初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(15) Heatmapの作成

Qiime2で菌叢解析を行うことを目的として投稿を行なっています。
興味のある方はこれまでの投稿もご確認ください。

1．はじめに

今回の投稿では以下の画像のようなHeatmapの作成を目指しております。
視覚的に有効なので是非作成してみてください。

2．ファイルの準備

まずは目的のディレクトリに移動し、Qiime2を起動します。

cd /Users/ユーザー名/Desktop/Qiime2_test 
conda activate qiime2-2021.2

次にHeatmap解析用のディレクトリを作成します。

mkdir heatmap

Heatmapでは分類の各レベルで解析ができます。
そのためにはまず各レベルのファイルを出力する必要があります。
今回はチュートリアルですのでレベル2（門レベル）での解析を行います。
以下のコマンドで、Level 2のディレクトリを作成し、ファイルを出力します。

mkdir heatmap/Level_2

qiime taxa collapse \
--i-table table.qza \
--i-taxonomy taxonomy.qza \
--p-level 2 \
--o-collapsed-table heatmap/Level_2/L2_collapsed_table.qza

「--p-level 2」の数字が分類の階級を指定するコマンドです。
Level 7まで指定できます。
Levelが上がればデータ量が増えますので、解析には時間がかかります。

3．Heatmapの出力

次に以下のコマンドを入力し、Heatmapを作成します。
解析は「euclidean （ユークリッド距離） 」がデフォルトの手法のようです。

qiime feature-table heatmap \
--i-table heatmap/Level_2/L2_collapsed_table.qza \
--p-metric euclidean \
--p-color-scheme coolwarm \
--m-sample-metadata-file sample-metadata.txt \
--m-sample-metadata-column Origin \
--o-visualization heatmap/Level_2/heatmap_Level_2

「--m-sample-metadata-column Origin」は解析のグループを設定するコマンドです。
ここでは「sample-metadata.txt」のグループ設定として「Origin」を指定しています。ですので、「Origin」と入力しています。
タイプミスに注意してください（大文字小文字の違いもエラーになります）。

解析がうまくいけば、「Heatmap」ディレクトリに「heatmap_Level_2.qzv」ファイルが出力されていると思います。
是非Qiime2 viewで確認してみてください。

ダウンロードしてイラストレーター等で編集できます。

今回は以上になります。
読んでいただきありがとうございました。