Neuroscience X Computational science -- 5.2 netpyne example1

では早速、netpyneを使ってモデリング＊シミュレーションの確認をしてみます。今回は、netpyne.orgにあるexample1にチャレンジ。

<事前準備>
1) これからデータを保存するdirectoryを決めておきます
mkdir data #User directoryの下層に作成
cd data
mkdir example
cd example
2) netpyne.orgからHHTut.pyをこのdirectoryに保存
<modeling>
ipython -i
import HHTut
from netpyne import sim
sim.createSimulateAnalyze(netParams = HHTut.netParams, simConfig = HHTut.simConfig)
。。(code見にくいなあ)
> HHTutで定義されているネットワークのraster plot, voltage trace, 2D connection, cell placeがグラフ化できました。簡単！！
細胞数; 200, spike times; 2052, simulation duration; 1000msec, run time; 30sec
意外に時間かかるなあ。raster plot, 2D connectionはこんな感じです。暗くなってきたので、今日はここで終了。