Neuroscience X Computational science -- 5.1 netpyne install

さて、NEURONが無事インストールでき、single/multiple cellにおける神経活動がモデリングできるようになりました(環境だけ)
なので、次に複数のニューロンからなるネットワークにおける神経活動をモデリングするためのパッケージをインストールします。今回は、netpyne (Networks using Python and NEURON)をpip経由でインストールします。
http://www.netpyne.org/
MetaCell協働で構築したweb GUIもイケてるけど、それは後程。

<インストール>
git bash 起動
pip list # pipでインストールしたパッケージ確認
pip install netpyne # インストール終了
ipython -i # ipython 起動
from netpyne import specs # 確認
>OK, netpyneは正常にインストールされているようです
一方、こんなmessageが。。
Warning: An Exception occurred when loading NeuroML ...
Warning: Could not import "optuna" package...
>これは気にしなくてもいいそうです
ちなみに、optunaはモデル構築時のパラメーター最適化に使用するパッケージで、netpyneでは、マニュアルでパラメーターの値を設定/シミュレーションするgrid searchに加えて、機械学習の一種である遺伝的アルゴリズム、ベイズ推定を利用したパッケージ (inspyred, optuna)からパラメーターの最適化を行うことができます。optuna, 流行ってそうなので、使ってみよう。。

P.S.
ちなみに、optunaのwarningは以下lineでなくなりました
pip install optuna