免疫介在性疾患に関する生物多様性仮説のプラセボ対照二重盲検試験。環境微生物の多様性は幼児のサイトカインの変化とT制御細胞の増加を誘発する
エコトキシコロジーと環境安全
第242巻 2022年9月1日 113900号
免疫介在性疾患に関する生物多様性仮説のプラセボ対照二重盲検試験。環境微生物の多様性は幼児のサイトカインの変化とT制御細胞の増加を誘発する
著者リンク オーバーレイパネルを開くMarja I.Roslundab
ADELE研究グループ
https://doi.org/10.1016/j.ecoenv.2022.113900
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ハイライト
均質化された微生物学的に豊かな土壌は、都市の遊び場を再生するために使用することができる。
プラセボ対照の介入により、都会の子どもたちの免疫調節が促進される。
皮膚微生物相の変化はインターロイキン-10とT細胞の頻度と関連している。
免疫調節の強化は微生物叢に関連しており、センシンググリーンは必要ない。
この結果は、免疫介在性疾患の生物多様性仮説を支持するものである。
概要
背景
免疫疾患の生物多様性仮説によれば、日常生活環境における微生物学的多様性の欠如が、免疫寛容の調節障害、ひいては西洋の都市人口における免疫疾患の蔓延の中核的理由であるとされている。長年にわたる熱心な研究にもかかわらず、この仮説は二重盲検プラセボ対照の介入試験で検証されたことはない。
目的
生物多様性が免疫寛容に及ぼす影響を調べる、初のプラセボ対照二重盲検試験を実施することを目的とした。
方法
介入群では、3-5歳の児童に、微生物的に多様な土壌で強化された遊び場の砂を、プラセボ群では、視覚的には似ているが微生物的に貧弱な砂を泥炭で着色したものを与えた（各処理群13名）。子どもたちは1日2回、20分間、砂場で14日間遊んだ。ベースラインと14日後に砂、皮膚および腸内細菌、血液のサンプルを採取した。細菌の変化は28日間追跡された。砂、皮膚、腸のメタゲノムが、細菌の16 S rRNA遺伝子のハイスループット配列決定によって決定された。血漿からサイトカインを測定し、血中制御性T細胞の頻度を全CD3 +CD4 + T細胞に対する割合で定義した。
結果
細菌の豊富さ（P < 0.001）および多様性（P < 0.05）は、プラセボの砂よりも介入群で高かった。ガンマプロテオバクテリアを含む皮膚細菌群集は、介入処理においてのみ、濃縮砂の細菌群集に類似するように変化した（P < 0.01）。血漿中インターロイキン-10（IL-10）濃度およびIL-10/IL-17A比の平均変化量は、プラセボと比較して介入治療で免疫調節を支持した（P = 0.02）。IL-10濃度（P = 0.001）およびIL-10/IL-17A比（P = 0.02）は、皮膚上のガンマプロテオバクテリアのコミュニティーと関連していた。Treg頻度の変化は、皮膚のThermoactinomycetaceae 1（P = 0.002）および未分類のAlphaproteobacteria（P < 0.001）の相対存在量と関連していた。28日後、介入治療ではベースラインと比較して皮膚細菌群集に依然として差がみられた（P < 0.02）。
結論
これは、微生物の生物多様性への毎日の曝露が、ヒトにおける免疫調節と関連することを示した最初の二重盲検プラセボ対照試験である。この知見は、免疫介在性疾患に関する生物多様性仮説を支持するものである。環境微生物叢は子供の健康に寄与する可能性があり、日常の生活環境に微生物の多様性を加えることで免疫調節をサポートする可能性があると結論づけた。
図表参照
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Graphical Abstract（グラフィカルアブストラクト）。二重盲検プラセボ対照介入試験の結果をグラフィカルにまとめたもの。Graphical abstractはAnna Luukkonen（ヘルシンキ大学）によりデザインされました。
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キーワード
生物多様性仮説子どもの環境健康免疫制御プラシーボマイクロバイオタ都市再植林
はじめに
生物多様性仮説と旧友仮説によれば、環境微生物叢への曝露不良は、免疫介在性疾患の素因の一つである（Haahtela, 2019, Hanski et al, 2012, Rook et al, 2003）。免疫調節と免疫寛容がよく機能し、免疫介在性疾患の発生率が低いことは、農業地域や緑地に隣接して生活することと関連していると報告されています（Hanskiら、2012年、Kirjavainenら、2019年、Nurminenら、2021年）。同様に、環境微生物相との接触が豊富な伝統的なライフスタイルを送る人々は、一般的に多様な常在菌を持ち、免疫介在性疾患の発生率が低い（Alfven et al., 2006, Kondrashova et al., 2013, Lee et al., 2012, Stein et al., 2016, Williams et al., 17）。一方、農業環境は、炎症反応や最終的には過敏性肺炎と関連するサーモアクチノマイセス・ブルガリス、T. ビリディス、T. サッカリなどの細菌を濃縮することがあります（Nogueira et al.、2019年）。ヒトの微生物叢に影響を与えるその他の要因としては、食事、遺伝、ライフスタイル要因、例えば衛生レベルや抗生物質の使用などがあります（Graham-Rowe、2011、Shreiner et al.、2008）。西洋型の食事は都市居住者に多く、より加工された工業化食品を特徴とし（De Filippo et al., 2017, Sonnenburg and Sonnenburg, 2019）、生物多様性曝露の文脈で都市と農村の集団を比較する際に腸内細菌叢の結果を混乱させる可能性がある。旧友と生物多様性の仮説は、建築された地域が豊かな環境微生物叢の室内への移動を制限すること（Parajuliら、2018）、多様な庭の植生と多様な腸内微生物叢は相互に関連していること（Huiら、2019b、Parajuliら、2020）、植生の多様性が小児喘息と白血病から守る可能性があるという最近の発見によってさらに支持されています（Donovanら、2021, Donovanら, 2018)。多くの先進国でアレルギー、自己免疫、炎症性腸疾患などの慢性炎症性疾患の増加が明らかになったため、科学者や医療専門家は、自然との再接続、生態系の修復と保全、都市の生息環境の再構築、マイクロバイオームの再構築の必要性を強調しています（Haahtelaら、2021、Millsら、2020、Prescott、2021、Robinsonら、2021、Rook and Lowry、2022、Watkinsら、2020）。
生活環境、微生物叢、免疫反応、疾病発生率に関する長年の比較研究にもかかわらず、生物多様性と旧友の仮説は、二重盲検プラセボ対照の介入試験で検証されたことはなかった。実際、生物多様性介入による通性微生物叢と免疫系への効果は、2つのヒト試験で調査されただけである。Nurminenら（2018）は、1日3回、2週間、土や植物由来の材料で手をこすってもらう安全性試験を実施しました。Roslundら（2020）は、植生した微生物学的に多様な林床、ソッド、植木箱、泥炭ブロックを保育所の庭に挿入し、微生物相の変化、および幼児の血中サイトカインレベルと制御性T（Treg）細胞頻度について報告しました。どちらの研究でも、免疫調節機能が高まり、常在菌の微生物叢が多様化したことが確認されました。ただし、Nurminenら（2018）およびRoslundら（2020）の研究では、対照はプラセボ治療を受けませんでした。これらの研究に加え、有機土壌や植物への曝露は、都市生活者の皮膚や呼吸器の微生物叢を豊かにし（Grönroosら、2019、Nurminenら、2018、Roslundら、2021、Selwayら、2020）、病原体を含む細菌属の優勢を減らすことが知られています（Huiら、2019a）。さらに、生物多様性の高い土壌に触れることで、腸内細菌叢が変化し、メンタルヘルスの効果が期待できる（Brameら、2021年、Liddicoatら、2020年）。プラシーボ効果でも理論的には免疫系の機能を変化させることができ（Hadamitzkyら、2018）、常在細菌叢への影響も排除できないため、生物多様性の免疫系への影響に関する決定的な証明はまだなされていないのが現状です。
プラセボ対照のない以前の介入研究において、血漿サイトカインレベルとTreg細胞は多様な微生物叢への曝露と関連していた（Roslundら、2020年）。Treg細胞は、免疫反応の組織損傷作用と保護作用のバランスを維持する上で極めて重要な役割を果たす（Vignaliら、2008）。インターロイキン-10（IL-10）は、ヒトの免疫反応内で見られる重要な抗炎症性サイトカインの1つであり（Opal and DePalo, 2000）、一方インターロイキン-17（IL-17）は、炎症性腸疾患、関節リウマチおよび多発性硬化症を含むいくつかの免疫仲介疾患に関連している、炎症性のサイトカインである（Jin and Dong, 2013）。したがって、Treg細胞頻度、IL-10およびIL-17は、免疫調節経路の変化の代用として使用することができる。
ここでは、保育園児が微生物的に多様な砂または貧弱な砂にさらされる、無作為化二重盲検プラセボ対照介入試験の結果を報告する。我々は、0日目と14日目にこれらの子供たちの砂、皮膚、腸内細菌叢、血漿サイトカインレベル、Treg細胞頻度を測定した。また、28日目に砂、皮膚、腸から微生物群集を分析した。介入とプラセボの砂場砂混合物の間の微生物叢を比較した。この研究では、5つの目的があり、それは仮説として表現された。まず、砂の生物多様性が子どもたちの常在細菌叢に影響を与えるという仮説を立てた。第二に、免疫調節物質であるIL-10サイトカインのレベルおよびIL10とIL-17Aサイトカインの比率の変化が、介入群とプラセボ群で異なるであろうという仮説である。第三に、先行研究において皮膚Gammaproteobacteriaが免疫調節の増強と関連していたことから（Fyhrquistら、2014、Hanskiら、2012、Riskumäkiら、2021、Roslundら、2020）、濃縮砂が皮膚Gammaproteobacteriaに影響を与えると仮定した。これに基づき、我々は、皮膚上のガンマプロテオ細菌群集が、血漿IL-10レベルおよびIL-10：IL-17A比に関連すると予想した。最後に、制御性T細胞の変化は、皮膚マイクロバイオータの変化と関連していると予想された。つまり、主な目的は、常在細菌叢の潜在的な変化と、それらと免疫マーカーとの関連性を調べることであった。
材料と方法
2.1. 実験デザイン
フィンランド南部のラハティ市にある6つのデイケアセンターが研究に参加し、そのうち2つが介入群に、残りの4つがプラセボ群に無作為に選ばれた（各治療群13人）（Table S1）。2018年5月末に介入デイケアとプラセボデイケアの庭に同様の砂場（1.5 m X 1.5 m）が設置された。介入デイケアでは、砂場は、農業スタックからなる堆肥化材料を含む生物多様性粉末（1：1の比率）で強化した氷河期起源の通常の砂（商品名：Kekkilä Leikkihiekka）で満たされ、6つの市販園芸土壌（商品名: このパウダーには、農業用スタック、6種類の市販園芸用土壌（商品名：Musta Multa, Niittymulta, Nurmikkomulta, Perennamulta, Puistomulta, Viljelymulta）、落葉状リター、ピート、スッポンミズゴケが含まれています。生物多様性パウダーについては、これまでの研究（Grönroos et al., 2019, Hui et al., 2019a, Nurminen et al., 2018）で詳しく説明されています。プラセボデイケアでは、砂場は、プラセボ材料であるブロンドピート（Kekkilä、フィンランド）を伴った通常の砂場の砂で、10：1の割合で満たされました。介入とプラセボの砂が目に見えて似ていることから、参加した子ども、その両親、保育士、子どもを監督しサンプルを収集するアシスタントは、介入とプラセボの保育所を区別することができないことが確認された。我々は先に生物多様性粉末と砂の16S rRNA数を測定した（Huiら、2019a）。それらは、それぞれ土壌1グラムあたり3.5×109および1.3×107配列であった。泥炭では、16S rRNA の存在量は 1.3 × 108 であった。混合比は介入処理で1：1、プラセボ処理で1：10であったため、今回の研究で使用した土壌には、ベースライン時に砂場で1グラムあたり＞1 × 109および1.3 × 107の16S配列が含まれていた。
3歳から5歳の26人の子供が研究に参加した（表S1）。最初の14日間（監視期間）は、研究アシスタントが平日の午前と午後の20分間、毎日2回保育園を訪問し、子どもたちが砂場内で遊び、砂に直接触れることができるよう砂場での活動を企画した。その後14日間、砂場は保育園に保管され、子どもたちは砂場内で自由に遊ぶことができ、ガイド付きの活動は行わなかった。このように、介入期間は合計28日間であった。研究アシスタントは、研究対象者全員が砂場での組織的活動に参加したかどうかを毎日記録した。
参加した保育園では、子どもたちに毎日3食（朝食、昼食、午後のおやつ）、ラハティ市のセントラルキッチンで調理された均一な食事が提供された。調査地域のすべての保育園で、園児は1日2回、約0.5～2時間、園庭で過ごす。保護者から背景情報を聴取した。ベリー類や野菜の私的消費、屋外や自然の中で過ごす時間、動物との接触、病欠、住居形態、兄弟姉妹の数は、保育所グループ間で差がなかった（P > 0.07; 表S2D）。
本研究は、「フィンランド研究公正諮問委員会」の勧告に従い、地元の病院地区（Pirkanmaa病院地区、フィンランド）の倫理委員会の承認を得て実施された。ヘルシンキ宣言に準拠した書面によるインフォームドコンセントをすべての保護者から取得した。本試験は、ClinicalTrials.gov（ID NCT03997175）に登録された。
2.2. サンプル採取
ベースライン（0日目）、2週間の砂場での指導期間後（14日目）、4週間のフォローアップ期間後（28日目）の3時点において、微生物分析用に砂、皮膚スワブ、便のサンプルを採取した。血液サンプルは、免疫学的分析のためにベースラインと14日目に採取された。
保育園では、訓練を受けた看護師が皮膚スワブサンプルを採取し、子どもたちの両親は自宅で便のサンプルを採取した。皮膚サンプルの採取は午後に行われ、監視の直後ではなかった。手洗いに関して、子どもたちは普通に行動していた。3-5 歳児はトイレの後に自分で手を洗うため，手のひらを 1 日に数回洗っていた．皮膚スワブ採取の前に手を洗うことは求めなかった。0.15 M NaCl中の0.1% Tween® 20で湿らせた滅菌綿毛棒を用いて，各児童の利き手の手の甲から皮膚スワブを採取した（2 × 2 cm面積，10秒間拭き取り）。皮膚スワブは直ちにドライアイスに入れ、さらに処理するまでは-70℃で保存した。皮膚スワブサンプルと同時に、滅菌綿棒を室温に10秒間保持することで1保育園あたり1つの対照フィールドブランク綿棒サンプルを採取した。
保護者は、便サンプルを滅菌プラスチックチューブに採取した。これらは、研究者が家庭からサンプルを回収し、-70℃に移すまで、家庭用冷凍庫（-18～-20℃）で1～2日間保存された。
砂サンプルは、介入側とプラセボ側の砂場から滅菌スプーンでランダムに5カ所（深さ1～5cm）採取した。また、濃縮砂の製造に使用した各原料と、プラセボ砂場で使用した泥炭からも試料を採取した。
2.3. 微生物分析
DNAは、PowerSoil® DNA Isolation Kit (MoBio Laboratories, Inc., Carlsbad, CA, USA)を用いて、メーカーの標準プロトコルにしたがって抽出された。505Fと806Rのプライマーを用いて、16S rRNA遺伝子内のV4領域をPCRで増幅した（各サンプルから3テクニカルレプリケート）（Caporasoら、2012）。陰性対照（滅菌水）と対照フィールドブランクは、サンプリングプロセス中およびそれ以降のすべてのステップ（DNA抽出、PCR、配列決定対照）で含み、陽性対照（Cupriavidus necator JMP134, DSM 4058）は分析の質を保証するために各PCRに含まれた。アンプリコン（2×300 bp）のペアエンドシーケンスは、v3試薬キットを使用してIllumina Miseq装置で実施した。
生のペアエンド配列ファイルは、Mothurバージョンv1.35.1（Schlossら、2009）を用いて、先に記載したように処理した（Roslundら、2020年、Roslundら、2018年）。配列は、SILVA参照データベースv132（Pruesseら、2007）のMothurバージョンを使用して整列し、RDPトレーニングセット（バージョン10）に対してナイーブベイズ分類器（Wangら、2007）を使用して分類群に割り当てられた。非対象配列（ミトコンドリア、葉緑体、古細菌）は削除した。配列はOTUに割り当てるOptiClustを用いて、類似度97％のOTUにクラスタリングした。ネガティブコントロールで見つかったOTUは、インデックスホッピングの可能性を考慮し、配列データから削除した。あるOTUの存在量が全実験単位で≦10配列の場合、低存在量のOTUの多くはPCRまたは配列決定のアーチファクトであるため、統計解析から除外した（Brown et al, 2015, Tedersoo et al, 2010）。
サンプルは、群集組成分析のために最小のサンプル配列深度にサブサンプルされた。皮膚サンプルは1968配列に、便サンプルは1460配列に、土壌サンプルは4274配列にサブサンプリングされた。4つのスツールサンプルは、シーケンスリードが少ない（< 1460）ため、下流の分析から廃棄された。Good's coverage index (average ± SD: soil 0.91 ± 0.06, stool 0.98 ± 0.01 and skin 0.92 ± 0.07) を用いて、多様性と群集組成分析におけるOTUカバー率の適切性を判定した。Mothurの全細菌群について、summary.singleコマンドを用いて、豊かさ、ShannonおよびSimpson多様性指標を推定した。
2.4. 血漿および末梢血単核細胞（PBMC）サンプルの分離
腕の静脈からクエン酸ナトリウム入りVacutainer® CPT™ 単核球調製用チューブ (BD Biosciences, NJ, USA) に静脈血を採取し、製造元の指示に従って遠心分離して血漿と末梢血単核球 (PBMCs) を調製した。PBMCは，RPMI-1640培地（Life Technologies, CA, USA）中の10％DMSO（Merck KGaA, Darmstadt, Germany），10％ヒトAB血清（Sigma-Aldrich, MO, USA），50 U／mLペニシリンおよび50 µg／mLストレプトマイシン（Sigma-Aldrich, MO, USA）および10 mM L-glutamine （Live Technologies, CA, USA）からなる冷凍培地で-80℃で冷凍コンテナ（BioCision LLC, CA, USA）を使って冷凍保存された．PBMCサンプルは48時間後に長期保存のため液体窒素に移し、血漿サンプルは-80℃で保存した。
2.5. 血漿中のサイトカインおよびT細胞分析
IL-17A と IL-10 の濃度は、Milliplex MAP 高感度 T 細胞パネルキット（Merck KGaA, Darmstadt, Germany）を用いて、血漿試料から製造者の指示に従い測定された。Bio-Plex® 200 system (Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, USA) を用いて蛍光を解析し、Bio-Plex Manager software (version 4.1, Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, USA) を用いてデータを収集した。
凍結PBMCを解凍し、2 mM L-グルタミン、20 mM 2-ME、1 mMピルビン酸ナトリウム、非必須アミノ酸、100 IU/mL ペニシリン、100 mg/mL ストレプトマイシン、10 mM HEPES（すべてLonza製）および5%不活化ヒトAB血清（Sigma-Aldrich）を補充したRPMI 1640培養培地で37℃、5 % CO2で一晩安静にしてから、この培地で培養を行った。CD3 +CD4 +CD25 +CD127lowFOXP3+Treg細胞を同定するための免疫染色は、（Viisanen et al., 2019）に以前に記載されているように行った。Tregの頻度は、総CD3 +CD4 + T細胞に対するパーセンテージとして定義した。CD3 +CD4 +メモリーT細胞内の細胞内サイトカイン発現の決定のために、PBMCを刺激し、以前に（Viisanen et al.、2017）に記載されたとおりに処理した。細胞内サイトカイン染色は、IL-2（APC-R700、BD）、IL-21（PE、Biolegend）、TNF-α（BV421、Biolegend）およびIFN-γ（Alexa Fluor 488、Biolegend）に対する抗体で実施された。すべてのフローサイトメトリーサンプルは、Novocyte Quanteonフローサイトメーター（Agilent）で取得し、データはFlowJoソフトウェア（BD Biosciences）で分析した。
2.6. 統計解析
すべての統計的検定は、R v3.6.1（R Core Team, 2018）およびvegan（Oksanen et al., 2019）およびlme4（Bates et al., 2015）パッケージで行った。細菌のβ多様性は、Bray-Curtis距離（Anderson, 2017）を用いたPermutational Multivariate Analysis of Covariance（PERMANOVA、veganパッケージの関数adonis）で介入保育園とプラセボ保育園の子どもたちの間で分析された。2つの独立したPERMANOVA分析を行った：1つはデイケア治療間の差を推定するための時点内、もう1つはデイケア治療内の変化を推定するための時点間である。PERMANOVAは、存在量と存在/不在（デコスタンド関数による標準化手法「pa」）データセットで、OTU、属、目、科、クラス、門レベルで実施された。さらに、皮膚と便サンプルでは相対存在量が1%以上、土壌サンプルでは0.2%以上の場合、特定の門とクラス内でPERMANOVAが行われた。PERMANOVAでの有意差がセントロイドの位置の違いではなく、グループ内の変動（分散）の違いによるものかどうかを調べるために、グループ分散の多変量同質性（PERMDISP、veganパッケージの関数betadisper）を使用した。細菌群集組成の違いを可視化するために、Bray-Curtis 距離を用いた主座標分析（PCoA）を用いた（cmdscale 関数）。ShannonおよびSimpson多様性指数は関数diversityを用いて、種の豊富さはveganパッケージの関数specnumberを用いて決定した。veganパッケージでは、Shannon指数はH = -sum p_i log(b) p_iと定義され、p_iは種iの比例現存量、bは対数の底である。Simpsonの指数はD = sum p_i^2に基づいており、veganパッケージのsimpsonを選択すると1-Dを返します。
参加者の保育所へのクラスタリングを考慮し、細菌変数の時間的シフトを分析するために線形混合効果モデル（LMM）（lme4パッケージの関数lmer）が構築された。保育所間における細菌測定値の差を検定するため，従属変数として細菌の豊富さ，多様性，相対現存量を用い，反復測定因子（固定因子）として保育所と時点を用い，グループ化変数（ランダム因子）としてクラスタ（保育所）内に入れ子にした個々の参加者をLMMモデルで使用した．細菌測定値と免疫パラメータの相関を検証するため、サイトカイン発現またはTreg頻度変化を従属変数、細菌変化を説明変数、保育所および性別をランダム変数とした。治療間のサイトカイン変化の差を推定するために、（Twisk et al., 2018）が推奨するように、LMMモデルで治療と時間の間の相互作用を使用しました。詳細には、LMMモデルにおいて、サイトカイン発現を従属値、治療と時間の交互作用を説明変数、クラスタ（保育園）内にネストされた個々の参加者をランダム因子として使用した。
ガンマプロテオ細菌群集とサイトカイン発現の相関を検証するために、Bray-Curtisメトリックを用いた非計量多次元尺度法（NMDS）を用いてガンマプロテオ細菌OTUを序列にスコア化し、Roslundら（2020）と同様にveganパッケージ（Oksanenら、2019）の関数 envfitを用いて対応するサイトカイン発現レベルおよびTreg頻度との相関が評価された。関数envfitは、順序軸を有する変数の重回帰を計算する（免疫パラメータは従属変数として、選択された順序軸は説明変数として使用される）。有意性は並べ替え検定で検定される。デイケア治療間の細菌変数の差は、t検定、または正規分布でないデータの場合には、Wilcoxon signed-rank 検定も用いて決定された。LMMモデル，t-検定，Wilcoxon signed-rank検定は，相対存在量が0.1％以上の細菌分類群について実施した．
偽発見率（FDR）を概念化するため、すべての統計的検定はBenjamini-Hochberg補正（結果ではQ値と呼ぶ）で実施した。すべての統計的検定はQ < 0.05の水準で有意とみなした。
結果
3.1. 介入砂場は、プラセボや通常の砂と比較して、微生物多様性が高かった
介入砂は、主要な系統と分類を含む細菌の豊かさ（PおよびQ < 0.001）および多様性（シャノン指数およびシンプソン指数）が高かった（PおよびQ < 0.05）（図1AおよびB）。アルファ、ベータ、ガンマプロテオバクテリアに属する未分類の属（P < 0.004 と Q < 0.05）、25属の相対存在量は、プラセボの砂に比べて濃縮砂で高かった（概要記事のデータ：表 1）。プラセボの砂は、Halomonas、Herbaspirillum、Comamonadaceaeの未分類の属の相対量が高かった（P < 0.03 and Q < 0.05, Data in brief's article: Table 1）。
図1
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図1. A) ベースライン（0日目）における濃縮介入砂とプラセボ砂のシャノン多様性とB) 植物群およびクラスレベルのリッチネス（OTU数）、C) 0日目の皮膚におけるシャノン多様性とD) 治療群間のリッチネス、E) 14日目の皮膚におけるシャノン多様性とF) 治療群間のリッチネス。データは平均値±標準偏差で表示。* P < 0.05, * * P < 0.01, ** P ≤ 0.001, t 検定。
OTUから門脈レベルまでの細菌の群集組成は、濃縮介入砂とプラセボ砂の間で差があった（F > 15, R2 > 0.72, P ≤ 0.03, Q < 0.05）。この差は、Actinobacteria, Bacteroidetes, Planctomycetes, Gemmatimonadetes, Firmicutes, Proteobacteriaの各系統と、プロテオバクテリアのα-、β-、Gammaproteobacteriaクラスで見られた（論文中のデータ：表2 A）。濃縮砂と今回の研究で使用した通常の市販の砂場砂との間でも同様の差が生じた（F > 23, R2 > 0.75, P and Q < 0.01, Data in brief's article: Table 2B）。一方、プラセボ砂と通常の砂では、群集組成は類似していた（P > 0.2、Data in brief's article: Table 2 C）。4週間の試験期間中、強化砂とプラセボ砂で細菌群集組成の変化は見られなかった（Q＞0.3、短信のデータ：表2 D、E）。
3.2. 介入により皮膚微生物叢が砂場細菌群集の方にシフトした
分析に含まれる子どもの数は、各治療群につき13人であった。子供たちの平均年齢は4.4歳、標準偏差は0.7であった。子どもたちは平日毎日、砂場での組織的活動に参加したが、介入期間中に1回、両治療を欠席した子どもがいた。
0日目、介入群とプラセボ群では、皮膚細菌の豊富さ、α多様性、群集組成、相対的存在量に差はなかった（t検定Q>0.1、図1C～F参照）。例外はクラスAlphaproteobacteriaの群集組成で、治療間の差は監視期間（14日目）に消滅した（表S3B）。
14日目には、皮膚と砂の微生物叢の細菌組成の類似性は、介入治療でのみ増加し、プラセボ治療では増加しなかった（表S4）。Firmicutes、特にBacilliとClostridiaクラスの豊富さは、ベースラインと比較して介入処置で増加した（P < 0.001; Fig.2, Table S5A）。Bacilliは、14日目に介入処理とプラセボ処理の間で群集組成が異なる唯一のクラスであった（表S3 B; Data in Brief's article 図2B）。Bacilliクラス内では、Thermoactinomycetaceae 1科の相対存在量と富度が、介入処置の監視期間中に増加し、14日目にプラセボ処置と比較して高くなった（表S5）。この科の中で、Thermoactinomyces vulgarisは、皮膚上および濃縮砂中で最も豊富な細菌種であった（表S6BおよびC）。介入処理では、ConexibacterとGaiellaの相対的存在量の減少を含め、30以上の属の相対的存在量が介入期間中に皮膚上でシフトした（Data in Briefの論文：表3 A）。プラセボ投与群の皮膚では、相対現存量の変化は観察されなかった（Data in Brief's article: Table 3B）。
図2
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図2. 皮膚A) Firmicutes, B) Clostridia, C) Bacilli and D) Thermoactinomycetaceae 1の豊かさは、プラセボ治療群と比較して介入治療内で増加した。Richness（OTU数）は、平均値±標準誤差で表示した。P値は、介入処理とプラセボ処理間の線形混合効果モデルによるものである。
28日目に、T. vulgarisの相対存在量は、ベースラインと比較して再び同じレベルになったが（表S5A）、26属の相対存在量は、ベースラインと比較して介入試験参加者の皮膚上でまだ異なっていた（Data in Briefの論文：表3 A）。28日間の介入期間中、皮膚細菌群集の構成はベースライン値と比較して、GammaproteobacteriaおよびClostridiaクラスのシフトを含む、プラセボ治療ではなく介入治療でのみ異なっていた（表S3 A、関連Data in Briefの論文のFig.1参照）。
3.3. 介入による血漿中サイトカインおよびTreg頻度の免疫制御的変化
砂の生物多様性への曝露が、免疫調節サイトカインのレベルとT調節（Treg）細胞の頻度に影響を与えるかどうかを調べるために、ベースラインと14日目に静脈血サンプルを採取した。ベースライン時のこれらの免疫パラメータに治療群間の差はなかった（表S2A）。以前に推奨されたように、LMMモデルを用いて免疫パラメータの変化の差を推定した（Twisk et al.、2018）。IL-10血漿濃度およびIL-10対IL-17A比の変化は、治療間で異なっていた。変化は、介入で正、プラセボ治療で負であった（P = 0.02；図3および表S7 A）。具体的には、IL-10値は、介入治療を受けた6人の子供のうち5人で増加し、プラセボ治療を受けた6人の子供のうち5人で減少した（Fig. S1）。Treg細胞頻度および細胞内サイトカインの解析では、治療群間の差は認められなかった。
Fig.
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Fig.3. プラセボと介入治療の小児におけるA)血漿中IL-10濃度、B)IL-17A、C)IL-10/IL-17A比の0日から14日までの平均変化量。データは中央値±四分位範囲として表示した。表S10 AのLMMモデル統計とQ値。
皮膚細菌コミュニティが免疫パラメータと関連しているかどうかをさらに調査するために、非計量的多次元尺度法（NMDS）を使用して、細菌の運用分類単位（OTU）を順序にスコア化し、対応するサイトカイン発現レベルおよびTreg頻度との相関を評価した。NMDSモデルですべての子供をまとめて分析したところ、皮膚上のガンマプロテオバクテリアの群集組成は、血漿IL-10濃度およびIL-10/IL-17A比と関連していた（図S2および表S7 B）。LMMモデルは一貫した結果を示した；ガンマプロテオバクテリアOTUの相対的存在量は、IL-10濃度およびIL-10／IL-17A比と直接関連した（表S7 CおよびD）。ガンマプロテオバクテリアOTUは、さらに微生物ヌクレオチド基本ローカルアライメント検索ツール（BLASTN）を用いて同定した。BLASTNの結果によると、これらのOTUはConservatibacter属、Haemophilus属、Moraxella属に属していた（Table S 7 E）。
LMMモデルでは、皮膚FirmicutesとClostridiaの豊かさの変化は、血漿IL-17Aの変化と逆相関していた（図4C、Dおよび表S8）。さらに、IL-10の増加は、皮膚上のConexibacter属とGaiella属の相対的存在度の変化と逆相関していた（図4A、B、および表S8）。
図4
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図4. 皮膚上の細菌群集と血漿中サイトカイン濃度との関連性。LMMモデルにより、A)ConexibacterとB)Gaiellaの相対存在量の変化はIL-10の変化と逆相関し、C)FirmicutesとD)Clostridiaの豊富さの変化はIL-17Aの変化と逆相関することが示された。
最後に、皮膚細菌の変化とトータル、メモリー、ナイーブTreg頻度、CD3 +CD4 +メモリーT細胞内の細胞内サイトカイン発現との関連をLMMモデルで検討した。皮膚上のThermoactinomycetaceae 1相対存在度の変化は、総Treg細胞（CD25 +CD127lowFOXP3 +およびFOXP3 +Helios+のいずれかとして定義）およびメモリー（CD45RA-CD25 +CD127lowFOXP3 +）の両頻度に直接関連していた（図5、B、および表S9）。5A、Bおよび表S9）、および炎症性サイトカイン（IL-2 +、IL-21 +、TNF-αおよびIFN-γ）を産生するメモリーCD4 + T細胞の頻度とは逆相関していた。Thermoactinomycetaceae 1の相対的存在量とTreg細胞との関連は、すべての子どもをモデルにした場合、またメモリーTreg細胞については、介入治療とプラセボ治療を別々に分析した場合にも観察された。介入治療においてのみ、Thermoactinomycetaceae 1の豊富さとThermoactinomyces vulgarisの相対存在度の増加が、総Treg細胞およびメモリーTreg細胞の変化と直接関連していることが観察された（表S9）。注目すべきは、CD4＋T細胞が産生する炎症性サイトカインの頻度は、メモリーTreg細胞の頻度と逆相関しており（表S9 I）、CD4＋T細胞から測定したThermoactinomycetaceae 1とサイトカイン頻度の関連は、Thermoactinomycetaceae 1とTreg頻度の関連に次ぐものかもしれないということであった。さらに、114のOTUを含む皮膚上の未分類のアルファプロテオバクテリア属の相対量は、総Treg細胞数（CD25 +CD127lowFOXP3 +およびFOXP3 +Helios+）およびナイーブTreg細胞数（CD45RA+CD25 +CD127lowFOXP3 +）と直接関連していた（図5CおよびDならびに表S9）。
図5
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図5. LMMモデルは、A) Thermoactinomycetaceae 1の相対存在量の変化が、総TregおよびB) Memory Treg頻度の変化に直接関連し、C) Alphaproteobacteria内の未分類の属の相対存在量が、総TregおよびD) Naïve Treg頻度の変化に直接関連していることを示している。
3.4. 腸内細菌叢は血漿免疫マーカーと関連する
介入治療とプラセボ治療の間で、様々な腸内細菌分類群の豊富さ、多様性、相対的存在感を調査した。0日目の腸内細菌叢は、介入群とプラセボ群で同様であった（t検定Q>0.1；Data in brief's article: Table 5）。腸内プロテオバクテリア多様性は、0日目から14日目にかけて介入群でのみ減少したが（LMM：P = 0.02, Q = 0.03）、プラセボ群ではベースラインレベルにとどまった（LMM：P > 0.6）（Data in brief's article：表4 C and D）。14日目の腸内プロテオバクテリアSimpson多様性は、プラセボ群に比べ介入群で低かったが（t検定P < 0.016, Q = 0.06）、28日目にはもう見られなかった（t検定P = 0.23）（論文の概要にあるデータ: 表5）。その他、腸内では処理間の差は見られなかった。
さらに、腸内細菌の測定値が免疫パラメータと相関しているかどうかをLMMモデルで検討した。腸内のプロテオバクテリア多様性（SimpsonおよびShannon）は、血漿中のIL-17Aレベルと直接的に関連していた（図S3A；表S10 A）。健康アウトカム（Abrahamssonら、2012、Sobkoら、2020、Sokolら、2008、Tamanai-Shacooriら、2017）が知られている他のいくつかの腸内細菌分類は、血漿中のIL-10レベルと関連した。詳細には、FirmicutesとBacteroidetesの比率は血漿中のIL-10レベルと逆相関し、Bacteroides属の相対的存在量は直接相関した（図S3および表S10 B）。また、FaecalibacteriumとRoseburiaの相対量の変化は直接的に関連し、一方、Romboutsiaの相対量の変化はIL-10レベルの変化と逆相関した（表S10 C）。
4.考察
我々の知る限り、今回の論文は、免疫介在性疾患に関する生物多様性と旧友の仮説に関する初の二重盲検プラセボ対照試験である。その結果、微生物学的に豊かな土壌由来の粉末の添加は、砂の微生物叢を多様化し、皮膚の微生物叢を豊かにし、都市の子どもたちの免疫調節反応と関連することが示された（図解要旨参照）ので、仮説は支持される。重要なことは、我々の研究が、都市の遊び場を再生するための実現可能なアプローチを示していることである。これは、子どもの抗炎症性免疫反応を促進し、炎症性免疫反応を抑制する、すなわち、環境衛生を強化する可能性がある。
我々は、微生物強化砂への曝露が子供の免疫調節を促進するという仮説を支持するいくつかの並行因子を研究した。まず、介入群では血漿中のIL-10濃度が上昇した。IL-10は抗炎症性サイトカインで、炎症性サイトカインの分泌を制限し、マクロファージ、T細胞、B細胞を制御することで自己免疫疾患を予防することが証明されている（Scapini et al.、2011）。第二に、皮膚のFirmicutesとClostridiaの豊かさの増加は、血漿中の炎症性IL-17Aレベルの低下と関連していた。第三に、介入群でのみシフトした皮膚のガンマプロテオ細菌群集は、血漿中のIL-10レベルおよびIL-10/IL-17A比と関連した。第四に、未分類のアルファプロテオバクテリアの相対的存在量は、濃縮砂で高く、皮膚上の存在量はTreg細胞頻度と直接関連していた。最後に、先行研究（Hanski et al., 2012, Ramakrishna et al., 2019, Roslund et al., 2020, Shen et al., 2018, Sokol et al., 2008）で免疫制御と関連している分類学的シフトと差異が見出された。
4.1. 皮膚マイクロバイオータと免疫調節
我々の結果は、高い環境微生物多様性への曝露が小児の免疫調節応答を誘導することができるという最初のプラセボ対照の証拠を提供する。血漿 IL-10 レベルが介入群で上昇し、プラセボ群では安定的に推移したことは、豊かな環境微生物叢との日々の皮膚接触が、皮膚接触そのものによる反応であっても、細菌または細菌成分の粘膜への移行が必要であっても、免疫反応を引き起こすことを強く示している。エンリッチドサンドには高い多様性のガンマプロテオバクテリアが含まれており、これまでの生物多様性研究（Fyhrquist et al., 2014, Hanski et al., 2012, Riskumäki et al., 2021, Roslund et al., 2020）と一貫して、皮膚上のガンマプロテオバクテリア群集は免疫制御と関連していた。実際、我々が以前に行った非二重盲検・非プラセボ対照の介入研究では、皮膚上のガンマプロテオバクテリア多様性の増加が免疫調節の強化と関連しており、IL-10/IL-17A比は介入群の子どもたちでのみ増加した（Roslund et al.、2020）。本研究では、いくつかのガンマプロテオバクテリアOTUが血漿中IL-10濃度およびIL-10/IL-17A比と関連しており、ガンマプロテオバクテリアのコミュニティ組成全体が単一種ではなく、免疫応答を調節する役割を果たしている可能性を示している。これらの知見は、生物多様性仮説を提示した最初の論文と一致している。Hanskiら（2012）は、比較研究において、血漿IL-10レベルが皮膚上のガンマプロテオ細菌と関連しており、皮膚上のガンマプロテオ細菌の高い多様性は、アトピーやアレルギーのリスクを低減することを見いだした。これらの研究を総合すると、免疫介在性疾患に関する生物多様性仮説を支持するかなりの証拠が得られる。
重要なことは、皮膚マイクロバイオータと免疫反応、特にIL-10およびIL-17Aレベルとの関連が観察されたが、本研究は、例えば気道経由の曝露など、他の経路を除外して計画されたものではないことである。本研究は16S解析を対象としているにもかかわらず、皮膚上の特定の細菌分類群への曝露ではなく、濃縮砂中の環境微生物の全スペクトルへの曝露が免疫調節に関与している可能性がある（Millsら、2020年、Rookら、2015年）。本研究は、生物多様性仮説を検証する最初のプラセボ対照ヒト試験である。したがって、今後の研究でいくつかの側面が強化されることは驚くことではありません。これらには、実験セットアップが含まれる。私たちは、1つの都市の6つの保育園で26人の子どもを募集することができましたが、私たちの純粋に新しいアプローチのために、子どもに血液と微生物のサンプルを提供させてくれる保護者の数は、保育園によって大きく異なっていました。これらの制約により、都市や保育所単位で生じる潜在的なバイアスを最小化する完全無作為化ブロック計画を使用することができなかった。さらに、免疫反応と生物多様性の関連性を完全に把握するために、さまざまなサイトカインやケモカインを分析することができます。重要なのは、免疫系は細胞、受容体、シグナル伝達分子の複雑なネットワークによって制御されているため（Delves and Roitt, 2000）、Treg細胞に関連する健康上の利点の可能性は、さらなる研究に値するということである。とはいえ、今回の研究は、さまざまな分類群、広範な免疫マーカーの特定の役割に取り組み、環境微生物群に触れること、吸い込むこと、摂取することの役割を分離することを目標とした将来の介入試験のための手段を提供するものである。
Treg値の群間差そのものを見るには、かなり大規模な試験が必要であるが、今回のTregの結果は、我々の砂場介入が子どもたちにとって重要な健康上の利益をもたらす可能性があることを示唆している。遊び場の砂に多様な微生物叢を導入することで、記憶エフェクター反応を制御し、外来抗原がない場合でも長期間持続する記憶Treg細胞などの血中Treg頻度が変化するようです（Rosenblumら、2016）。今回の結果から、Thermoactinomyces vulgarisが濃縮砂から皮膚に移行し（表S6）、メモリーTreg細胞と関連していることが示されたため、Rosenblumら（2016）が提案したように、この抗原に対する免疫記憶は後年のアレルギー反応を予防する役割を担っているのかもしれない。T. vulgarisは過敏性肺炎の原因物質の一つであるが（Nogueira et al., 2019）、その相対存在量は土壌中（0.5%）と皮膚上（0.2%）で非常に低かった。また、介入児の皮膚上のT. vulgarisの相対存在量の増加は、監視期間後（14日目）に観察されたが、28日目には観察されなかったが、過敏性反応には抗原への顕著な慢性かつ反復暴露が含まれる（Girard et al.、2011年）。したがって、過敏症は非常に起こりにくい。実際、介入治療を受けた子どもたちの皮膚微生物叢の充実は、炎症性IL-17A血漿レベルの低下と関連していたことから、我々の結果は、濃縮砂への曝露により、皮膚上の有益な抗炎症微生物の豊富さが増加したことを示唆している。本研究で使用した濃縮砂の含有は、自己寛容の調節不全を防ぎ、自己免疫疾患やアレルギーなどの状態に関連する危険な免疫反応を抑制するための有望なアプローチを提示するものである。
4.2. 腸内細菌叢と免疫制御
高い腸内プロテオバクテリア多様性は、緑地環境とのいくつかの介入（Roslundら、2020、Sobkoら、2020）、および12ヶ月齢の幼児のアトピー性湿疹の欠如（Abrahamssonら、2012、Kangら、2018）と関連しています。3～5歳児を対象とした本研究では、介入群では腸内プロテオバクテリアの多様性が減少し、その減少はIL-17Aの血漿濃度の低下と関連していました。特定の腸内細菌叢はIL-17A産生T-ヘルパー細胞の分化を制御することが知られており（Ivanovら、2008）、プロテオバクテリアとIL-17A血漿レベルの関連性を説明する可能性がある（図S3 A参照）。しかし、プロテオバクテリアの多様性が低下し、IL-17A血漿レベルと関連する理由は、この結果を検証するために、より多くの研究とより多くの研究参加者を必要とする。
本研究で得られた知見は、腸内細菌叢と免疫調節との関連を探ったいくつかの比較研究の結果と一致している。我々の研究が免疫マーカーと相対的な存在量との間に興味深い関連を見出したとしても、血漿IL-10レベルと腸内のFaecalibacterium（Sokolら、2008）、Roseburia（Shenら、2018）およびBacteroides（Ramakrishnaら、2019）の存在量の間に同じ関連性が以前に観察されている（図S3および表S10を参照のこと）。さらに、肥満に関連するFirmicutesとBacteroidetesの比率（Magneら、2020）は、我々の研究において、血漿IL-10レベルと逆相関していた。我々の知見と先行研究の類似性は、関連性が一般的な現象である可能性を示している。
4.3. 微生物変化の持続性
最も興味深い微生物の変化は、14 日目の監視期間後に観察されたが、28 日目には見られなかったことから（図 3 参照）、これらの変化には、土壌との直接接触を促す日常的な習慣が必要なのかもしれない。28日目にこれらの微生物変化が見られないが、すべての微生物変化が見られないということは、微生物的に劣悪な環境での自由遊びの間、子供たちの濃縮砂場の砂との接触がそれほど激しくなかったことを示唆しているのかもしれない。この見解は、有機土壌との接触が皮膚上の細菌量の短期的な増加を引き起こすことが知られているにもかかわらず、定量的な細菌量（16 S rRNAカウント）が両グループで同様であったという我々の発見によってさらに支持される（関連データ in Brief記事）（Grönroos et al, 2019）。注目すべきは、我々の研究において、サンプルは、ヤードでの自由な遊びの直後に採取されなかったことである。したがって、我々の研究は、生物多様性のある土壌との毎日の活発な接触が、過剰な細菌数が皮膚上で平準化された後でも、質的なコミュニティシフトを引き起こすことを示している。
砂場の砂に含まれる微生物叢が周囲の環境微生物叢に影響を与えるかどうかは測定していない。しかし、28日目の常在細菌叢の結果から、濃縮砂を用いた子どもたちの接触は、監視期間中よりも激しくなかったと思われる。子どもの微生物叢と免疫反応に持続的な変化をもたらすには、特定の高多元性パッチではなく、多様な植生を含む高多元性自然素材を用いて庭や遊び場全体を最適に構築する（Robinson et al.、2021、Watkins et al.、2020）。これにより、子どもたちが毎日監督されていなくても、多様な環境微生物相にさらされる確率が高まります。
4.4. 研究の限界
上記4.1で述べた研究参加者の少なさに加え、縦断的なフォローアップが行われていないことが本研究の限界である。本研究は、春の終わりから初夏にかけて実施された。フィンランドでは、試験の時期になると土壌が乾燥する。我々の経験によれば、これは建築環境における炎症性の変化や環境微生物相の悪化の原因となる可能性があり、一致している。我々は、濃縮介入砂との接触が抗炎症サイトカインIL-10の減少を防いだと仮定しているが（Fig.3参照）、その仮定を証明することは難しい。しかし、興味深いことに、血漿中のIL-10濃度の時間変化は介入群とプラセボ群で逆であったが、介入中のどの時点でもIL-10濃度の群間差は統計的に有意に観察されなかった。これは、研究対象者の数が限られており、個人間の免疫マーカーのレベルの自然変動が大きいためであると考えられます（Patin et al.、2018）。それでも、本研究では、皮膚上の細菌の変化と免疫マーカーとの間にいくつかの有意な関連性があることが明らかになりました（図4、図5）。研究参加者の数は、これらの関連を検出するための統計的検出力が十分に高かったと思われ、結果は先行研究（Hanskiら、2012、Ramakrishnaら、2019、Sokolら、2008）と一致した。
皮膚マイクロバイオータは、全身の状態に潜在的に影響を及ぼす宿主免疫ネットワークにおいて重要な役割を果たすことが知られている（Belkaid and Segre, 2014, Prescott et al, 2017, Whibley et al, 2019）。しかし、T. vulgarisが2週間の曝露期間で血中Treg細胞頻度に影響を与える可能性があるという我々の発見は、その関連性を検証するためにさらなる研究を必要とする。皮膚マイクロバイオータと免疫マーカーの関連性の臨床的関連性はまだ明らかにされていないが、我々の研究はこれらの関連性を解明するために必要な出発点である。14日目と28日目の間で、免疫マーカーがどのように変化したかを知ることは興味深いことである。興味深いことに、皮膚上のT. vulgarisの相対存在量は1％未満と低かった。しかし、表S6 BおよびCからわかるように、低レベルのT. vulgarisを含む強化砂にさらされたことが、介入児の皮膚上の存在感を高めた中核的な理由である。T. vulgarisは、農家が扱うカビの生えた藁の材料に胞子の大きな割合を形成することを提供し、炎症反応と最終的には過敏性肺炎と関連している（Nogueira et al.） T. vulgarisは、多様な微生物コミュニティの一部として低濃度で免疫調節を誘発するが、この種が空間と時間において支配的であれば、その効果は有益から否定的に反転すると推測したくなる。
5.結論
本研究は、免疫介在性疾患に関する生物多様性仮説を支持する、初のプラセボ対照・二重盲検エビデンスを提供するものである。結果は、介入群の子どもの免疫反応は、プラセボ群の子どもの免疫反応と異なることを示している。したがって、都市生活者の免疫介在性疾患の高い発生率に対処するための選択肢として、持続可能な自然に基づく新規の予防法を研究する必要がある。強化砂の製造に使用された生物多様性パウダーは、潜在的な選択肢の1つとなり得る。
資金提供
本研究は、ビジネスフィンランド（助成番号40333/14、6766/31/2017、7941/31/2017）（A.S.とH.Hに助成）、タンペレ結核財団（H.Hに助成）、戦略研究会議（助成番号346136をA.S、346138をO.H.L）の支援により実施されたものです。このプロジェクトは、欧州連合のHorizon 2020 Research and Innovation Programmeから、助成金契約番号874864の資金援助を受けています。
著者による貢献
A.S.、M.I.R.、R.P.、H.H.、O.H.L.が研究をデザインし、M.I.R.、R.P.、L.S、A.P、A.S、N.Hが研究を実行、M.I.R、N.N, S.O.、L.S.、O.C.、A-M.S.、L.K.がデータを作成、M.I.R., A.P., M.G., A.S., T.K がデータを解析、M, A.P., A.S., R.P., N.N., H.H. and O.H.L. wrote the manuscript; M.I.R. and A.S. prepared the figures and tables; All the authors reviewed the manuscript; A.S. and H.H. is the principal investigator of the project.(AICは、このプロジェクトの研究責任者である)。
CRediTの著者による貢献声明
Marja I. Roslund: Marja I. Roslund: 概念化、方法論、ソフトウェア、形式分析、調査、原稿執筆、可視化。Anirudra Parajuli: 形式分析、調査。Nan Hui: 調査、執筆 - レビューと編集。Riikka Puhakka: 概念化、メソドロジー、ライティング - レビューと編集。Mira Grönroos: 形式的な分析 ラウラ・ソイニネン 調査 ノーラ・ヌルミネン 調査、データキュレーション、ライティング - レビューと編集。サミ・オイカリネン 調査、データキュレーション Ondřej Cinek：調査、ライティング - レビューと編集。レンカ・クラムナー 調査。Anna-Mari Schroderus：調査。形式的な分析、調査。Olli H. Laitinen: 概念化、執筆 - 査読と編集、資金獲得。Tuure Kinnunen: 形式的分析、執筆 - 査読と編集。Heikki Hyöty: Heikki Hyöty: 概念化、監修、執筆 - 査読と編集、資金調達。Aki Sinkkonen: コンセプト立案、方法論、検証、スーパービジョン、執筆 - 査読と編集、プロジェクト管理、資金獲得。
利害関係者の宣言
著者らは、以下の金銭的利益、個人的関係を表明しており、これらは潜在的な競合利益とみなされる可能性がある。A.S.、H.H.、O.H.L.、M.G.、N.N.、S.O.は、ヘルシンキ大学が提出した特許出願「免疫調節組成物」（特許出願番号20165932、フィンランド特許登録事務所）で発明者に指名されています。M.G.、A.P.、M.I.R.、A.S.は、ヘルシンキ大学が提出した特許出願「免疫調節園芸および造園材料」（フィンランド特許庁の特許出願番号175196）において発明者として名を連ねている。A.S.、H.H.、O.H.Lは、免疫調節治療法を開発するUute scientific LtDの取締役である。
謝辞
ADELEチームメンバー全員とヘルシンキ大学環境研究所の協力に感謝する。また、この研究に参加してくれた子供たちとその家族に特別な感謝を捧げます。また，参加した保育所とそのスタッフ，2021年の欧州緑の首都であるラハティ市に感謝する．計算資源を提供していただいたCSC - IT Center for Science, Finland、HiLIFEの支援を受けたヘルシンキ大学のFIMM Genomics NGS Sequencing unit、Tampere Genomics Facilityの配列決定資源を提供していただいたBiocenter Finland（BF）にも謝意を表したい。
付録A. 補足資料
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補足資料
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データの入手方法
すべての細菌の配列データは、Sequence Read Archive (BioProject ID: PRJNA746448)にアクセプトされました。この原稿の結論を支持するために必要なその他のデータは、本文、Data in Briefの論文、および補足の付録に含まれている。本研究の知見を裏付ける機密データはヘルシンキ大学から入手可能であるが、一般データ保護規則（EU 2016/679）およびフィンランドデータ保護法1050/2018に規定された制限がこれらのデータの入手に適用されるため、一般には公開されていない。しかし、データは、合理的な要求があり、地元の病院地区の倫理委員会（Tampereen yliopistollisen sairaalan erityisvastuualue, Pirkanmaa, Finland）の許可があれば、著者から入手可能である。
参考文献
アブラハムソンら, 2012
T.R. Abrahamsson, H.E. Jakobsson, A.F. Andersson, B. Björkstén, L. Engstrand, M.C. Jenmalm
アトピー性湿疹を有する乳児における腸内細菌叢の低い多様性
J. Allergy Clin. Immunol., 129 (2012), pp.434-440, 10.1016/j.jaci.2011.10.025
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
アルフヴェンら、2006
T. Alfven, C. Braun-Fahrlander, B. Brunekreef, E. Mutius, J. Riedler, A. Scheynius, M. Hage, M. Wickman, M.R. Benz, J. Budde, K.B. Michels, D. Schram, E. Ublagger, M. Waser, G. Pershagen, the PARSIFAL study group* （アルフェン研究グループ、2006年
農業とアントロポゾフィー的ライフスタイルに関連した小児のアレルギー疾患とアトピー感作 - PARSIFAL 研究
アレルギー, 61 (2006), pp.414-421, 10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
アンダーソン，2017
M.J.アンダーソン
パーミュテーショナル多変量分散分析(PERMANOVA)
Wiley StatsRef Stat. Ref. オンライン (2017), pp.1-15, 10.1002/9781118445112.stat07841
Google Scholar
ベイツら、2015
D. ベイツ、M.メヒラー、B.M.ボルカー、S.C.ウォーカー
lme4 を用いた線形混合効果モデルのフィッティング
J. Stat. Softw. (2015), p.67, 10.18637/jss.v067.i01
グーグルスカラー
ベルカイドとセグレ、2014
Y. ベルカイド、J.A.セグレ
皮膚マイクロバイオータと免疫の対話
サイエンス, 346 (2014), pp.954-959, 10.1126/science.1260144
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ブレイムら、2021年
J.E.ブレイム、C.リディコート、C.A.アボット、M.F.ブリード
屋外環境がヒトに有益な酪酸産生細菌を供給する可能性
Sci. Total Environ., 777 (2021), Article 146063, 10.1016/j.scitotenv.2021.146063.
ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar
ブラウンら, 2015
S.P. Brown, A.M. Veach, A.R. Rigdon-Huss, K. Grond, S.K. Lickteig, K. Lothamer, A.K. Oliver, A. Jumpponen
樽の底を掻く：稀なハイスループット配列はアーティファクトか？
Fungal Ecol., 13 (2015), pp.221-225, 10.1016/j.funeco.2014.08.006
記事ダウンロードPDFView Record in ScopusGoogle Scholar
カポラソら、2012
J.G. Caporaso, C.L. Lauber, W.A. Walters, D. Berg-lyons, J. Huntley, N. Fierer, S.M. Owens, J. Betley, L. Fraser, M. Bauer, N. Gormley, J.A. Gilbert, G. Smith, R. Knight
イルミナHiSeqおよびMiSeqプラットフォームにおける超高スループット微生物群集解析
ISME J., 6 (2012), pp.1621-1624, 10.1038/ismej.2012.8
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
デルベス、ロイット、2000
P.J.デルベス、I.M.ロイット
免疫システム
アドバンスト・イムノル(2000), p.13
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ドノバンら、2018
G.H. ドノバン、D. ガッツィオリス、I. ロングリー、J. ドゥウェス
植生の多様性は小児喘息から保護する：ニュージーランドの大規模出生コホートからの結果
Nat. Plants, 4 (2018), pp.358-364, 10.1038/s41477-018-0151-8
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ドノバンら、2021年
G.H. ドノバン、D. ガッツイオリス、A. 't Mannetje、R. Weinkove、C. Fyfe、J. Douwes
生物多様性仮説の実証的検証。植物多様性への曝露は小児急性リンパ性白血病のリスク低減と関連している。
Sci. Total Environ., 768 (2021), Article 144627, 10.1016/j.scitotenv.2020.144627
記事ダウンロードPDF表示ScopusGoogle Scholarでの記録
デ・フィリッポら、2017
C. デ・フィリッポ、M・ディ・パオラ、M・ラマゾッティ、D・アルバネーゼ、G・ピエラッチーニ、E・バンシ、F・ミリエッタ、D・カバリエリ、P・リオネッティ
食事、環境、腸内細菌叢。ブルキナファソとイタリアの農村および都市に住む子供たちにおける予備的調査
Front. Microbiol., 8 (2017), p.1979, 10.3389/fmicb.2017.01979
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
フィールクイストら, 2014
N. Fyhrquist, L. Ruokolainen, A. Suomalainen, S. Lehtimäki, V. Veckman, J. Vendelin, P. Karisola, M. Lehto, T. Savinko, H. Jarva, T.U. Kosunen, J. Corander, P. Auvinen, L. Paulin, L. von Hertzen, T. Laatikainen, M. Mäkelä, T. Haahtela, D. Greco, I. Hanski, H. Alenius
皮膚マイクロバイオータのアシネトバクター種はアレルギー感作および炎症から保護する
e11
J. Allergy Clin. Immunol., 134 (2014), pp.1301-1309, 10.1016/j.jaci.2014.07.059
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ジラールら、2011
M. Girard, E. Israël-Assayag, Y. Cormier（ジラール、E.イズラエル・アサヤグ、Y.コーミエ
過敏性肺炎における制御性T細胞の機能低下
Eur. Respir. J., 37 (2011), pp.632-639, 10.1183/09031936.00055210
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
グラハム-ロウ, 2011
D. グラハム-ロウ
ライフスタイル アレルギーが西に行くとき
ネイチャー, 2011 (2011), p.3, 10.1038/479S2a
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
グレーンルースら、2019年
M. Grönroos、A. Parajuli、O.H. Laitinen、M.I. Roslund、H.K. Vari、H. Hyöty、R. Puhakka、A. Sinkkonen
土や植物素材との短期間の直接接触は、皮膚マイクロバイオータの多様性を即座に増加させる
MicrobiologyOpen, 8 (2019), pp.1-13, 10.1002/mbo3.645
グーグル・スカラー
ハーハテラ、2019
T. Haahtela
生物多様性仮説
アレルギー Eur. J. Allergy Clin. Immunol. (2019), pp.1445-1456, 10.1111/all.13763
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
Haahtelaら、2021年
T. Haahtela、H. Alenius、J. Lehtimäki、A. Sinkkonen、N. Fyhrquist、H. Hyöty、L. Ruokolainen、M.J. Mäkelä
アレルギー疾患や喘息の予防に向けた免疫レジリエンスと生物多様性
アレルギー, 76 (2021), pp.3613-3626, 10.1111/all.14895
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ハダミツキーら、2018
M. ハダミツキー、W.ゾンダーマン、S.ベンソン、M.シェドロフスキ
免疫系におけるプラセボ効果
Int. Rev. Neurobiol., 138 (2018), pp.39-59, 10.1016/bs.irn.2018.01.001
記事ダウンロードPDF表示ScopusGoogle Scholarでの記録
ハンスキーら、2012
I. Hanski, L. von Hertzen, N. Fyhrquist, K. Koskinen, K. Torppa, T. Laatikainen, P. Karisola, P. Auvinen, L. Paulin, M.J. Makela, E. Vartiainen, T.U. Kosunen, H. Alenius, T. Haahtela
環境生物多様性、ヒト微生物叢、およびアレルギーは相互に関連している
Proc. Natl. Acad. Sci., 109 (2012), pp.8334-8339, 10.1073/pnas.1205624109
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
Hui et al., 2019a
N. Hui、M. Grönroos、M.I. Roslund、A. Parajuli、H.K. Vari、L. Soininen、O.H. Laitinen、A. Sinkkonen
都市景観材料における生物多様性増強のためのツールとしての多様な環境微生物群
Front. Microbiol., 10 (2019), pp.1-10, 10.3389/fmicb.2019.00536
グーグル・スカラー
ホイら、2019b
N. Hui, A. Parajuli, R. Puhakka, M. Grönroos, M.I. Roslund, H.K. Vari, V.A.O. Selonen, G. Yan, N. Siter, N. Nurminen, S. Oikarinen, O.H. Laitinen, J. Rajaniemi, H.Hyöty, A.Sinkkonen
農耕地および都市部における汚れ関連環境細菌の屋内移動の時間的変化
エンバイロン. Int., 132 (2019), Article 105069, 10.1016/j.envint.2019.105069
ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar
イワノフら, 2008
I.I. Ivanov、R. Frutos、L. de、N. Manel、K. Yoshinaga、D.B. Rifkin、R.B. Sartor、B.B. Finlay、D.R. Littman
小腸粘膜におけるIL-17産生T-ヘルパー細胞の分化を特異的な微生物相が指令する
Cell Host Microbe, 4 (2008), pp.337-349, 10.1016/j.chom.2008.09.009
記事ダウンロードPDF表示ScopusGoogle Scholarの記録
ジンとドン, 2013
W. ジン、C.ドン
免疫と炎症におけるIL-17サイトカイン
Emerg. Microbes Infect., 2 (2013), p. 0, 10.1038/emi.2013.58
Google Scholar
カンら, 2018
Y. カン、Y. Cai、W. Pan
湿疹に対する腸内細菌叢の変化：新規治療戦略への示唆
Allergol. Immunopathol. (Madr. ), 46 (2018), pp.281-290, 10.1016/j.aller.2017.05.010
記事ダウンロードPDF表示ScopusGoogle Scholarでの記録
キルヤヴァイネンら, 2019
P.V. キルヤヴァイネン、A.M. カルボネン、R.I. アダムス、M. トーベル、M. ロポネン、P. トゥオレスマキ、G. ロス、B. ヤプラカシ、M. デプラー、M. J. エゲ、H. レンツ、P. I. プフェフレ、B. シャウブ、R. ラウナー、A. ヒヴァリーネン、R. ナイト、 D.J.J. ヒードリック、E. フォンムーティウス、J. ペッカネン
非農家における農場のような室内微生物叢が小児の喘息発症を予防する
Nat. Med. (2019), 10.1038/s41591-019-0469-4
グーグルスカラー
コンドラショバら, 2013
A. コンドラショワ、T.セイスカリ、J.イロネン、M.クニップ、H.ヒョーティ
Hygiene仮説」とロシア・カレリアとフィンランドの間の自己免疫疾患およびアレルギー疾患の発生における急激な勾配
APMIS, 121 (2013), pp.478-493, 10.1111/apm.12023
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
リーら、2012
S.Y. Lee、J.W. Kwon、J.H. Seo、Y.H. Song、B.J. Kim、J. Yu、K.S. Park、H. Kim、E.J. Kim、J.S. Lee、S.J. Hong
韓国の小児におけるアトピーおよびアレルギー性疾患の有病率：農業環境および農村生活との関連性
Int. Arch. Allergy Immunol., 2012 (2012), pp.168-174, 10.1159/000330820
Google Scholar
リディコートら、2020
C. Liddicoat, H. Sydnor, C. Cando-Dumancela, R. Dresken, J. Liu, N.J.C. Gellie, J.G. Mills, J.M. Young, L.S. Weyrich, M.R. Hutchinson, P. Weinstein, M.F.Breed.
自然で多様な空気中の環境微生物への曝露は腸内細菌叢を調節し、マウスに抗不安作用をもたらす可能性
Sci. Total Environ., 701 (2020), Article 134684, 10.1016/j.scitotenv.2019.134684.
ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar
マグネら、2020
F. Magne, M. Gotteland, L. Gauthier, A. Zazueta, S. Pesoa, P. Navarrete, R. Balamurugan
固形生物／バクテロイデテス比：肥満患者における腸内環境異常の関連マーカー？
ニュートリエンツ (2020), p.12, 10.3390/nu12051474
Google Scholar
ミルズら、2020年
J.G. Mills, A. Bissett, N.J.C. Gellie, A.J. Lowe, C.A. Selway, T. Thomas, P. Weinstein, L.S. Weyrich, M.F. Breed.
都市緑地の緑化は土壌微生物相を再生し、人間の健康および都市設計に影響を及ぼす
Restor. Ecol. (2020), p.28, 10.1111/rec.13175
グーグルスカラー
ノゲイラら, 2019
R. ノゲイラ、N. メロ、H. ノバイス・エ・バストス、N. マルティンス、L. デルガド、A. モライス、P. C. モタ
過敏性肺炎：抗原の多様性と疾患への影響
Pulmonology, 25 (2019), pp.97-108, 10.1016/j.pulmoe.2018.07.003
記事ダウンロードPDFView Record in ScopusGoogle Scholar
ヌルミネンら、2021年
Nurminen, N. , Cerrone, D. , Lehtonen, J. , Parajuli, A. , Roslund, M. , Lönnrot, M. , Ilonen, J. , Toppari, J. , Veijola, R. , Knip, M. , Rajaniemi, J. , Laitinen, O.H. , Sinkkonen, A. , Hyöty, H. , 2021年. 早期生活環境の土地被覆は1型糖尿病のリスクを調節する。Diabetes Care May; dc201.です。https://doi.org/10.2337/dc20-1719。
Google Scholar
ヌルミネンら、2018
N. Nurminen, J. Lin, M. Grönroos, R. Puhakka, L. Kramna, H.K. Vari, H. Viskari, S. Oikarinen, M. Roslund, A. Parajuli, I. Tyni, O. Cinek, O. Laitinen, H. Hyöty, A. Sinkkonen
フューチャー・マイクロバイオル, 13 (2018), pp.737-744, 10.2217/fmb-2017-0286
Scopusで記録を見る
オクサネンら、2019
Oksanen, J., Blanchet, F.G., Kindt, R., Legendre, P., Minchin, P.R., O'Hara, R.B., Simpson, G.L., Solymos, P., Stevens, M.H.M., Wagner, H., 2019年. パッケージ「vegan」: Community ecology パッケージ。https://doi.org/ISBN 0-387-95457-0.
グーグル・スカラー
オパール＆デパロ, 2000
S.M.オパール、V.A.デパロ
抗炎症性サイトカイン
Chest, 117 (2000), pp.1162-1172, 10.1378/chest.117.4.1162
記事ダウンロードPDFGoogle Scholar
パラジュリら、2018
A. パラジュリ、M. グローンルース、N. シター、R. プハッカ、H.K. バリ、M.I. ロスランド、A. ユンポネン、N. ヌルミネン、O.H. ライティネン、H. ヒョウティ、J. ラジャニエミ、A. シンコネン
都市化により多様な環境微生物群の屋内移動が減少する
Front. Microbiol., 9 (2018), pp.1-13, 10.3389/fmicb.2018.00084
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
パラジュリら、2020
A. Parajuli, N. Hui, R. Puhakka, S. Oikarinen, M. Grönroos, V.A.O. Selonen, N. Siter, L. Kramna, M.I. Roslund, H.K. Vari, N. Nurminen, H. H. Sarkkinen、M. Romantschuk、M. Kauppi、R. Valve、O. Cinek、O. H. Laitinen、J. Rajaniemi、H. Hyöty、A. Sinkkonen
庭の植生は腸内細菌叢の構成と関連している
Sci. Total Environ., 713 (2020), Article 136707, 10.1016/j.scitotenv.2020.136707.
ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar
パタンら、2018
E. Patin, M. Hasan, J. Bergstedt, V. Rouilly, V. Libri, A. Urrutia, C. Alanio, P. Scepanovic, C. Hammer, F. Jönsson, B. Beitz, H. Quach, Y. W. Lim, J. Hunkapiller, M. Zepeda, C. Green, B. Piasecka, C. Leloup, L. Rogge, F. Huetz, I. Peguillet, O. Lantz, M. Fontes, J.P. Di Santo, S. Thomas, J. Fellay, D. Duffy, L. Quintana-Murci, M.L. Albert, The Milieu Intérieur Consortium（ミラノ・アトランティック・コンソーシアム
自然免疫細胞のパラメータにおける自然変異は、遺伝的要因によって優先的に駆動される
Nat. Immunol., 19 (2018), pp.302-314, 10.1038/s41590-018-0049-7
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
プレスコット、2021年
S.L.プレスコット
炎症の世界：人、場所、地球を共栄させる生態学的ソリューションの必要性
Vet. Dermatol., 2021 (2021), pp.539-e149, 10.1111/vde.13013
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
プレスコットら、2017
S.L. プレスコット、D.-L. ラルコム、A.C. ローガン、C. ウエスト、W. バークス、L. カラバロ、M. レビン、E.V. エテン、P. ホウィッツ、A. コジルスキー、D.E. キャンベル
皮膚マイクロバイオーム：現代環境が皮膚生態系、バリア保全、全身性免疫プログラミングに与える影響
ワールドアレルギーオーガナイザー J., 10 (2017), p.29, 10.1186/s40413-017-0160-5
記事ダウンロードPDFView Record in ScopusGoogle Scholar
プルエッセら、2007
E. Pruesse, C. Quast, K. Knittel, B.M. Fuchs, W. Ludwig, J. Peplies, F.O. Glockner.
SILVA：ARBに対応したリボソームRNA配列データの品質チェックとアラインメントのための包括的なオンラインリソース
Nucleic Acids Res, 35 (2007), pp.7188-7196, 10.1093/nar/gkm864
Google Scholar
Rコアチーム, 2018
Rコアチーム
R: A Language and Environment for Statistical Computing, R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria (2018).
Google Scholar
ラマクリシュナら, 2019
C. ラマクリシュナ、M.クジャウスキー、H.チュー、L.リー、S.K.マズマニアン、E.M.カンチン
バクテロイデス・フラジリス多糖体Aは、ウイルス性脳炎を予防するIL-10分泌B細胞およびT細胞を誘導する
Nat. Commun. (2019), pp.1-13, 10.1038/s41467-019-09884-6
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
Riskumäkiら、2021年
M. Riskumäki, I. Tessas, N. Ottman, A. Suomalainen, P. Werner, P. Karisola, A. Lauerma, L. Ruokolainen, A. Karkman, L. Wisgrill, H. Sinkko, J. Lehtimäki, H. Alenius, N. Fyhrquist
アトピー患者における皮膚微生物叢と免疫の相互作用
アレルギー, 76 (2021), pp.1280-1284, 10.1111/all.14744
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ロビンソンら、2021年
J.M. Robinson、C. Cando-Dumancela、R.E. Antwis、R. Cameron、C. Liddicoat、R. Poudel、P. Weinstein、M.F. Breed
空気中のバクテリアへの暴露は、垂直成層と植生の複雑さに依存する。
Sci. Rep., 11 (2021), p.9516, 10.1038/s41598-021-89065-y
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ルックとローリー、2022年
G.A.W.ルック、C.A.ローリー
進化、生物多様性、そして衛生仮説の再評価
炎症研究の進歩（第1版）, Springer, Cham (2022)
グーグル・スカラー
ルックら, 2015
G.A.W.ルック、C.A.ローリー、C.L.レゾン
免疫系のその後の機能に対する衛生学およびその他の幼児期の影響
ブレイン・レズ、1617（2015）、47-62頁、10.1016/j.brainres.2014.04.004
記事ダウンロードPDFView Record in ScopusGoogle Scholar
ルックら、2003
G.A.W. Rook、R. Martinelli、L.R. Brunet
マイコバクテリアに対する自然免疫反応とアトピー反応のダウンレギュレーション
Curr. Opin. Allergy Clin. Immunol., 3 (2003), pp.337-342, 10.1097/01.all.0000092602.76804.ad
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ローゼンブラムら、2016
M.D. Rosenblum、S.S. Way、A.K. Abbas
制御性T細胞メモリー
Nat. Rev. Immunol., 16 (2016), pp.90-101, 10.1038/nri.2015.1
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ロスルンドら、2018
M.I. Roslund、M. Grönroos、A.-L. Rantalainen、A. Jumpponen、M. Romantschuk、A. Parajuli、H. Hyöty、O. Laitinen、A. Sinkkonen
一般的に使用される都市景観材料におけるPAHsの半減期と微生物相の時間的変化
PeerJ, 6 (2018), Article e4508, 10.7717/peerj.4508
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ロスルンドら、2020
M.I. Roslund、R. Puhakka、M. Grönroos、N. Nurminen、S. Oikarinen、A. M. Gazali、O. Cinek、L. Kramna、N. Siter、H. K. Vari、L. Soininen、A. Parajuli、J. Rajaniemi、T. Kinnunen、O.H. Laitinen、H. Hyöty、A. Sinkkonen
生物多様性介入は保育園児の免疫制御と健康関連常在細菌叢を強化する
Sci. Adv. (2020), p.6, 10.1126/sciadv.aba2578
Google Scholar
ロスルンドら、2021年
M.I. Roslund、R. Puhakka、N. Nurminen、S. Oikarinen、N. Siter、A. Jumpponen、O.H. Laitinen、M. Grönroos、O. Cinek、L. Kramna、A. Sinkkonen
生物多様性への長期的な介入は、都市部の保育園の子どもたちの健康関連常在細菌叢を形成する
Environ. Int (2021), p.157, 10.1016/j.envint.2021.106811
Google Scholar
スカピーニら, 2011
P. Scapini, C. Lamagna, Y. Hu, K. Lee, Q. Tang, A.L. DeFranco, C.A. Lowell
B 細胞由来の IL-10 は Lyn 欠損マウスにおける炎症性疾患を抑制する
Proc. Natl. Acad. Sci., 108 (2011), pp.E823-E832, 10.1073/pnas.1107913108
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
Schlossら、2009
Schloss, P.D., Westcott, S.L., Ryabin, T., Hall, J.R., Hartmann, M., Hollister, E.B., Lesniewski, R.A., Oakley, B.B., Parks, D.H., Robinson, C.J., Sahl, J.W., Stres, B., Thallinger, G.G., Horn, D.J. Van, Weber, C.F., 2009,（2009年）。mothur の紹介。Microbial Communities を記述し比較するためのオープンソース、プラットフォーム非依存、コミュニティ支援型ソフトウェア ᰔ 75, 7537-7541. https://doi.org/10.1128/AEM.01541-09.
Google Scholar
セルウェイら, 2020
C.A. Selway, J.G. Mills, P. Weinstein, C. Skelly, S. Yadav, A. Lowe, M.F. Breed, L.S. Weyrich
都市緑地暴露後のヒトの皮膚および呼吸器官への環境微生物の移行について
Environ. Int., 145 (2020), Article 106084, 10.1016/j.envint.2020.106084
ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar
シェンら、2018
Z. Shen, C. Zhu, Y. Quan, J. Yang, W. Yuan, Z. Yang, S. Wu, W. Luo, B. Tan, X. Wang
抗炎症反応の誘導により実験的大腸炎病態を緩和するRoseburia intestinalisに関する知見
J. Gastroenterol. Hepatol. Aust., 33 (2018), pp.1751-1760, 10.1111/jgh.14144
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
シュライナーら、2008
A. シュライナー、G.B.ハフナグル、M.C.ノベール
アレルギー性疾患の「微生物叢仮説」について
G.B. Huffnagle, M.C. Noverr (Eds.), GI Microbiota and Regulation of the Immune System, Advances in Experimental Medicine and Biology, Springer, New York, New York, NY (2008), pp.113-134, 10.1007/978-0-387-09550-9_10.
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ソブコら、2020
T. Sobko、S. Liang、W.H.G. Cheng、H.M. Tun
屋外での自然関連活動が未就学児の腸内細菌叢、糞便セロトニン、知覚ストレスに与える影響：Play&Grow無作為化対照試験
Sci. Rep., 10 (2020), pp.1-12, 10.1038/s41598-020-78642-2
Google Scholar
ソコルら、2008
H. Sokol, B. Pigneur, L. Watterlot, O. Lakhdari, L.G. Bermúdez-Humarán, J.-J. Gratadoux, S. Blugeon, C. Bridonneau, J.-P. Furet, G. Corthier, C. Grangette, N. Vasquez, P. Pochart, G. Trugnan, G. Thomas, H.M. Blottière, J. Doré, P. Marteau, P. Seksik, P. Langella.
クローン病患者の腸内細菌叢解析により同定されたFaecalibacterium prausnitziiは抗炎症性常在菌である。
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 105 (2008), pp.16731-16736, 10.1073/pnas.0804812105
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ソネンブルグとソネンブルグ、2019年
E.D. Sonnenburg、J.L. Sonnenburg
先祖代々の腸内細菌叢と工業化された腸内細菌叢、そして人間の健康への影響
Nat. Rev. Microbiol., 17 (2019), pp.383-390, 10.1038/s41579-019-0191-8
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
スタインら、2016
M.M. Stein, C.L. Hrusch, J. Gozdz, C. Igartua, V. Pivniouk, S.E. Murray, J.G. Ledford, M. Marques dos Santos, R.L. Anderson, N. Metwali, J. W. Neilson, R.M. Maier, J.A. Gilbert, M. Holbreich, P.S. Thorne, F.D. Martinez, E. von Mutius, D. Vercelli, C. Ober, A.I. Sperling.
アーミッシュおよびハッタイト農家の子供たちにおける自然免疫と喘息リスク
N. Engl. J. Med., 375 (2016), pp.411-421, 10.1056/NEJMoa1508749
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
タマナイシャコリら, 2017
Z. タマナイ・シャコリ、I.スミダ、L.ブサルギン、O.ロレアル、V.ムーリック、S.B.フォン、M.ボヌール・マレ、A.ジョリヴェ＝グジョン
Roseburia spp.：健康状態のマーカー？
Future Microbiol, 12 (2017), pp.157-170, 10.2217/fmb-2016-0130
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
テダーズーら、2010
L. Tedersoo、R.H. Nilsson、K. Abarenkov、T. Jairus、A. Sadam、I. Saar、M. Bahram、E. Bechem、G. Chuyong、U. Kõljalg
熱帯性菌根菌の454パイロシークエンスとサンガーシークエンスは類似の結果をもたらすが、方法論的バイアスがあることが明らかになった
N. フィトール, 188 (2010), pp.291-301, 10.1111/j.1469-8137.2010.03373.x
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
トウィスクら、2018
J. トウィスク、L.ボスマン、T.ホークストラ、J.ライハート、M.ウェルテン、M.ヘイマンス
無作為化比較試験における治療効果の異なる推定方法
Contemp. Clin. Trials Commun., 10 (2018), pp.80-85, 10.1016/j.conctc.2018.03.008
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ヴィグナリら、2008
D.A.A. Vignali、L.W. Collison、C.J. Workman
制御性T細胞はどのように働くのか
Nat. Rev. Immunol., 8 (2008), pp.523-532, 10.1038/nri2343
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ヴィイサネンら、2019
T. Viisanen, A.M. Gazali, E.L. Ihantola, I. Ekman, K. Näntö-Salonen, R. Veijola, J. Toppari, M. Knip, J. Ilonen, T. Kinnunen
FOXP3+制御性T細胞コンパートメントは、新たに1型糖尿病と診断された小児で変化しているが、自己抗体陽性でリスクのある小児では変化していない。
Front. Immunol. (2019), p.10, 10.3389/fimmu.2019.00019
Google Scholar
ヴィイサネンら、2017
T. Viisanen, E.L. Ihantola, K. Näntö-Salonen, H. Hyöty, N. Nurminen, J. Selvenius, A. Juutilainen, L. Moilanen, J. Pihlajamäki, R. Veijola, J. Toppari, M. Knip, J. Ilonen, T. Kinnunen
多発性自己抗体を有する小児において、1型糖尿病の診断に近い時期に循環CXCR5+PD-1+ICOS+濾胞性Tヘルパー細胞が増加すること
糖尿病, 66 (2017), 437-447頁, 10.2337/db16-0714
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
Wangら、2007年
Q. Wang, G.M. Garrity, J.M. Tiedje, J.R. Cole（ワン、G.M.ギャリティ、J.M.タイジェ、J.R.コール
新細菌分類法におけるrRNA配列の迅速な割り当てのためのナイーブベイズ型分類器
Appl. Environ. Microbiol., 73 (2007), pp.5261-5267, 10.1128/AEM.00062-07
Google Scholar
ワトキンスら、2020
H. ワトキンス、J.M.ロビンソン、M.F.ブリード、B.パーカー、P.ワインスタイン
微生物に着想を得たグリーンインフラ：学際的な景観設計のためのツールキット
トレンドバイオテクノール, 38 (2020), pp.1305-1308, 10.1016/j.tibtech.2020.04.009
記事ダウンロードPDF表示ScopusGoogle Scholarでの記録
ウィブリーら、2019
N. ウィブリー、A.トゥッチ、F.パウリー
腸と皮膚における制御性T細胞への適応
Nat. Immunol., 20 (2019), pp.386-396, 10.1038/s41590-019-0351-z
ScopusGoogle Scholarで記録を見る
ウィリアムズら、2005年
L.K.ウィリアムズ、D.R.オーンビー、M.J.マリアリク、C.C.ジョンソン
アレルギー性疾患におけるエンドトキシンとその受容体の役割
Ann. アレルギー喘息免疫学, 94 (2005), pp.323-332, 10.1016/S1081-1206(10)60983-0
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引用元: (2)
生態系の回復は、COVID-19からの人類の回復に不可欠である。
2022年、ランセット惑星健康誌
アブストラクトを表示する
2022年第21回ISPAD医師向けサイエンススクール講演集
2022年、小児糖尿病
1
Parajuli A.の現在の所属は、カロリンスカ研究所医学部（スウェーデン、フディンゲ）です。
2
Hui N. の現在の所属は、School of Agriculture and Biology, Shanghai Jiao Tong University, Shanghai, China である。