遺伝研〜qlogin時のメモリ増量設定方法~

2024年12月13日 12:44

はじめに

遺伝研ローカル環境での大規模なバイオインフォマティクス解析では、ジョブの実行に十分なメモリを割り当てることが重要です。ここでは、qlogin を使ってインタラクティブジョブを メモリ増量設定 で起動する方法を紹介します。

• qlogin : インタラクティブセッションの起動

• -l s_vmem=30G : スタティック仮想メモリの上限設定 (30GB)

• -l mem_req=30G : 実メモリの要求サイズ (30GB)

qlogin -l s_vmem=30G -l mem_req=30G

• メモリの設定はジョブごとに異なる ため、必要なメモリ量を見積もって適切な値を指定してください。

• 過剰なメモリ要求は他のユーザーのジョブに影響を与える可能性があるため、必要最小限の値を設定しましょう。

• リソースエラーが発生する場合:

エラーが出た場合は、qstat やログファイルを確認して、エラー内容を特定してください。