、POT法を用いて解析した臨床分離株の特徴、地理的位置、および数の概要を示す。各病院は、CDIアウトブレイクが疑われたため、または普遍的スクリーニング目的の一環として、分子タイピング研究を実施した。後者の場合、胃腸（GI）症状陽性患者と陰性患者の両方から便検体を採取した。この方法は、入院患者におけるC. difficileの有病率を包括的に把握することを目的とした。C. difficile株は、エタノールで処理した便検体をC. difficile選択寒天培地プレートに広げて分離した。この目的のために、サイクロセリン-セフォキシチン・マンニトール寒天平板（CCMA、日水製薬、東京、日本）またはサイクロセリン-セフォキシチン・フルクトース寒天平板（CCFA、栄研化学、東京、日本またはベクトン・ディッキンソン、東京、日本）の2種類の寒天平板をそれぞれ用いた。POTの遺伝子型判定は、Cica geneus C. diff POT kit（関東化学、東京、日本）を用いて、メーカーのプロトコールに従って実施した。遺伝子型判定はC病院、J病院、およびM病院の毒素陽性分離株に対してのみ行われた。

駅の乗降客数に関するデータは、国土交通省が公表している情報を集約したウェブサイト（https://statresearch.jp）から入手した。人口と人口密度のデータは、総務省統計局が公表している情報を利用し、https://www.e-stat.go.jp。

大学病院における縦断的分析

2019年から2021年の期間にE病院で収集された177例のC. difficile分離株について縦断的解析を行った。便検体は、外来患者9人と入院患者168人の合計177人から得られた。これらの患者は、CDIが疑われる胃腸（GI）症状を示すか、CDIアウトブレイクのスクリーニング目的で調査された。CDIの初回診断にはGDH迅速検査（C.DIFF QUIK CHK Complete, Alere Medical, Tokyo, Japan）を用いた。陽性検体はさらに選択寒天培地CCMAで培養した。さらに、臨床検体をGeneXpertシステムで処理し、tcdB、cdt、変異型tcdCを検出した。細菌DNAはCica geneus DNA抽出キット（関東化学）を用いて単離し、その後POT遺伝子型判定を行った。C. difficileの分離が1人の患者から複数回行われた場合は、1つの遺伝子型のみを解析に含めた。患者が再入院し、C. difficileの分離が行われた場合は、その事象を独立して考慮した。検体採取日を時間的プロファイリング解析の基礎とした。ST遺伝子型は、前述のプロトコール13、または関東化学が提供するST-POT対応表および参考文献24を参照して決定した。

データの利用可能性

データは原稿または補足情報ファイル内に記載されている。

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謝辞

本研究を熱心に支援していただいた小坪裕之氏、村上忍氏に感謝する。本研究の一部は、KAKEN国際共同研究B推進プログラム（18KK0270）の助成を受けた。

著者情報

著者メモ

  1. 著者一覧および所属は文末に掲載。

著者および所属

  1. 569-1094 大阪府高槻市奈佐原4-20-1 大阪医科薬科大学薬学部微生物・感染制御学教室
    鷺坂祐作、石橋美也子、細川大輔、駒野潤

  2. 国立病院機構名古屋医療センター臨床検査部 〒460-0001 愛知県名古屋市中区三の丸4丁目1番1号
    中川 光

  3. 大阪府立公衆衛生研究所微生物部 〒537-0025 大阪市東成区中道1-3-69
    米ノ木 慎也

  4. 大阪医科薬科大学医学部附属病院 感染制御センター 〒569-8686 大阪府高槻市大学町2-7
    南 健太、小川 拓、浮村 明、中野 隆志、駒野 純

  5. 569-8686 大阪府高槻市大学町2-7 大阪医科薬科大学医学部附属病院 中央臨床検査部
    南 健太、鈴木 洋一、浮村 明

  6. 大阪医科薬科大学医学部微生物・感染制御学教室 〒569-8686 大阪府高槻市大学町2-7
    鈴木洋一・中野貴志・駒野 純

  7. 国際医療福祉大学福岡医療学部医療技術科学科 〒831-0004 福岡県大川市榎津137-1
    船島由美子

  8. 大阪府立大学大学院医学研究科感染制御科学講座 〒545-8585 大阪市阿倍野区旭町1-4-3
    掛谷 浩

  9. 産業医科大学附属病院 〒807-8555 福岡県北九州市八幡西区伊勢丘1-1
    興梠陸人・川上陽子

  10. 060-8648 北海道札幌市北区北14条西5丁目 北海道大学医学部附属病院検査部・輸血部
    岩崎純夫

コンソーシアム

日本C. difficile分子疫学ネットワーク

  • 船島 由美子

  • 掛谷 洋

  • 興梠 陸人

  • 川上陽子

  • 岩崎純夫

  • 駒野 純

寄稿

概念化： J.K.、方法論： 方法論：S.Y.、K.M.、Y.S.、T.O.、A.U.、形式分析および調査： Y.S.、M.I.、D.H.、H.N.、N.M.、S.Y.、K.M.；執筆-原案作成： 執筆-原案作成：Y.S.、J.K.、執筆-校閲・編集：S.Y.、K.M.： S.Y.、K.M.、Y.S.、T.O.、A.U.、T.N.；監修： C. difficile POT遺伝子型のデータセットはC. difficile Molecular Epidemiology Network of Japanより提供された。

責任著者

駒野 純

倫理申告

競合利益

著者らは競合する利益はないと宣言している。

倫理宣言

本研究はヘルシンキ宣言に従って実施された。本研究は、大阪医科薬科大学研究倫理委員会よりオプトアウト・プロトコールの使用について倫理的承認を得た。研究参加者のリスクが低く、院内CDI感染のリスクを低減するという潜在的な利益がこの方法を正当化した（承認番号093、101、2656-1、2022-166-1）。

追加情報

出版社からのコメント

シュプリンガー・ネイチャーは、出版された地図および所属機関の管轄権の主張に関して中立を保っています。

補足情報

補足情報1.

補足情報 2.

補足情報 3.

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権利と許可

オープンアクセスこの記事は、クリエイティブ・コモンズ 表示-非営利-改変禁止 4.0国際ライセンスの下でライセンスされています。このライセンスは、原著者および出典に適切なクレジットを与え、クリエイティブ・コモンズ・ライセンスへのリンクを提供し、ライセンスされた素材を改変したかどうかを示す限り、いかなる媒体や形式においても、非営利目的での使用、共有、配布、複製を許可するものです。本ライセンスの下では、本記事またはその一部から派生した翻案物を共有する許可はありません。この記事に掲載されている画像やその他の第三者の素材は、その素材へのクレジット表示で別段の指示がない限り、記事のクリエイティブ・コモンズ・ライセンスに含まれています。この記事のクリエイティブ・コモンズ・ライセンスに含まれていない素材で、あなたの意図する利用が法的規制により許可されていない場合、または許可された利用を超える場合は、著作権者から直接許可を得る必要があります。このライセンスのコピーを見るには、http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/。

転載と許可

この記事について

この記事の引用

日本におけるクロストリジオイデス ディフィシルの地域的・時間的遺伝子型プロファイリング. Sci Rep 14, 21559 (2024). https://doi.org/10.1038/s41598-024-72252-y

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  • 2024年2月23日受領

  • 2024年9月5日受理

  • 2024年9月16日発行

  • DOIhttps://doi.org/10.1038/s41598-024-72252-y

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サイエンティフィック・リポーツ (Sci Rep)ISSN 2045-2322 (online)

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