【とっても簡単に医科学トピック紹介９】創薬に役立つトップファーマコゲノミクスデータベース
はじめに
ファーマコゲノミクス（Pharmacogenomics）は、薬理学（Pharmacology）とゲノム学（Genomics）を組み合わせた学問分野です。この分野では、個々の遺伝子情報に基づいて薬物の効果や副作用を研究します。そしてファーマコゲノミクスデータベースとは、薬物応答における遺伝的変異の影響に関する情報を集約したデータベースです。これらのデータベースは、遺伝子発現、薬物応答、遺伝的変異に関する広範なデータセットを提供し、研究者が新しい薬物ターゲットを発見したり、薬物相互作用を予測したり、薬効に影響を与える要因を理解するのに役立ちます。
具体的には、以下のような情報が含まれます：
遺伝子と薬物の相互作用：特定の遺伝子変異が薬物の効果や副作用にどのように影響するか。
薬物応答データ：さまざまな薬物に対する細胞や個体の応答データ。
遺伝的変異情報：薬物代謝酵素や薬物ターゲットに関連する遺伝的多型や変異。
これらのデータベースは、個別化医療の推進や創薬プロセスの改善に不可欠なツールです。
ファーマコゲノミクスの創薬への応用
個別化医療の推進
ファーマコゲノミクスは、患者の遺伝子情報に基づいて最適な薬物と投与量を決定することで、個別化医療を推進します。これにより、治療効果を最大化し、副作用を最小限に抑えることができます。
新しい薬物ターゲットの発見
遺伝子と薬物の相互作用を研究することで、新しい薬物ターゲットを発見することができます。これにより、特定の遺伝子変異を持つ患者に対して効果的な治療法を開発することが可能になります。
薬物応答の予測
ファーマコゲノミクスは、特定の遺伝子変異が薬物応答にどのように影響するかを予測するのに役立ちます。これにより、治療計画を個別化し、患者ごとに最適な治療法を提供することができます。
トップファーマコゲノミクスデータベース
L1000 データベース
NIHがLINCS（Library of Integrated Network-based Cellular Signatures）プログラムの一環として生成したL1000プロジェクトは、さまざまな時間点、用量、細胞株での数千のペルターバジェン（薬剤や遺伝子改変など）に対する遺伝子発現プロファイルを収集しています。
薬物治療、遺伝子改変、その他の実験条件に対する遺伝子発現の変化を研究するために使用します。
LINCS Data PortalでL1000データパッケージを検索するか、Omics Playgroundプラットフォームを使用して、他のデータベースとともにL1000データベースの薬物プロファイルと相関させることができます。
Cancer Therapeutics Response Portal (CTRP v2)
MITとハーバードのBroad Instituteが開発したCTRPは、がん細胞株の遺伝的、系統的、およびその他の細胞特性を小分子感受性とリンクさせ、患者に適したがん治療薬の発見を加速します。抗がん薬を含むさまざまな小分子に対するがん細胞株の応答に関するデータを提供します。
Genomics of Drug Sensitivity in Cancer (GDSC)
Wellcome Sanger Instituteとマサチューセッツ総合病院がんセンターの分子治療センターとの共同プロジェクトであるGDSCは、600以上の化合物を含み、さまざまな抗がん薬に対するがん細胞株の感受性に関する情報を提供します。
NCI-60 (National Cancer Institute-60)
9種類の異なるがんタイプを代表する60のヒトがん細胞株のパネルで、これらの細胞株の分子および遺伝的特性と、さまざまな抗がん薬に対する応答に関する情報を提供します。 潜在的な薬物候補を特定し、薬物感受性に影響を与える遺伝的要因を理解するために使用します。
CMap and LINCS Unified Environment (CLUE)
Broad Instituteが構築したCLUEプラットフォームは、遺伝子発現（L1000）およびプロテオミクス（P100およびGCP）アッセイを使用して生成されたペルターバジェンデータセットの分析を可能にします。テキストボックスを使用して興味のあるペルターバジェンを検索し、遺伝子発現シグネチャをクエリして結果の接続を分析します。
今回は以上です。