FASTAファイルを染色体ごとに分割するPythonスクリプト：split_fasta.py

2024年12月30日 11:40

FASTAファイルを染色体ごとに分割するPythonスクリプト

NGS解析や遺伝子解析を行う際、FASTAファイルを染色体ごとに分割したい場面が多々あります。そこで、Pythonを使って簡単に染色体ごとにFASTAファイルを分割し、元のディレクトリに出力するスクリプトを作成しました。

このスクリプトは、染色体（または配列）ごとに分割し、以下の形式で出力します：

<元のファイル名>_chr<染色体ID>.fasta

python split_fasta.py /path/to/input.fasta

• 入力ファイル名がgenome.fastaの場合、以下のようなファイルが出力されます：

genome_chrchr1.fasta
genome_chrchr2.fasta
genome_chrchr3.fasta
...