BRAKER3

はじめに

BRAKER3 は RNA-Seq やプロテオームデータを用いた遺伝子予測で非常に有用なツールです。しかし、使用中に環境設定やライセンスファイルの問題でエラーが発生しやすい箇所があります。その代表例が GeneMark の設定です。この記事では、brakerの基本的なコマンド、.gm_key ファイルに関連する問題とその対処方法について解説します。

BRAKER3の基本的な動かしかた

braker.pl \
    --genome=<基準配列のfastaファイル> \
    --bam=<トレーニング用のbamファイル> \
    --threads=<任意のスレッド数> \
    --species=<使用する生物種名>

GeneMark とは？

GeneMark は BRAKER3 の中で重要な役割を果たす遺伝子予測アルゴリズムを提供します。GeneMark を使用するには、ライセンスキー（.gm_key）が必要です。このファイルが適切に設定されていないと、エラーが発生します：
以下のページでプログラムと一緒に忘れずに.gm_keyをダウンロードしましょう。
Please downloadってところを2箇所クリックする。

2. .gm_key の配置場所が間違っている

.gm_key ファイルは、デフォルトでホームディレクトリ（~/.gm_key）に置く必要があります。以下の手順で適切に配置してください：

mv /path/to/downloaded/gm_key ~/.gm_key
chmod 600 ~/.gm_key

最終的なアウトプットファイル

BRAKER3 では、braker.gtfという名前のGTFファイルがbrakerというディレクトリ内に最終的に出てきます。

おわりに

GeneMark の設定ミスは BRAKER3 を使用する際の最も一般的なエラーの一つですが、適切に設定すれば問題なく動作します。この記事で紹介した内容を参考にして、効率よく BRAKER3 の解析を進めてください。