Zotero + Zotfile + Dropboxで文献管理
やったこと
今までは、DropboxにリネームしたPDFを入れてからそのPDFをZoteroに入れて文献管理していた。この2重ステップを避けるためにZotfileというアドオンを使う。結果、Zoteroに未リネームの論文を入れてからZotero上で自動リネーム&Dropboxに保存させることができた（別にDropboxじゃなくてもiCloudやGoogle Driveとか好きなクラウドサービス使える。ただ、特にiCloudは同期が遅くてイライラするのでおすすめしない。）
現在の運用
PCを使って論文をダウンロード
DOIが簡単に見つかるときは、ZoteroでDOI入力→PDF紐づけ
簡単に見つからないときは、PDFを単に突っ込んで祈る
論文情報を入手してくれないときは手で打つZoteroを経由してDropboxに論文を保存
「Years_Author 1_Author 2_Journal name」のようにリネームされるiPadのPDF Expertを使ってDropbox上のその論文を読む
PDF Expertで書き込むと、PDFファイル自体が編集される
PDF Expert上で同期フォルダをiPad内に作ると、Dropbox上のオリジナルファイルは無編集で、iPad上のファイルは書き込みありみたいにもできるPC上ではPDFelementを使って論文を読む
ZoteroタブとPDFタブが独立になるので、デスクトップ上のZoteroタブ、最大化されたPDF、みたいに運用しやすい
PDFelement上でマーカーしたりメモするとDropbox上のPDFファイルそのものが編集される（ZoteroのPDFリーダーだと、そういったメモはZotero上にしか残らない。つまり、PDFファイル自体は編集されない）
使うもの
やりかた
Zotfileを http://zotfile.com/ からダウンロード
Zotero上で「ツール→アドオン→右上の歯車→Install Add-on From File」でZotfileをインストール
「ツール→Zotfile Preference」
「General Settings」の、「Source Folder for Attaching New Files」をDropbox内の任意のフォルダーにする (eg. zotero)
「General Settings」の、「Location of Files」を先程のファイルにする (Dropbox\zotero)
iCloudに設定すればiCloudでも同じことできる
「Renaming Rules」でリネームルールを決める (eg. 「{%y}_{%a}_{%j}」「Delimiter between multiple authors: -」「Replace blanks」とすると、「Year_Author1-Author2_Journal」というようにPDFがリネームされる)
「縦棒 | 」で if文を作れる、たとえば「{%y}_{%a}_{%j | %T}」だと、ジャーナルの名前が空の場合、アイテムのタイプ（Bookとか）が出力される
自分は「{%y}{%a}{%j | %T_%t}」みたいにしてる。ジャーナル論文だとジャーナル名が、それ以外だとアイテムタイプとタイトル名を出力させてる
「Delimiter between multiple authors」を、"_and_"にすると「Alice_and_Bob」みたいにできる
使用方法の例
PDFファイルをダウンロードしてZoteroに突っ込む or ブラウザ拡張機能「Zotero Connector」を使う (文献のWebサイトに行きアイコンをクリックするとPDFと文献データがZoteroにアップロードされる)
タイトル・著者・ジャーナルが正しく識別されたらOK
されなかったら自分で手入力 (プラスマーク→学術論文とかを使って)
もしくはdoiとか打ち込んでから論文を作られた欄に突っ込む（しばらく知らなかったけどこれが最も便利かも、確実だし）
「右クリック→Manage Attachment (下の方)→Rename and Move」
これで先程選んだDropbox上のフォルダー (eg. zotero) にリネームされた論文が保存される
論文の読み方の例
PCを使って論文をダウンロード
Zoteroを経由してDropboxに論文を保存
iPadのPDF Expertを使ってDropbox上のその論文を読む
不満点
現状よりは良くなったが、結局「Zotero→Manage Attachment」という2重ステップのままになってしまった。理想は「Zoteroに突っ込んだ瞬間にリネームされたファイルがDropboxに保存される」「Dropboxに保存した論文が自動でZoteroで管理される」だけど、どうやるのかさっぱりわからない
あと、Macだけかもしれないけどフルスクリーン表示に対応するショートカットがないっぽくて不満（追記：設定でPDFリーダーを変更できるので、PDFリーダーをPDFelementにすることで一応解決した）
[追記] Zululoで「Rename and Move」キーボードショートカットを割り当てることで、「Zoteroに突っ込んだ瞬間に（Zoteroがうまく論文情報を見つけられれば）ほぼ一瞬でリネームしてDropboxに保存」はできるようになった
[追記] ショートカットがうまく起動しないときが結構あり、その度にZoteroアプリを再起動しないと直らないので面倒くさい
その他
ショートカットキーとか
新しいアイテムを追加: Cmd + Shift + N
論文を新しいウィンドウで開く: Shift + Enter (or Shift + Double-click)
Show file (PDFが保存されている元ファイルに行ける)
Move tab (開いているタブを新しいウィンドウで開く、便利だけどしばらく知らなかった)
Duplicate tab（開いているタブを複製する）
Zutiloで以下の独自ショートカットを作った
Rename and Move: Cmd + R
Duplicate item: Cmd + D
Macだと？
同じようにできる
この記事とか参考になると思う
他のPCと連動させる（便利）
同じリネームルールによってリネームされたファイルを、参照フォルダ (eg. /Dropbox/zotero) に入れればzotero上でPDFを開けるようになる
なので他のPCを使っているときでも、同じルールでリネームしたファイルを自分のDropboxへ突っ込めば自分のPC上でもzoteroは対応してくれる
禁断の拡張機能？
doiを打つだけで自動で論文を某hubからダウンロードしてくれる拡張機能があるとかないとか
新バージョンのβ版
バージョン7のβ版が以下のリンクから入手可能
既存版とベータ版は両立可能なので安心して試せる（両方同時には開けない）
ベータ版の特徴（Mac）
未だに「コマンド＋コントロール＋F」で画面最大化ができない
Zotfileで出来ていた「Rename and Move」ができない気がするので不便