初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(16) 「qiime --help」でもっとQiime2を使い倒す

第1回から投稿しようと思っていた内容はほぼ全て書き終えておりまして、
初心者の菌叢解析シリーズは終わりが見えてきました。
ここまで、進んできた方はもうQiime2と友達になれていると思います。
そこで、「もっとQiime2を使い倒す」ために、私が参考にしている方法を紹介します。

ここでの方法を使って自分の行いたい解析方法を見つけ出したり、
その解析に必要なコマンドやファイル、データなどを確認していました。
「qiime --help」を上手に使うことで、解析の幅が大きく広がりました。
まだ使ったことがない人や使い方が分からない人は確認してみてください。

今回の投稿はさらに使い倒したい人向けの内容です。
これまでの解析で十分な方は確認する必要はありません。
興味のある方は先に進んで読んでみてください。

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1．「qiime --help」 コマンドは最強

まずは解析内容を選択する

Qiime2を使い倒すにはコマンドを知っている必要があります。
「qiime --help」のコマンドは使用可能なコマンドを列挙してくれると同時に解析に必要なファイルが何かを教えてくれます。

まずは目的のフォルダ（Qiime2_test）に移動し、Qiime2を起動します。

cd /Users/ユーザー名/Desktop/Qiime2_test
conda activate qiime2-2021.2​

それでは以下のコマンドを入力します。

qiime --help

そうすると、説明文が出力され使用可能なコマンドが列挙されます。

列挙されているコマンドを一つ選び「--help」を入力します。
ここでは、例として「diversity」の解析を行ってみます。