【税理士が解説】インボイス制度で何が変わる？ファンドの消費税制度

ファンドの消費税とインボイス制度の適用

2021年10月より、インボイス制度（適格請求書等保存方式）の登録申請が開始しました。

インボイス制度の適用予定時期は2023年10月からと先ではありますが、その影響は大きく、様々な業界に波及することが想定されます。当記事では有限責任組合等のファンドにおいて、インボイス制度が与える影響を検討していきたいと思います。

（当記事は2021年10月27日時点で執筆しており、今後制度の変更により取り扱いが変わる可能性があります。）

ファンドの消費税制度

インボイス制度がファンドに与える影響を検討する前に、ファンドの消費税制度について確認します。

ファンド（有限責任組合等）の課税方法は【パススルー課税】と言われ、ファンド自体には課税されず組合員に課税されます。

このため、ファンドが課税取引である「資産の譲渡」又は「課税仕入」を行った場合には、その組合員がそれぞれ資産の譲渡又は課税仕入を行ったことになるとされており、有限責任事業組合の各組合員がそれぞれ納税義務者となります。（消費税法基本通達１－３－１）

ただし、資産の譲渡ないし課税仕入を行った都度、同時に各組合員が消費税を認識することは、実務負担が大きくなります。

このため、各計算期間に行った資産の譲渡ないし課税仕入をまとめて各組合員が消費税を認識することができるとされ、（消費税法基本通達９－１－２８）、実務的にはこちらが利用されます。

具体的には、ファンドの決算報告時にそれぞれの構成員に属する「資産の譲渡等又は課税仕入等」の金額をまとめて報告し、それぞれ各組合員が取り込む形で消費税を認識することになります。

インボイス制度とは

続いて、インボイス制度の概論を確認します。

インボイス制度とは、適格請求書発行事業者が発行する適格請求書（インボイス）に限り、記載されている消費税を仕入税額控除の対象として控除することが出来る制度です。

従来は、仕入税額控除の対象に出来るか否かは、取引が「消費税の課税取引か否か」で判断されました。

すなわち、事業者の請求書の種類に関わらず、消費税が課される課税取引であれば、支払側は消費税を認識することが出来ましたが、インボイス制度が導入された後は、適格請求書発行事業者が発行する適格請求書を有する場合のみ、消費税の支払を認識することが出来る、という取り扱いになります。

すなわち、買い手にとっては適格請求書発行を保有しないと、仕入税額控除ができません。

また、売り手にとっては、適格請求書発行事業者に登録しないと得意先にとって不利な相手先となり、取引が敬遠されることにもなりかねません。

このため、どちらの立場を考えても事業者がインボイス制度に対応することが重要となります。 

インボイス制度がファンドに与える影響

それでは本題の、インボイス制度がファンドに与える影響を検討します。インボイス制度が与える影響について、以下2つの立場で考えていきます。

①ファンドが買い手の場合（課税仕入）
②ファンドが売り手の場合（資産の譲渡）

①ファンドが買い手の場合（課税仕入）

まず、ファンドが買い手の視点から検討します。ファンドには課税仕入として、管理手数料、税理士報酬や弁護士費用などの費用が生じます。

「１．ファンドの消費税」で述べたように、ファンドが課税仕入を行った場合は、その構成員が課税仕入を行ったものとみなされます。

ここで、インボイス制度導入後は、ファンドの課税仕入について、各構成員が消費税を認識するための条件はどのようになるか疑問が生じます。

国税庁のインボイス通達、及びインボイス制度に関するQ&Aによると、インボイス制度導入後は、各構成員が消費税を認識するには、原則としてファンド（有限責任組合等）が各構成員の持分に応じた適格請求書の交付を受けることが必要となります。

しかし、当該取り扱いは負担が大きい為、ファンドが適格請求書を受領・保存し、かつ各構成員の出資金等の割合に応じた課税仕入に係る対価の配分内容等を記載した精算書を構成員に交付することにより、各構成員はその保存をもって仕入税額控除を行うことが出来るとされています。（インボイス制度に関するQ&A問53、インボイス通達４－２）

当該精算書には、仕入税額控除が適格請求書発行事業者によるものか、適用税率は何か、など構成員が必要な消費税情報が明記されていることが必要となります。更に、仕入税額控除の要件として、帳簿に課税仕入の相手方の氏名又は名称及び登録番号の記載が必要となるため、幹事会社と構成員の間で、課税仕入の相手方の氏名又は名称及び登録番号を確認できるようにしておく必要があるとされています。

このように、ファンドの課税仕入に関して仕入税額控除の適用を受けるためには、通常の適格請求書の保存に加え、消費税を適切に構成員に配分した精算書や、課税仕入の相手方の名称や登録番号を構成員に共有する必要があるということになり、課税仕入を受けるための要件は非常に厳しいものとされています。

たとえば、ファンドの負担する税理士報酬や弁護士費用も、適格請求書を保存し、精算書を作成し、その氏名や登録番号を構成員に共有するといった要件を満たした場合に初めて、消費税が仕入税額控除として認められることになります。

GP（業務執行組合員）に支払う管理手数料の消費税も同様と考えられることから、GPが適格請求書登録を失念すると、ファンドの構成員が管理手数料の消費税が認識できず、大きな負担が生じることがありえます。

今後は何かしらの対応がとられるかもしれませんが、現状では、適格請求書の失念が大きな痛手となる可能性があります。

②ファンドが売り手の場合（資産の譲渡）

次は売り手の視点から影響を検討します。インボイス制度導入後は、ファンド自体が発行する請求書についても、適格請求書と認められうるのか疑問が生じます。
　
国税庁のインボイス制度に関するQ&Aによると、ファンドなどの組合に関しては原則、適格請求書発行事業者になれないとされています。

しかし、その組合員の全てが適格請求書発行事業者であること、また税務署長に「任意組合等の組合員の全てが適格請求書発行事業者である旨の届出書」を提出した場合に限り、例外的に適格請求書を発行することが出来るとされています。

なお、適格請求書を発行する場合、発行する請求書には原則として組合員全員の氏名、登録番号を記載することとなります。ただし、

● いずれかの組合員の「氏名又は名称及び登録番号」
● その任意組合等の名称

の記載でも代替できるとされており、実務的にはどちらかが適用されることが想定されます。

このように、ファンドが適格請求書発行事業者になるには組合員の全てが届出を行い、かつファンド自体も届出を行う必要があり、その要件は厳しいものとなっています。

上述の通り、インボイス制度への対応には時間がかかることが想定されます。インボイス制度におけるファンドの対応は、その組合員も含め、事前に十分に準備をしておく必要があるでしょう。

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