質問箱回答：転職エージェント経由で紹介された会社が気になるのですが、ホームページでも直接エントリーが出来るようでした。どちらのルートで応募するのが良いのでしょうか？

とても良い質問ですね。
おっしゃる通り、転職エージェント経由で入社すると採用時にコンサルティングフィー(採用報酬）が発生するので、採用元の会社はおおよそあなたの年収の1/3を支払うことになります。

一方で直接応募であれば採用報酬は発生しませんので、採用元の会社から見た時に採用コスト削減になるわけです。

ですが、企業側は「あなたがエージェントから紹介されて、企業のホームページを確認し、採用報酬が発生しないように直接応募をしてきた」という経緯を知る由がないので、ここで直接応募したとして印象が良くなるとか受かる確率が上がるとかはありません。(それが採用決定の決め手になるような会社は"人材にお金をかけたくない”と思っているブラック企業です）

質問者さんは求職者なので企業側のメリットを考えるのではなく、自分がエージェント経由で応募する場合と、直接応募する場合のメリットとデメリットを比較して応募するべきだと思います。

エージェント経由で応募する場合のメリットとデメリット