ΔΔCt法によるqPCRの評価

ΔΔCt法でqPCR結果を評価する方法についてです。
流れとしては、

➀測りたい遺伝子(Target gene)と内在性コントロール遺伝子(Endogeneous control gene)のCt値を用意する。
② (Target geneのCt値)-(Endogeneous control geneのCt値)をして、ΔCt値を出す。
③ControlグループのΔCt値の平均(Average ΔCt of control)を出す。
④(ControlグループおよびTargetグループ)-(Average ΔCt of control)をして、ΔΔCt値を出す。
⑤(2^-ΔΔCt値)をしてFold changeを出す。

という感じです。

➀測りたい遺伝子(Target gene)と内在性コントロール遺伝子(Endogeneous control gene)のCt値を用意する。

こんな感じでTarget gene(今回はXXX)と内在性コントロール(今回はGAPDH)のCt Meanを用意します。(今回はduplicateとかしていないのでCt value=Ct meanです)

②(Target geneのCt値)-(Endogeneous control geneのCt値)をして、ΔCt値を出す。

上の図でいうと、ΔCt(10.481)=XXXのCt mean(28.3218)-GAPDHのCt mean(17.8409)です。これを全サンプル分出します。

③ControlグループのΔCt値の平均(Average ΔCt of control)を出す。

Average ΔCt of controlは上でいう、ControlのΔCtの平均です。

④(ControlグループおよびTargetグループ)-(Average ΔCt of control)をして、ΔΔCt値を出す。

ΔΔCt値は上でいう、ΔCt値(10.481)-Average ΔCt of control(9.81173)です。これを全サンプル分出します。

⑤(2^-ΔΔCt値)をしてFold changeを出す。

Fold changeはエクセルで=2^-(ΔΔCtのセル)したら出ます。

これで比較できるようになりました。