iPad ProのMagic Keyboardを使用した多言語入力について

US配列のMagic Keyboardで日本語と英語以外の言語を入力する場合、

設定>一般>キーボード>ハードウェアキーボード

で選択した言語で明示的にどの言語配列を使うのか指定する必要があります（JIS配列のMagic Keyboardは使ったことがありませんがおそらく同じでしょう）。
フランス語であれば、ハードウェアキーボードで「フランス語」を指定してください。これを「自動」のままにしておくと、キーボードで「フランス語」を選んでもキーボード上に印刷されている文字（つまりUS配列の文字）が入力されてしまいます。