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ヒト成体小腸ストーマの微生物叢の可塑性


ヒト成体小腸ストーマの微生物叢の可塑性
バティヤル・ユルマズ
トビアス・フューラー
デボラ・モーゲンタラー
グイド・ベルディ
Uwe Sauer
アンドリュー・J・マクファーソン 7
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脚注を表示する発行:2022年10月31日DOI:https://doi.org/10.1016/j.chom.2022.10.002
PlumX メトリクス

ハイライト

IIealストーマの微生物群は、手術前の小腸の微生物群を代表する。

小腸内細菌叢のバイオマスは、摂食後数時間で増加する。

個々の回腸微生物分類群における亜株の比率は経時的に変動する
まとめ
ヒトの遠位小腸(回腸)には独特の微生物叢が存在するが、その組成と機能を調べるヒトの研究は、パージや深部挿管をしないと回腸にアクセスできないために制限されてきた。我々は、治癒した大腸がん患者のストーマサンプルを、通常ではアクセスできない小腸および大腸への非侵襲的アクセスルートとして用い、固有の不安定性、時間動態、摂食・絶食状態の寄与を調査した。ストーマ形成前後の回腸の連続サンプリングにより、回腸ストーマの微生物相が無傷の小腸の微生物相を代表していることが示された。回腸と大腸のストーマの微生物相は異なることが確認され、回腸の宿主-微生物関係には2種類の不安定性が観察された:消化管間のパージに続く食後の細菌バイオマスの急速なブルームと摂食後の個々の分類群内の亜株の出現と消滅。大腸の微生物叢が比較的安定しているのとは対照的に、ヒト小腸の微生物叢のバイオマスおよびその亜株構成は非常に動的である可能性がある。


図解要約
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キーワード
イレオストミー
人工肛門
小腸内細菌叢
微生物の不安定性
細菌バイオマス
サブストレイン
メタボロミクス

参考文献
アーメッド S.
マクファーレンG.T.
ファイトA.
マクベインA.J.
ギルバートP.
マクファーレン S.
ヒト回腸末端部および大腸生検サンプルに関連する粘膜関連細菌の多様性。
Appl. Environ. Microbiol. 2007; 73: 7435-7442
記事で見る
スコープス (164)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
アンドリュース S.
ハイスループットな配列データのための品質管理ツール。
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc
日付:2015年
記事で見る
グーグルスカラー
アジズ R.K.
バーテルスD.
ベストA.A.
デヨング M.
ディズT.
エドワーズR.A.
フォルムスマ K.
ゲルデス S.
グラス E.M.
クバル M.

RASTサーバー:サブシステム技術を用いた迅速なアノテーション。
BMC Genomics. 2008; 9: 75
記事で見る
スコープス (7815)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
Bäckhed F.
ロスウォールJ.
Peng Y.
Feng Q.
Jia H.
Kovatcheva-Datchary P.
Li Y.
Xia Y.
Xie H.
Zhong H.
他。
生後1年間のヒト腸内細菌群の動態と安定化。
Cell Host Microbe. 2015; 17: 690-703
記事で見る
スコープス (1509)
PubMed
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
ベントレー D.W.
ニコルズR.L.
コンドン R.E.
ゴーバック S.L.氏
ヒト回腸および腹腔内結腸の微生物叢:手術時の直接針吸引の結果とその手技の評価。
J. Lab. Clin. Med. 1972; 79: 421-429
記事で見る
PubMed
Google Scholar
Booijink C.C.G.M.
エルエイディS.
ラジリッチ-ストヤノビッチM.
ハイリグ・H.G.H.J.
トルスト F.J.
スミット H.
クレーレベゼム M.
デ・ヴォス W.M.D.
Zoetendal E.G.
ヒト回腸内細菌叢における高い時間的変動と個人間変動が検出された。
Environ. Microbiol. 2010; 12: 3213-3227
記事で見る
スコープス (202)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
バンドロス M.X.
オルサンE.E.
リベラ-チャベスF.
ティファニーC.R.
セバロス S.A.
ロッケン K.L.
トーレス・T.P.
バンドロス A.J.
フェイバー F.
ガオ Y.
他。
微生物が活性化するPPAR-γシグナルは、腸内細菌科細菌の異種拡大を抑制する。
サイエンス. 2017; 357: 570-575
記事で見る
スコープス (511)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
キャラハン B.J.
サンカランK.
福山J.A.
マクマーディP.J.
ホームズ S.P.
Bioconductor workflow for microbiome Data Analysis: from raw reads to community analyses(マイクロバイオームデータ解析のためのBioconductorワークフロー:生リードからコミュニティ解析まで)。
F1000Res. 2016; 5: 1492
記事で見る
PubMed
クロスリファレンス
グーグルスカラー
カポラソ J.G.
クチンスキーJ.
ストンボーJ.
ビッティンガーK.
ブッシュマンF.D.
コステロE.K.
フィエラー N.
ペーニャ A.G.
グッドリッチ・J.K.
ゴードン J.I.

QIIMEによりハイスループットなコミュニティシークエンスデータの解析が可能になった。
Nat. Methods. 2010; 7: 335-336
記事で見る
スコープス (24108)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
チンゴラーニP.
プラッツA.
ワン L.L.
クーン M.
グエン・T.
ワン・L.
ランド S.J.
ルー X.
Ruden D.M.
一塩基多型のアノテーションとその影響を予測するプログラム SnpEff: Drosophila melanogaster strain w1118; iso-2; iso-3のゲノム中のSNPs。
Fly (Austin). 2012; 6: 80-92
記事で見る
Scopus (5420)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
クーパーJ.C.
ローフランドA.
ガニングE.J.
バーキンショーL.
ウィリアムズN.S.。
回盲部患者の体組成と回腸切除なし。
ガット。1986; 27: 680-685
記事で見る
スコープス (14)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
戴 Z.
コーカーO.O.
中津 悟
Wu W.K.K.
Zhao L.
チェン Z.
チャン・エフ・ケイ・エル(Chan F.K.L.
クリスチャンセン K.
Sung J.J.Y.
Wong S.H.
他。
大腸がんメタゲノムのマルチコホート解析により、集団間で変化する細菌と普遍的な細菌マーカーを同定した。
Microbiome. 2018; 6: 70
記事で見る
スコープス(191)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ダニチェクP.
オートンA.
アベカシスG.
アルバースC.A.
バンクスE.
デプリストM.A.
ハンザカーR.E.
ルンターG.
マースG.T.
シェリーS.T.
マクビーンG.
ダービン R.
ゲノムプロジェクト解析G.
バリアントコールフォーマットとVCFtools.
バイオインフォマティクス。2011; 27: 2156-2158
記事で見る
スコープス (6372)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ディニングJ.P.
ヒクソン・L.J.
柔軟なSigmoldoscopyの値-返信。
アーチ。インターン。メッド。1995; 155: 427
記事で見る
スクープ (0)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ドナルドソンG.P.
リーS.M.
マズマニアンS.K.
腸内細菌叢の生物地理学的研究。
Nat. Rev. Microbiol. 2016; 14: 20-32
記事で見る
スコープス (1203)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ドラサーB.S.
シャイナーM.
腸内細菌叢に関する研究。II。胃腸障害患者における小腸の細菌叢。
腸。1969; 10: 812-819
記事で見る
スコープス (98)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ダフィーM.
オマホニーL.
コフィーJ.C.
コリンズJ.K.
シャナハンF.
レドモンド H.P.
カーワン・W.O.
潰瘍性大腸炎で形成されたパウチには硫酸還元菌が定着するが、家族性腺腫性ポリポーシスには定着しない。
ディス。Colon Rectum. 2002; 45: 384-388
記事で見る
スコープス (113)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
エングリスト H.N.
カミングスJ.H.
人体小腸におけるジャガイモの多糖類の消化について
Am. J. Clin. Nutr. 1987; 45: 423-431
記事で見る
スコープス (291)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
フェイス J.J.
グルージュJ.L.
シャルボノーM.
スブラマニアン S.
シードルフ H.
グッドマンA.L.
クレメンテ J.C.
ナイト R.
ヒースA.C.
ライベルR.L.

ヒト腸内細菌叢の長期安定性。
サイエンス. 2013; 341: 1237439
記事で見る
スコープス (1221)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ファング X.
バスケス-バエザY.
イライジャE.
バルガス F.
アッカーマンG.
ハンフリーG.
ラウ R.
ウェルドン K.C.
サンダース J.G.
パニッチパクディM.
他。
炎症性腸疾患に対する消化管手術は、マイクロバイオームおよびメタボロームの多様性を持続的に低下させる。
Inflamm. Bowel Dis. 2021; 27: 603-616
記事で見る
スコープス (9)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ファインゴールド S.M.
サッターV.L.
ボイルJ.D.
島田和彦
回腸吻合器および横行結腸吻合器廃液の正常細菌叢。
J. Infect. Dis. 1970; 122: 376-381
記事で見る
スコープス (51)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ファインゴールド S.M.
サッターV.L.
マティセンG.E.
正常な常在腸内細菌叢。
で。Hentges D. Human intestinal microflora in health and disease. アカデミックプレス、1983:3-31
記事で見る
クロスリファレンス
Google Scholar
フローリン T.H.
ニールG.
カミングスJ.H.
人間における硝酸塩および亜硝酸塩の排泄に及ぼす食事性硝酸塩の影響。
Brの。J. Nutr.1990; 64: 387-397
記事で見る
スコープス (34)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
フューラーT.
ヒアD.
ベゲマンB.
ザンボーニ N.
フローインジェクション飛行時間型質量分析計による細胞抽出物の高スループット高精度マスメタボロームプロファイリング。
Anal. Chem. 2011; 83: 7074-7080
記事で見る
スコープス (244)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
フューラーT.
ザンピエーリM.
セヴァンD.C.
ザウアー U.
ザンボーニ N.
大腸菌における遺伝子-メタボローム関連性のゲノムワイドランドスケープ。
Mol. Syst. Biol. 2017; 13: 907
記事で見る
スコープス (70)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ガロードN.R.
グッドB.H.
ハラッチェクO.
ポラード K.S.
腸内マイクロバイオームにおける宿主内および宿主間の細菌の進化的動態。
PLoS Biol. 2019; 17: e3000102
記事で見る
スコープス(33)
PubMed
Crossref
グーグル奨学生
グッドB.H.
マクドナルドM.J.
バリックJ.E.
レンスキーR.E.
デサイM.M.
6万世代に及ぶ分子進化のダイナミズム
ネイチャー. 2017; 551: 45-50
記事で見る
スコープス(288)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ゴルバック S.L.
ナハスL.
ウェインスタインL.
レヴィタンR.
パターソンJ.F.
腸内細菌叢の研究。IV. 回腸吻合器廃液の微生物叢:ユニークな微生物生態系。
Gastroenterology. 1967; 53: 874-880
記事で見る
PubMed
要旨
全文PDF
Google Scholar
ハートマン A.L.
ラフD.M.
バルパルD.K.
フィーエン O.
フィッシュバインT.
ザスロフ M.
アイゼン J.A.
小腸移植後のヒト腸内細菌は、代替状態をとる。
Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2009; 106: 17187-17192
記事で見る
スコープス (237)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ヒルM.J.
健康な上部消化管の微生物叢を制御する要因。
において。ヒトの微生物生態学。CRCプレス, 2020: 57-85
記事で見る
クロスリファレンス
Google Scholar
ヒル M.J.
マーシュP.D.
ヒトの微生物生態学。
CRCプレス、1989
記事で見る
Google Scholar
ホームズ E.
リーJ.V.
アタナシウ T.
アシュラフィアン H.
ニコルソンJ.K.
健康や病気における腸内細菌-宿主代謝シグナルの乱れの役割を理解する。
Trends Microbiol. 2011; 19: 349-359
記事で見る
スコープス (370)
PubMed
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
フーパー L.V.
ウォン M.H.
テリンA.
ハンソンL.
フォルク P.G.
ゴードン・J.I.
腸内常在菌の宿主-微生物関係の分子生物学的解析。
Science. 2001; 291: 881-884
記事で見る
スコープス (1677)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ケスター J.
Rahmann S.
Snakemake--スケーラブルなバイオインフォマティクスワークフローエンジン。
Bioinformatics. 2012; 28: 2520-2522
記事で見る
スコープス (1012)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ラダス S.D.
アイザックスP.E.
マーフィーG.M.
スレイデンG.E.
適応イレオストメイトと健常者の空腹時および食後のイレウス機能。
Gut. 1986; 27: 906-912
記事で見る
スコープス (25)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
リブシーG.
ウィルキンソンJ.A.
ロー・M.
フォークス R.
クラーク S.
ブラウン J.C.
ケネディ H.
エリア・M
大麦粒の物理的形態がヒト小腸におけるデンプンの消化に及ぼす影響と健康への影響。
Am. J. Clin. Nutr.1995; 61: 75-81
記事で見る
スコープス (70)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ルー Y.C.
オルムM.R.
ダイヤモンドS.
クリッツ-クリストフA.
ファイアックB.A.
ベーカーR.
モロウィッツ M.J.
バンフィールド J.F.
乳児腸内細菌の持続性は、母親の起源、系統、および表面付着や鉄分獲得などの形質と関連している。
Cell Rep. Med. 2021; 2: 100393
記事で見る
スコープス (9)
パブコメ
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
Lu J.
ブライトヴィーサーF.P.
ティーレンP.
Salzberg S.L.
ブラッケン:メタゲノム・データにおける種の存在量の推定。
PeerJ. 2017; 3: e104
記事で見る
グーグル スカラー
マクファーレンG.T.
エングリストH.N.
ヒト大腸内細菌叢によるデンプン利用。
J. Appl. Bacteriol. 1986; 60: 195-201
記事で見る
Scopus (202)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
マドセンJ.L.
Søndergaard S.B.
Møller S.
中年健常者における脾臓血流および酸素摂取量の食事誘発性変化。
Scand. J. Gastroenterol. 2006; 41: 87-92
記事で見る
スコープス (31)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
マルバートC.H.
回盲部括約筋。
Neurogastroenterol。Motil。2005; 17: 41-49
記事で見る
スコープス (39)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
マリック H.
ラーナバードA.
マカイバーL.J.
マー S.
ザン Y.
グエン L.H.
ティックル T.L.
ウェインガート G.
レン B.
シュワガーE.H.
他。
集団規模のメタオミクス研究における多変量関連発見。
PLoS Comput. Biol. 2021; 17: e1009442
記事で見る
スコープス (135)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
マーティン S.T.
ヴォーゲルJ.D.
腸管ストーマ:適応、管理、および合併症。
アドバンスサージ 2012; 46: 19-49
記事で見る
スコープス (22)
PubMed
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
マッケンナ A.
ハンナM.
バンクスE.
シバチェンコA.
チブルスキスK.
ケルニツキー A.
ガリメラ K.
アルトシュラーD
ガブリエル S.
デイリー M.
デプリスト M.A.
Genome Analysis Toolkit: 次世代DNAシーケンスデータ解析のためのMapReduceフレームワーク。
ゲノム研究 2010; 20: 1297-1303
記事で見る
スコープス (14383)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
マクマーディP.J.
ホームズS.
phyloseq: R package for Reproducible Interactive Analysis and Graphics of microbiome Census Data.(マイクロバイオームセンサスデータの再現性のあるインタラクティブな解析とグラフィックスのためのRパッケージ)。
PLoS One. 2013; 8: e61217
記事で見る
スコープス (7490)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
マクマーディP.J.
ホームズ S.
Waste not, want not: Why rarefying microbiome data is inadmissible.
PLoS Comput. Biol. 2014; 10: e1003531
記事で見る
スコープス (1533)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
メンデD.R.
レトゥニックI.
Huerta-Cepas J.
リー S.S.
フォースルンド K.
砂川 悟
Bork P.
proGenomes: a resource for consistent functional and taxonomic annotations of Prokaryotic genomes.原核生物ゲノムの一貫した機能的および分類学的アノテーションのためのリソース。
ヌクレイック・アシッズ・レズ. 2017; 45: D529-D534
記事で見る
スコープス (69)
PubMed
Crossref
グーグル奨学生
ミラーM.A.
パークマンH.P.
アーベインJ.L.
ブラウン K.L.
ドナヒューD.J.
ナイト L.C.
マウラーA.H.
フィッシャー R.S.
オロセカル・トランジットの評価におけるシンチグラフィーとラクツロース呼気水素測定法の比較:ラクツロースは小腸通過を促進する。
Dig. Dis. Sci. 1997; 42: 10-18
記事で見る
スコープス (121)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
モーガン X.C.
ティックルT.L.
ソコルH.
ゲバース D.
デバニーK.L.
ワード D.V.
レイエスJ.A.
シャー・S.A.
レレイコ N.
スナッパーS.B.

炎症性腸疾患における腸内細菌群の機能不全と治療法
ゲノムバイオロジー 2012; 13: R79
記事で見る
スコープス (1689)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ナウマンS.
ハラーD.
エイスナーP.
シュヴァイゲルト-ワイズU.
胆汁酸と植物化合物の相互作用のメカニズム-レビュー。
Int. J. Mol. Sci. 2020; 21
記事で見る
スコープス(18)
クロスリファレンス
Google Scholar
ネイファック S.
ロドリゲス-ミュラーB.
ガルドN.
ポラード K.S.
菌株プロファイリングのための統合メタゲノミクスパイプラインは、細菌の伝播と生物地理学の新しいパターンを明らかにする。
ゲノム・リサーチ(Genome Res.) 2016; 26: 1612-1625
記事で見る
スコープス(243)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
オルムM.R.
クリッツ-クリストフA.
ブーマ-グレグソンK.
ファイアックB.A.
モロウィッツ・M.J.
バンフィールド J.F.
inStrainはメタゲノムデータから集団の微細多様性をプロファイリングし、共有された微生物株を感度よく検出する。
Nat. Biotechnol. 2021; 39: 727-736
記事で見る
スコープス (71)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
パドマナバンP.
グロッセJ.
アサド A.B.
ラッダ G.K.
ゴレイ X.
NanoSPECT-CTを用いた99mTc-DTPA標識活性炭によるマウスの消化管通過性測定.
EJNMMI Res. 2013; 3: 60
記事で見る
スコープス (103)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ポマーレE.W.
ブランチ W.J.
Cummings J.H.
ヒト大腸における炭水化物発酵と静脈血中酢酸濃度との関連性
J. Clin. Invest. 1985; 75: 1448-1454
記事で見る
スコープス (232)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
プロアノM.
カミレリM.
フィリップスS.F.
ブラウン M.L.
トムフォードのG.M.
ヒト結腸における固形物の通過:非準備型腸管における局所定量化。
Am. J.フィジオロジー 1990; 258: G856-G862
記事で見る
PubMed
Google Scholar
プルースE.
クアストC.
クニッテルK.
Fuchs B.M.
ルドウィグ W.
ペプリーズ J.
Glöckner F.O.
SILVA:ARBに対応したリボソームRNA配列データの品質チェックとアラインメントのための包括的なオンラインリソース。
核酸医薬の研究 2007; 35: 7188-7196
記事で見る
スコープス (4447)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
レーズ J.
ボーク P.
分子生態システム生物学:群集機能の理解に向けて。
Nat. Rev. Microbiol. 2008; 6: 693-699
記事で見る
スコープス (279)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ロトミストロフスキーK.
アガーワラ R.
BMTagger: Best match tagger for removing human reads from metagenomics datasets.
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/bmtagger/
日付:2011年
記事で見る
Google Scholar
Schloissnig S.
アルムガムM.
砂川 悟
ミトレヴァ M.
タップ J.
朱 A.
ウォーラー A.
メンデD.R.
クルティマJ.R.
マーティンJ.
他。
ヒト腸内細菌群のゲノム変異ランドスケープ。
Nature. 2013; 493: 45-50
記事で見る
スコープス (545)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
セヴァン D.C.
フーラーT.
ザンボーニN.
ザウアー U.
大腸菌の新規酵素をハイスループットに同定するためのノンターゲットin vitroメタボロミクス。
Nat. Methods. 2017; 14: 187-194
記事で見る
スコープス (82)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ジルベスターK.R.
エングルストH.N.
Cummings J.H.
レジスタントスターチを含む全食品からのでんぷんの回腸回収率をin vitroで測定し、回腸排出物を発酵させた。
Am. J. Clin. Nutr. 1995; 62: 403-411
記事で見る
スコープス (150)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
スタッペンベック T.S.
フーパーL.V.
ゴードンJ.I.
パネス細胞を介した常在菌による腸管血管新生の発生制御。
Proc. Natl. Acad. Sci.USA。2002; 99: 15451-15455
記事で見る
スコープス (804)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ストラキM.
ミネクスM.
ベネマK.
ラハティ L.
スミド E.J.
クレーレベゼムM.
Zoetendal E.G.
ヒト回腸の動的in vitroモデルにおける微生物群集は、ヒト回腸微生物叢に類似している。
FEMS Microbiol. Ecol. 2019; 95: FIZ096
記事で見る
スコープス (6)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
スンドバーグB.
ウッドP.
リエA.
アンデルソンH.
サンドバーグ A.S.
ハルマンズG.
アマンP.
異なる穀物のパンから得られた混合結合βグルカンは、ヒト回腸瘻モデルで部分的に分解される。
Am. J. Clin. 栄養学 1996; 64: 878-885
記事で見る
スコープス (46)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
スンドクイストA.
ビグデリS.
ジャリリR.
ドゥルージン M.L.
ウォーラー S.
プルン・K.M.
エルサイードY.Y.
タスリミM.M.
バツォグルー S.
Ronaghi M.
チップベースのパイロシークエンスによるバクテリアフローラのタイピング。
BMC Microbiol. 2007; 7: 108
記事で見る
スコープス (185)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
メタボロミクス・イノベーションセンター
FooDB バージョン 1.0、コンピュータソフトウェア。
ザ・メタボロミクス・イノベーションセンター,2017
記事で見る
グーグル・スカラー
トラウナー M.
ボイヤー J.L.
胆汁酸塩トランスポーター:分子特性、機能、および調節。
Physiol. Rev. 2003; 83: 633-671
記事で見る
スコープス (789)
パブコメ
クロスリファレンス
グーグル奨学生
内村洋行
フーラーT.
李 浩
ローソンM.A.
Zimmermann M.
ユルマズ B.
ジンデル J.
ロンキ F.
ソリバス・M.
ハプフェルマイヤーS.
他。
抗体は、微生物代謝物の侵入とその結果としての哺乳類宿主反応を制限する境界を設定する。
Immunity. 2018; 49: 545-559.e5
記事で見る
スコープス (77)
PubMed
アブストラクト
全文
全文PDF
Google Scholar
ウリツキー G.V.
ディルッジェーロ J.
テイラー J.
MetaWRAP-a flexible pipeline for genome-resolved metagenomic data analysis(メタゲノム解析のための柔軟なパイプライン)。
Microbiome. 2018; 6: 158
記事で見る
スコープス (413)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ファン・トライプ M.P.H.
レッシュC.
アンR.
ケシュトカーS.
ログテンバーグ M.J.
エルメスG.D.A.
ゾーテンダル E.G.
ショルス H.A.
Hooiveld G.J.E.J.
ヒト小腸内細菌叢による食物繊維の発酵動態は、食物繊維の種類と対象者に依存する。
Mol. Nutr. Food Res. 2020; 64: e2000455
記事で見る
スコープス (4)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ウォーカー B.J.
アベールT.
シアT.
プリースト M.
アブーリエル A.
サクティクマールS.
クオモC.A.
ゼン Q.
ウォートマン J.
ヤング S.K.
アール A.M.
Pilon:包括的な微生物バリアント検出とゲノムアセンブリ改良のための統合ツール。
PLoS One. 2014; 9e112963
記事で見る
スコープス(3677)
クロスリファレンス
グーグルスカラー
ウィルム A.
アウP.P.
バートランドD.
ヨウ G.H.
オング S.H.
ウォン・C.H.
コーC.C.
ペトリク・R.
ヒバード M.L.
ナガラジャン N.
LoFreq:ハイスループットなシーケンシングデータセットから細胞集団の不均一性を明らかにするための配列品質を考慮した超高感度バリアントコーラー。
核酸医薬研究 2012; 40: 11189-11201
記事で見る
スコープス (652)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ウィルマンスキーT.
ディエナーC.
Rappaport N.
パットワルダン S.
ウィドリック J.
ラピドス J.
アールズJ.C.
ジマーA.
グルスマン G.
ロビンソンM.
他。
腸内細菌叢のパターンは健康的な老化を反映し、ヒトの生存を予測する。
Nat。Metab. 2021; 3: 274-286
記事で見る
スコープス (116)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ウィシャートD.S.
グオ A.
オーラーE.
Wang F.
アンジュム A.
ピータース H.
ディゾン R.
サイーダZ.
ティアン S.
リーB.L.

HMDB 5.0:2022年版ヒトメタボロームデータベース。
Nucleic Acids Res. 2022; 50: D622-D631
記事で見る
スコープス (130)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ウィシャートD.S.
ジュイソンT.
グォ A.C.
ウィルソン M.
ノックス C.
リュー Y.
Djoumbou Y.
マンダル R.
アジアット F.
Dong E.
et al.
HMDB 3.0--2013年のヒトメタボロームデータベース。
Nucleic Acids Res. 2013; 41: D801-D807
記事で見る
スコープス (2252)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ウッドD.E.
ルーJ.
ラングミード B.
Kraken 2によるメタゲノム解析の改善。
ゲノム・バイオロジー 2019; 20: 257
記事で見る
スコープス (1097)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
ウッドD.E.
サルツバーグ S.L.
Kraken: 正確なアラインメントを用いた超高速メタゲノム配列分類。
ゲノムバイオロジー 2014; 15: R46
記事で見る
スコープス (2130)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
Yilmaz B.
ジュエラットP.
オヨス O.
ラモン C.
ブラボー F.D.
フラン Y.
フルニエ N.
ミケッティP.
ミューラー C.
ゲーキング M.
他。
再発性難治性クローン病における微生物ネットワークの乱れ。
Nat. Med. 2019; 25: 323-336
記事で見る
スコープス(171)
PubMed
クロスレフ
グーグル奨学生
ユルマズB.
ムーサーC.
ケラー I.
Li H.
Zimmermann J.
ボスハルトL.
フューラー T.
ゴメス・デ・アギュエロ M.
トリゴ N.F.
ツァンツ=リッシャーH.

マウスにおける微生物叢の長期的進化と短期的適応。
Cell Host Microbe. 2021; 29: 650-663.e9
記事で見る
スコープス (18)
PubMed
概要
全文
全文PDF
Google Scholar
Zeevi D.
コレムT.
ゴドネバA.
バーN.
クリルシコフA.
ロタンポンパンM.
ウェインバーガーA.
フー J.
ウィメンガ C.
Zhernakova A.
他。
腸内細菌群の構造的変異は、宿主の健康と関連している。
Nature. 2019; 568: 43-48
記事で見る
スコープス (137)
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
趙 悟(Zhao S.
リーバーマンT.D.
ポイエ M.
カウフマン K.M.
ギボンズ S.M.
グルーサンM.
グザビエ R.J.
アルム E.J.
健康な人の腸内細菌群における適応的進化。
セルホストマイクロビー。2019; 25: 656-667.e8
記事で見る
スコープス(134)
PubMed
アブストラクト
全文
全文PDF
Google Scholar
Zoetendal E.G.
レーズ J.
ファンデンボガートB.
アルムガムM.
Booijink C.C.
トルースト F.J.
ボーク P.
ウエルス M.
デ・ヴォスW.M.
Kleerebezem M.
ヒト小腸内細菌叢は、単純糖質の迅速な取り込みと変換によって駆動されている。
ISME J. 2012; 6: 1415-1426
記事で見る
スコープス (417)
PubMed
クロスリファレンス
Google Scholar
記事情報
出版年譜
掲載されました。2022年10月31日
受理されました。2022年10月4日
改訂版受理 2022年7月18日
受理:2022年7月18日 2022年4月20日
出版段階
In Press, Corrected Proof
識別番号
DOI: https://doi.org/10.1016/j.chom.2022.10.002


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