シーケンスリードのペアを自動検出し、リスト化するPython Program
はじめに
次世代シーケンシング（NGS）データを扱うとき、ペアエンドリードファイルの整理はよくある作業ですが、手作業だと面倒です。そこで、Pythonプログラム を使って、シーケンスリードの first read (R1, _1) と second read (R2, _2) を自動的にペアリングし、絶対パスをタブ区切りのテキストファイルとして出力する方法を紹介します。
機能概要
このプログラムは、次のような機能を提供します:
• 対応ファイル名:
• *_R1* または *_1* ➔ first read
• *_R2* または *_2* ➔ second read
• 出力形式:
• 作業しているディレクトリ名が付いた output_reads.txt ファイルを作成
• タブ区切り形式で first read と second read をリスト化
プログラムのダウンロード
使い方
1. プログラムの保存:
上記リンクからプログラムをダウンロードし、list_reads_to_file.py として保存します。
2. プログラムの実行:
ターミナルまたはコマンドプロンプトを開き、次のように実行してください。
python list_reads_to_file.py /path/to/your/directory出力例:
ファイル名: example_data_output_reads.txt
/path/to/your/directory/sample1_R1.fq.gz /path/to/your/directory/sample1_R2.fq.gz
/path/to/your/directory/R206_EF_1.fq.gz /path/to/your/directory/R206_EF_2.fq.gzおわりに
このPythonプログラムで、NGSデータの整理が効率化されます。手作業のファイル整理から解放され、データ解析のワークフローがスムーズに進むはずです。ぜひお試しください！
#Python #NGS解析 #シーケンス解析 #バイオインフォマティクス #Pythonプログラミング #自動化 #データ解析 #研究者のツール #Genomics #次世代シーケンシング #NGSデータ整理 #コードスニペット #Python開発 #プログラム共有