ウエスタンブロットの画像トリミング方法

はじめに

ウエスタンブロットを含めた画像データは画像編集ソフトでトリミングを行なった後に，Adbe IllustratorやInkscapeなどのベクター系の描画ツールで作図を行うことが理想である。
Power Pointを用いることで画像データを作成することも出来るが，本来Power Pointはプレゼンテーションツールであり，画像編集のためのツールではない。また，pptファイルにコピーされた画像は画質が著しく低下するので，論文に投稿する画像データの編集にPower Pointを使用することは推奨しない旨の記事がASBMBのサイトにも掲載されている。

https://www.asbmb.org/asbmb-today/science/060117/power-point-not-taken

(Power)Point (not) taken

ここではGFPのウエスタンブロットのデータを参考にトリミングを行う過程を説明する。流れとしては化学発光を検出したバンドイメージ画像のうち切り取りたい場所を指定し，画像中の座標（x，y）とサイズ（幅，高さ）を記録する。今度は可視光で撮影した画像で，yと高さの値はそのままに，幅を画像の全長と等しくした画像を切り出し，この画像を元にバンドイメージに分子量マーカーをつける。

インストールが必要なアプリ

1. ImageJ　(画像のトリミング用)
2. Inkscapeまたは adobe illustrator (作図用)

画像例

1. GFPのウエスタンブロット画像
2. 同じメンブレンのマーカーを可視光で撮影した画像

編集方法
A)バンドイメージのトリミング

1. まずはメンブレンを露光し，Chemiluminescence (化学発光)のバンドイメージと可視光のマーカーイメージ画像をtiffファイルとして保存する。
2. ImageJを使ってバンドの画像を開く。

3. Plugins->Macros-> Record…と選び”Recorder”ウインドウを開く

4. 切り取りたい領域を四角い”Rectangleでえらぶ”
5. 選ぶとRecorderに以下のような選んだ領域の位置とサイズを示す数字がRecorderウインドウに出る

makeRectangle(708, 722, 326, 106);

6. 数値はそれぞれ(ボックスの一番左上頂点のX座標;708，ボックスの一番左上頂点のY座標;722，幅;326，高さ;106）を示している

7. 画像にウインドウを再度に戻り，Image->Cropを選択して指定部分を切り出す。
8. File->Save asで名前をつけてtiffファイルとして保存

B)マーカー写真の同じ高さの部分を取り込む

1. 可視光で撮影したマーカーイメージを開く

2. 選択部分の座標とサイズを指定するためにPlugins->Macros->Interactive Interpreterを選択して実行ウインドウ(“nteractive Interprete”)を開く
3. 先程バンドイメージで指定したパラメータ(708, 722, 326, 106)のうち，最初のX座標を0に，三番目の幅を画像の全幅1830(ウインドウの左上に表示;赤丸で囲んだ部分）に合わせトリミングを実行する

具体的には先程のInteractive interpreterに下記文字列を打ち込む

makeRectangle(0,722,1830,106);

4. トリミングしたバンドイメージと同じ高さの場所に幅が最大のボックスが指定される
5.  先程と同様に，Image->Cropを選択して指定部分を切り出す。

6. File->Save asで名前を付けてtiffファイルとして保存

C)Inkspaceを使った作図例

1. ２枚のトリミングした画像をファイル->インポートで指定し取り込む
2. ２枚の画像を重ね合わせ，バンド画像のどの部分にマーカーが来るかを確認して，アノテーションを付ける

3.分子量や各レーン情報，GFPバンドアノテーションなどを加えた後にpdfファイルとして保存
4.Inkscapeで作成したGFPのウエスタンブロット例：

–完成–