【JChem】ChemAxon/Infocomノード群を使ってみよう_02_Marvinノード群操作編

【Marvinノード群】

前回でインストールが完了したMarvinノード群を紹介します。

KNIME社の紹介サイト

Marvin Chemistry Extensions | KNIME

から一部引用します。

Enjoy
The KNIME team

とのことです。え、なんかかっこいい。

【Marvinノード群の操作法】

各ノードを具体的にどう操作するか、とても書ききれないです。

① Marvin Sketch

User Guide | ChemAxon Docs

② Marvin View

MarvinView User's Guide | ChemAxon Docs

を見ていただくとわかる通りとんでもなく多機能です。

基本的にMarvinBeansの各プログラムの機能をそのままKNIMEで実現できるので、英語版マニュアルが大いに参考になります。
しかも最近はGoogle Chromeの翻訳機能があるから、もう私が新たに語るべきことはあんまりないです。

例えばですが、
各メニューはここからさらに細かく分岐しています。

Menus | ChemAxon Docs

上記ページをGoogle Chromeで開いて、下図のアイコンが表示される方はもう大丈夫。

<参考>

Google Chromeのページ翻訳ツールを有効にする方法 | パソコン工房 NEXMAG

「日本語」を選べば、

となるので、もう何とかなる気がしますよね。
Editorを「編集者」と訳すところなどはご愛敬です。

③ MolConverter

このノードについて日本語の情報を探したら、すさんがすでにコメントされてます。さすが！

【KNIME】ノード紹介：Group Loop Start　〜カテゴリごとに処理したい〜 - 非プログラマーのためのインフォマティクス入門。（仮）

The structure columnで変換対象のカラムを指定後、The output formatでどの形式にしたいかをプルダウンから選べばOKです。

シンプルイズベスト！

すさんの例はSDF(SDファイル)からのデータ取得だったのでいいのですが、TeachOpenCADD-KNIMEのW1からの出力など、化学構造のSMILESを文字列型(String)のカラムで持っているデータを扱う場合は、MolConverterの前に、Molecule Type Castノードを配置してカラムのデータ型をSMILES型(SMI)などにあらかじめ変える必要があることにご注意ください。これ、未だによくやらかして

ノードを開こうとして怒られます。今日も一回やりました。

操作の手順書などの情報はここまで。
次回はいよいよTeachOpenCADD-KNIMEのW1に繋いで遊んでみます。