三流大学卒と三流高校卒能力があるのはどちらか？

三流大学卒と三流高校卒では私の勝手な考えですが、まだ三流大学卒の方が能力があると思います。
その理由は大学生ならばどのような大学でも多くの方が新卒時の就職活動を経験しているからです。（理系の教授推薦がある人などはすぐに決まる可能性もありますが。）

就職活動はカモフラージュのゲーム

私が考える就職活動は「以下に自分をよく見せるか」「自分をどのようにうまく偽るか」のゲームだと思います。
自分をよく見せるためにはたくさんの企業にエントリーして面接や履歴書を書き、SPI対策をして、さらに面接を受けて場数を踏みどのようにすれば相手に好印象を与えるのか文書や見た目を研究しなければならないでしょう。

三流高校で就職試験を受けた方は1～2社で決まる可能性が高いですが、三流大学で就職活動をするとそれなりに厳しく、数十社は受けることになるでしょう。
その三流高校卒と三流大学卒ではこれ以外には能力値自体の差はないと思うので、新卒就活の経験が長い目で見ると大きな差になっていくのではないでしょうか？