新型コロナ - 都道府県別 Rt (3)

今日のMusic : Underworld & Eric Prydz

前回の記事で都道府県別のRt(実行生産数)を求めたが、loopで全て自動的に作ってみる。

方法1：shell script で 都道府県名を python に指定し、shell を走らせる方法。ここを参考に。
方法2：python 内に loop を書く方法。←今回はこちら。

要点だけ書く。

1. How

[2] 今日の日付でoutput file用のdirectoryを作成。 

[6] output fileを(alphabetではなく)北からの順にすると便利なので j で１から順をつける。あとのplotするloopで i が使われているのでここでは j とする。dirname は上で指定している。 

2. Run

Jupyter notebook から *.py にdownload/saveし、走らせる。

$ python3 pl_all.py > out.log

でも良いが私はいつも

$ python3 pl_all.py | tee out.log &

で python と tee を | で pipe し、&で背景で走らせる。stdout が表示され、かつout.logにもlogを書き出せるので何が起こっているか確認でき便利。

3. Outputs

上で指定した今日の日付の output directory にはこれらのファイルが置かれてくる。 

Rt の図と model の図 (*_m.png) を save する。タイトル図(東京)に対しモデルの各 step 図は以下。

後の check 等で必要かもしれないので、result tableもcsvで書き出しておく。

4. Job

mac のactivity monitorで4つのCPUが走っているのがわかる(下の図の真中)。これは GenerativeModel の sample を見ればわかるが PyMC3を走らせる時、4つの (Markov) chain を4つの (CPU) coreで走らせる指定をしているため。