蒼穹のファフナー　個人用設定まとめHEHEAVEN AND EARTH編（各種資料より抜粋）

・無印本編より２年後が舞台。蒼穹作戦で持ち帰った情報により咲良の回復を始め、パイロット達の状況は改善している。
ただし無印終盤で消滅寸前まで陥った一騎は１年間眠っていて、目覚めた後も視力が消失寸前の状態にある（持ち前の身体能力と慣れにより、見えなくとも常人並に動けてはいるが）

・ファフナー各機は無印の生き残りと、復元されたフィアー（甲洋の４番機）とフュンフ（衛の５番機。広澄が引き継ぐ）、
既に造られていたがパイロットが居なかったノイン（９番機。里奈が乗る）・ツェン（１０番機。輝が乗る）・ツヴォルフ（１２番機。芹が乗る）、
カノン用に新規に造られたドライツェン（１３番機）。ただしフィアーはコアが失われた状態の為、起動は不能。

───────以下、劇中での出来事を解説する為ネタバレあり──────

・ボレアリオスミールの状況
蒼穹作戦で破壊された北極ミールの破片から派生した新たなフェストゥム群。
人類に干渉せず平和に暮らし、竜宮島のミール同様に『命の循環』を学ぼうとしていたが、人類軍の攻撃によりダメージを受けて存亡の危機に陥り、痛みと憎悪を知ってしまう。
ミョルニア＝真壁紅音の姿のフェストゥムを軟禁し、島の情報と人類軍の戦術を学習して、人類に対抗する為に竜宮島にやってきた。

・日野　美羽の特異性
フェストゥムの因子を有する道夫と弓子の間に生まれた美羽は、生まれつきフェストゥムが用いるコミュニケーション能力を備えている。
これにより、フェストゥム式の『会話』で情報をやりとりするだけでなく、彼女の意思を伝えてある程度なら攻撃を止めさせるなども可能。
この能力により、終盤ではボレアリオスミールに島のミールが学んだ『命の循環』を伝えて、彼らのミールが生まれ直す切っ掛けを作った。

・芹ちゃんによるコアの代役
度重なる攻撃の負荷により、成長過程にあるコアだけでは島の環境維持ができなくなったので、
ブリュンヒルデシステム（コアを島のミールとリンクさせ、島の制御を行う仕組み）にフェストゥム因子を持つ人間を接続し、コアが担っていた役目の一部を任せる方法。
ただし急場凌ぎの方法でしかないので、負荷が増したり長期間に及んだ場合、接続者がミールに同化される危険性がある。

・甲洋の帰還
無印終盤で一騎と総士を救った甲洋が、島の窮地に再び帰還する。
（この間、フェストゥムの側で活動していたかなどは特に語られていない）
この時フェストゥムとしての自分の肉体を、ファフナーのコアと同様の状態に変換してマークフィアーに搭載し、
自分自身がファフナーそのものになる事で戦力の一端を担った。
フェストゥムとしての能力も残っており、終盤に操の乗るマークニヒトに同化を仕掛けた事が、同化された一騎とザインが復活する呼び水となる。
直後にニヒトに真っ二つにされているが、よく見るとコア化した部分は無事で直後に転移している描写がある。

・中盤で突然現れたマークニヒトから始まる一連の展開について
まず無印の終盤で、マークニヒトは一騎とマークザインをもってしても完全に同化して消滅させる事が出来ず、
マークザインに『存在を重ね合わせている』ような状態で封印していた。
これは操と総士の関係も同様で、フェストゥム側で復活しかけるも、核攻撃で消えかけた総士を
操が『自分の存在に総士を重ね合わせる』ことで守っていた。
そして、北極ミールの欠片から派生した空母のミールは、マークニヒトの事を知っていたので、自分達の戦力にする為に操を島に送り込んだ。

中盤で操が封印されていたニヒトを解き放ち、激突の末に、ザインごと一騎を同化。
しかし一騎もザインも、無印終盤のように『同化を受けたが、消滅していない』状態にあった。
これがニヒトのダメージ蓄積と甲洋の干渉により、今度はニヒト内部から解き放たれる事に。

一騎の命懸けの説得で和解した操は、人類軍の核攻撃から島を守りつつ、自分達のミールに目覚めを促して消滅。
その直前に、自分に重ね合わせて守っていた総士を切り離した。彼に最後の言葉を託して。
(実は核爆発する瞬間、ニヒトのコクピットに総士が現れるシーンが一瞬ですが描写されている。)