M2 MacでAutoDockToolsを入れる方法（備忘録）

cinnamon

AutoDockToolsをダウンロード

まずAutoDockToolsのサイトに入り、ダウンロードする。
https://autodocksuite.scripps.edu/adt/
リンクをコピーして、入れたいディレクトリ内で以下のコマンドを打つ。AutoDockToolsというディレクトリを作ってその中にダウンロードすることをお勧めします。
（以下のリンクではない可能性があるので注意してください）

$ mkdir AutoDockTools
$ cd AutoDockTools
$ wget https://ccsb.scripps.edu/download/529/
$ tar -zxvf ./mgltools_1.5.7_MacOS-X.tar.gz

解凍したフォルダに入り、インストールする

$ cd mgltools_1.5.7_MacOS-X
$ ./install.sh

./install.shしても”開発元が検証できないため〜”みたいなのが出てきてしまったので、Gatekeeperを一時的に無効にすることでインストールができました。(この解決策はchatgptに頼りました。)

Gate keeperを一時的に無効にする

$ sudo spctl　--master-disable

sudoはsuperuser doのことで、他のユーザー権限でコマンドを実施することです。パスワードを聞かれるので、mac PCにログインするときのパスワードを打てばできるはずです。
もう一度インストールをする。

$ ./install.sh

私はこれでできるようになりました。Gatekeeperを無効にするとセキュリティリスクが高いので必ず戻しておきます。

$ sudo spctl　--master-enable

インストール後には、pmv, adt, vision, cadd, pythonshのPATHを通しておきます。

$ vi ~/.bashrc

空白のテキストが出てきます。そこで英数入力の状態で、編集”i”を押す。
insertモードになったら、以下のものを入力してください。ディレクトリ構成などは１例です。

export PATH=/home/AutoDockTools/mgltools_1.5.7_MacOS-X/bin:$PATH 
alias pmv='/home/AutoDockTools/mgltools_1.5.7_MacOS-X/bin/pmv' 
alias adt='/home/AutoDockTools/mgltools_1.5.7_MacOS-X/bin/adt' 
alias vision='/home/AutoDockTools/mgltools_1.5.7_MacOS-X/bin/vision' 
alias cadd='/home/AutoDockTools/mgltools_1.5.7_MacOS-X/bin/cadd' 
alias pythonsh='/home/AutoDockTools/mgltools_1.5.7_MacOS-X/bin/pythonsh'

XQuartzのダウンロードとインストール・不具合の対処法

XQuartzのサイトに行き、ダウンロードする。
https://www.xquartz.org
ダウンロードしたものをクリックして進めていくと、インストールできる。インストールできていれば、「アプリケーション」の中に入っているはずです！
でも、まだXQuartzは使えません！
私のmacPCではHomebrewをインストールしているので、早速AutoDockToolsとXQuartzを繋げる「socat」をインストールします。できたら、XQuartzが開けるはず….!!?

$ brew install scout
$ open -a XQuartz

私の場合、アイコンがDockに出てきて、飛び跳ねて３０秒ぐらいしたら消えるという事案が発生しました。恐らく、不具合だとは思われますが。。

もうダメだと思い、諦めて一回Windows PCでAutoDockToolsを使って実行しました。しかし、pdbqtファイルなどデータ移行が面倒でやめました。やっぱりmac１台がいい！！　模索に１週間。。
旧twitterを回ってみていたら、~/.xinitrcが原因だったようで、編集する必要がありました。

https://twitter.com/sugargroove/status/1436299499752755201?s=61&t=uHpvSn90oeAOHMfhVgVZxg

$ vi ~/.xinitrc

先ほどと同じように編集モードにしてから、以下のものを入力します。（これもchatgptに頼りました）

#!/bin/bash
xterm &
exec quartz-wm

これで保存して、実行権限を与えます。

$ chmod +x ~/.xinitrc

ようやくXQuartzが起動できます。

$ open -a XQuartz

コマンドを実行すると、XQuartzのターミナルが出てきます。XQuartzのターミナルに以下のコマンドを打つと、AutoDockToolsが起動できます！！！

$ adt


PCシャットダウンしてXQuartzを起動すると

なぜか開けず、。どうしようもなかったので、アンインストール→再インストールして、起動することができた。要因がわからず。。。

Macの電源を切ると開くことができないので、毎回落としては再インストールする。。対処法が欲しい。

参考にした記事です。


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