M2 MacにAutoDock vinaを入れる方法と実行

Homebrewを設定したMac Bookに、以下のものをインストールする。（入っていなかったもののみで良い。）

$ brew list　# ここで入っていないものを探す。以下はインストールする方法

$ brew install boost 

$ brew install wget

$ brew install git

以下のリンクからAutoDock vinaをダウンロードする。

Downloads

$ mv autodock_vina_1_1_2_mac_catalina_64bit vina　＃名称変更
$ chmod +x vina #実行権限を与える

Homebrew設定の時にパスを通した前提で。。

$ mv vina /opt/homebrew/bin
$ which vina
/opt/homebrew/bin/vina

$ vina

vinaを入力すると、長ーい説明見たいのが出てきます。それが出てくればOK。
vinaのコマンドオプションは、見ての通り、vina --**となっています。

あとは、以下のサイトを参考にして、行う。

config.txtに以下の情報を書き込む

receptor= rigid.pdbqt
ligand= ligand.pdbqt
flex = flexible.pdbqt

center_x = -0.217
center_y = 0.772
center_z = 1.284

size_x = 126
size_y = 126
size_z = 126

energy_range= 4
exhaustiveness= 8

num_modes = 100 
out = output.pdbqt 
log = result.txt

これで、以下のコマンドを打てばvina実行できます。

$ vina --config config.txt