「グリーンバレット」のラストバトルで国岡はなぜ銃を使わなかったのか

完全に個人の解釈にはなりますが、大きな理由としては“訓練生6人と真中への誤射を恐れた”というところだと思います。多分誰かしらと射線が被ってたはずですし。
それと+で、僕の中ではあそこに至るまでに逃げたフォックスハンターの残党狩りをしつつ進んだということになってるので所持する拳銃の弾も残り少なく、国岡は銃撃の際一人に数発撃ち込んだり弾幕張ったりして応戦するタイプゆえ銃撃で確実に仕留める算段がつかなかったこと、双葉が防弾プレート等装備している可能性を考慮した上で確実に頭を狙える位置取りができる状況に無かったこと(仮に６人を射線から外してヘッドショットしたとしても頭蓋骨から出た弾が真中に向かう可能性もある)、何より教え子と真中がボコられてムカついていたことが挙げられるかなと思います。
少なからず感情的になっていたから商売的にはメリットが無いはずのあの場に戻ったと考えるのが自然なので、上記のあれこれを一瞬で考え込んだ上でとりあえず殴ったということかなと。