【＃49】スパコンさんがノロノロしてる件

研究で遺伝研のスパコンを使って解析を行っているんですが、そのうち初期の段階で３０時間ほど立っても解析が終わらないやつがあってナンジャコリャってなってる次第です。以前はかかっても一晩経てば終わっていたのですが、おそらくForwardとReverseをアセンブルする手間を足したことと、単純にデータ量が大きい（４６０Mbpぐらいで多分１７０G byteぐらい）のが原因かと。計算の際のスロット数を増やすとかもっと早い計算ノードに投げるとか、色々手立てはある。しかし。来週の木曜までに解析を終わらせて先生と面談しなきゃいけないため、インターン中に解析を持ち込まなきゃいけなくなり、ちょっと萎えました。気長に待ちましょうかね・・・