ベストセラーより売れていない本を買ったほうがよい理由

ベストセラーを買うな、ということではありません。お金があれば両方買えばよいと思います。
ただ、もし予算が足りなくてどちらかしか買えない、というなら、ベストセラーより売れていない（というか発行部数の少ない）本をお勧めします。

理由１：物理的に高品質である可能性が高い

一般的に本というものは、発行部数が多いほどモノとしては粗悪になる傾向があります。
図書館で新刊の受入業務をしていても、よくある1300円くらいのベストセラー単行本というのは、ハードカバーとは名ばかりのちゃちなボール紙で、糸綴じでなく接着剤で固めているために背の丸みがすぐつぶれて全体が歪んでしまったり、数年で紙が変色したりして「そんなにコストが惜しいなら最初からハードカバーじゃなくてペーパーバックにしてくれればいいのに」と思うことがあります（修理する立場からは、安手のハードカバーというのはペーパーバックよりめんどうなのです）。
一方「この上質紙で、この綴じで、この美しい装幀で1300円？お買い得！」と思って見ると、地方の小さな出版社で限定300部、みたいな本だったりします。

版元の立場になれば、たとえば１冊300ページの本だとして、1ページあたりのコストを0.1円上げたとすると、限定300部なら9千円のコスト増ですが、300万部だと9千万円にもなってしまいます。これでは「よし奮発してちょっといい紙使っちゃおう」というわけにはなかなかいきません。スケールメリットがあるので多く刷ったほうが安上がりな面はあるとしても限度があります。上質紙をそれだけの量確保するのも難しそうです。
また凝った造本だと機械ではどうしてもできなくて職人の手作業が必要な工程が入ることがありますが、300万部ではそれも不可能です。

理由2：すぐ入手困難になる可能性がある

発行部数が少ない本というのは、買えるときに買っておかないと買えなくなります。そうそう増刷もかからないでしょうし、最悪版元じたいが倒産してしまうかもしれません。
ベストセラーであれば、ほとぼりが冷めれば古本屋の店先にある100円均一のワゴンセールで叩き売られているかもしれませんが、少部数ではそれも期待できません。
私自身、気になる本があったのに「今お金ないからまあいいや」と見送って、数年後にやっぱり欲しくなって探したもののもうどこにも見つからず、古書市場でも価格が高騰していて後悔したことがあります。

理由3：将来価値が上がる可能性がある

理由2で挙げたような事情で、少部数の本は希少価値が出る可能性があります。
べつに転売目的で本を買うわけではなくても、価値が出るに越したことはありません。それは単に金額的な価値という意味ではなく、文化として、また記録として貴重になるかもしれないのです。
図書館員のくせに不吉なことを言うようですが、もし今後図書館の人件費や資料購入費や保存修復の予算がどんどん削減されていけば、未来に向けた本の保存機関としての図書館があてにできなくなる日が来るかもしれません。
コレクターでもないごく普通の読書家の自宅にある本が、この世に残っている最後の1冊、ということもあり得るのです。

ベストセラーを図書館で借りると出版社からよく思われないかもしれないですが、客の立場としてはむしろベストセラーだからこそ買わずに借りて読み、限られた予算を少部数の本に集中投入、という戦略もありだと思います。