能登半島沖不審船事件1999
1999年（平成11年）能登半島沖不審船事件発生。
3月18日
北朝鮮の諜報員が使用する無線局「A-3」に変化が発生。
この兆候は、電波による情報活動（シギント）を任務とする自衛隊の情報本部電波部、警察庁警備局の外事技術調査官室（通称「ヤマ」）などによって傍受されたものとみられている。
3月19日
北朝鮮・清津にある工作船基地から工作船が出航した旨の衛星情報が在日米軍司令部経由で情報本部に寄せられた。
3月21日22時ごろ
日本海の能登半島東方沖の海上から不審な電波発信が続けられているのを各関係機関が一斉に傍受した。さらに、深夜には「A-3」にも異常がみられたという。これらの情報を踏まえ、3月22日15時に海上自衛隊舞鶴基地から護衛艦「はるな」（第3護衛隊群・直轄艦）、「みょうこう」（第3護衛隊群所属）、「あぶくま」（舞鶴地方隊所属）が緊急出港した。
法的根拠は防衛庁設置法に基づく「調査・研究」とした。
同時に警察庁警備局外事課から日本海側各県の警察に対して沿岸部の警戒強化を呼びかける「KB（KOREAN-BOAT）参考情報」が発せられた。
海上警備行動ごっこ
高価な護衛艦を持ちながら、隊員の教育訓練もせず装備も持たない 120％無能な烏合の衆が出港し、最も恥ずべきは取り逃がした（お帰りいただいた）事実
自衛隊の主たる任務は、日本の平和と独立を守ることです。
平素から警戒監視態勢を維持するとともに、教育訓練によって自衛隊の能力を高めて、各種事態の発生を未然に防止すること。
3月23日
海上自衛隊八戸航空基地から飛び立って海上を捜索していたP-3C対潜哨戒機が、23日6時42分、佐渡島西方18キロの日本領海内に「第一大西丸」と記された船を発見。9時25分、能登半島東方64キロに「第二大和丸」と記された船を発見した。
不審点
・漁船にしてはアンテナが多い。
・甲板上に漁具が見えない。
・煙突の横から排煙が出る。
・船名表記が簡単な手書き。
・船尾に旗章を掲揚していない。
・新潟沖なのにHG（兵庫県）で始まる漁船登録番号。
・船尾の観音開き扉。
船名を漁協に問い合わせたところ、第一大西丸は既に廃船、本物の第二大和丸は兵庫県沖で操業中である事が判明し、海上自衛隊による追跡が始まった。また、航空自衛隊が情報収集のため、三沢基地所属のE-2C早期警戒機を海域上空に派遣した。
海上保安庁
11時30分に海上保安庁新潟航空基地を飛び立ったS-76Cヘリコプター「らいちょう1号」は、不審船を写真撮影するとともに船舶電話を使って朝鮮語、英語、日本語による呼びかけを行ったが、不審船からは何の反応もなかった。海上保安庁では、特殊警備隊（SST）を大阪からヘリコプターで「ちくぜん」に搬送し、待機させた。巡視船艇が威嚇射撃した際、SSTは不審船を停船させて小型ボートで突入し、工作員を逮捕するなどして制圧する計画だったという。日没前には「はるな」艦載ヘリが不審船を撮影し、航空自衛隊小松基地に着陸して防衛庁へ画像を伝送。
海上保安庁は、巡視船艇15隻および航空機12機を動員し、追跡は夜までおよんだが不審船は停船せず、挑発するように逃走を続けた。
18時10分には首相官邸別館にある危機管理センターに官邸対策室が設置された。
19時になると不審船は24ノットに増速、19時30分には28ノットとなったため、巡航速度が不審船に比べて遅いPC型の「はまゆき」「なおづき」が引き離され始めた。その報告を受けると、川崎二郎運輸相は威嚇射撃を許可し、第九管区海上保安本部（新潟）に通知した。
20時過ぎ、第九管区海上保安本部長が海上保安庁法第二十条に基づく威嚇射撃を指示。
護衛艦「みょうこう」から照らされたサーチライトが光る中、20時頃より海保「ちくぜん」が「第二大和丸」の傍の海上に向かって20mm機関砲で曳光弾50発を発砲、1953年のラズエズノイ号事件以来46年ぶりとなる威嚇射撃を行った。
20時24分と21時1分ごろには、海保「はまゆき」も13mm機銃で計195発を射撃した。また、「第一大西丸」に対しても、海保「なおづき」が9丁の64式小銃で1,050発（うち曳光弾が500発）もの威嚇射撃を行った。不審船は威嚇射撃に反応したためか、35ノットに増速して逃走。
巡視船トンズラする
燃料不足もあって「はまゆき」「なおづき」は追跡を断念、20時14分には「第一大西丸」、21時12分には「第二大和丸」が巡視船のレーダー探知距離外に離脱した。
「第一大西丸」は護衛艦「はるな」のみの追跡となった。
官邸対策室ではこれを受けて海上警備行動発令へと傾いたが、再検討の結果、官邸は追跡打ち切りの方向へと向かっていた。
警察
日本海側の各警察に出されていた「KB参考情報」は、さらに重要度が高い「KB情報（例の不審船は明らかに北朝鮮工作船である。警察は沿岸地域を厳重に警戒せよ）」に変更される。警察は、人気のない海岸での工作員の密入国や、「土台人」が工作員を待ち受けたりしないよう、海岸沿いの警戒を強化した。
「第一大西丸」は、一時的に追手との距離が開いたために、日本側が追跡を断念したと見たのか、23時47分に突然停止。
その報告を受けて野呂田芳成防衛庁長官は海上警備行動の発令を決断した。（海甲行警命第16号。11.3.24 0050）
吉川榮治第3護衛隊群司令（後に海上幕僚長）に現場指揮が命令され、第2航空群に爆弾投下命令が出された。
亡国のイージス「みょうこう」をはじめとする各護衛艦は、海上自衛隊発足以来初のROE（交戦規定）となる野呂田防衛庁長官名の命令書「部隊の取るべき措置標準」を受け取り、はるな及びみょうこうは2隻に対して無線及び発光信号にて停船命令を実施、その後1時19分から4時38分にかけて搭載速射砲で25回35発（みょうこうが第二大和丸に対し13回13発、はるなが第一大西丸に対し12回22発、砲側射撃）の警告射撃を実施した。3時20分から5時41分にかけ、上空から八戸のP-3C 3機が、巨大な水しぶきにより水の壁を作り、水の力で不審船を停船させるため、150キロ対潜爆弾12発（のべ3回各機4発ずつ）を投下する警告爆撃を行った。上空には海上自衛隊岩国航空基地所属のEP-3電子戦機と在日米海軍のP-3CとEP-3も飛来していたが、航空自衛隊には警備行動への参加が発令されず、P-3Cと監視中だったE-2C早期警戒機は、護衛の戦闘機無しで不審船上空を飛びまわった。そのため、爆弾を搭載したP-3Cが現場に到着すると、不審船からの地対空ミサイルによる攻撃を防ぐため、現場判断で、爆弾投下を行うP-3Cと不審船の間に、監視目的で飛行していた無防備のE-2C僚機が割り込み、命懸けで盾となる飛行を行うなどの混乱が起きた。
防空識別圏境界が近づくと、ロシア政府から不審船追跡におけるロシア側海域通過の許可が下りた。同時にロシア側による不審船追跡が開始され、ロシア側からも停船命令が発せられた。後にロシア側の責任者は「この不審船が、もしもロシア領海に侵入していれば、即座に撃沈するつもりだった」と語っている。
護衛艦「みょうこう」
艦長命令により、航海長伊藤祐靖（当時1尉）を指揮官とする臨検部署（戦時国際法の海戦法規に基づく行為）が臨時に発令され、臨検要員を選出、艦内に備え付けの64式7.62mm小銃と9mm拳銃が配られた。海上自衛官は、全員が小銃や拳銃の射撃訓練を受けているが、テロ対策に必須の技術であるCQB（近接戦闘）やCQC（近接格闘）に精通する者は皆無であり、また護衛艦には防弾チョッキすらなく、代わりに隊員の持ち込んだ漫画本を胴体にガムテープでぐるぐる巻きにして対処するほかなかった。また、護衛艦「はるな」に於いても臨検部署が発令される中、第1分隊（砲雷科）が、不審船の進路上に割り込んで網（体験航海時の緑色の転落防止ネット）を投下し、海面に漂わせて不審船のスクリューに絡ませようとしたが、回避され失敗した。
臨検命令を実行せず、取り逃す
不審船はその後も高速で逃走し、3時20分に「第二大和丸」が、6時6分に「第一大西丸」が防空識別圏を越えたため追跡を断念した。
25日の朝7時ごろに清津への入港が確認され、15時30分をもって実効性のない海上警備行動は終了した。
取り逃がしたことにより機密情報や禁輸品の密輸、日本人が拉致され連れ去られた可能性もある。
海保・海自ともに臆病者・能無し・税金泥棒と批判も受けた。
また、北朝鮮には腰抜けと笑われたでしょうね
この教訓を契機に海上自衛隊が特殊部隊創設を決定する。
護衛艦ごとに臨検を任務とする立入検査隊（立検隊）が編成され、防弾チョッキ等の装備も整えられた。
12月：横須賀基地内に編成準備室が発足する。
取り逃がした伊藤祐靖は、特別警備隊準備室に異動した。
未来予知して命令違反したのに、棚ぼた？ 焼け太り？ 美談か
2000年（平成12年）2月～3月
江田島第1術科学校にて、前年に選抜された基幹要員が招聘したイギリス海兵隊の特殊舟艇部隊（SBS）教官から基礎訓練を受ける。
2001年（平成13年）3月27日
江田島基地において開隊。
6月20日より約1ヶ月間、江田島にてアメリカ海軍ネイビーシールズの特殊戦グループ1（NSWG-1）から訓練を受ける。
12月22日：奄美沖で九州南西海域工作船事件発生。日本国政府から出動待機命令発令。出動体制に入るが、その前に不審船が自沈した為、初出動にはならなかった。
2001年に海上保安庁法の改正が行われた。この改正では第20条2項において、一定の条件に限って、巡視船などが、停船命令を無視して逃走・抵抗する船舶に対して射撃し乗員に危害を加えても、海上保安官の違法性が阻却されることが明定された。
2001年に発生した九州南西海域工作船事件においては、不審船は自爆し沈没した。
特別警備隊員は、任務の特殊性故に独自の装備品が支給されている。
特別警備服装（顔面覆又は作業帽（准海尉以上は冬略帽）若しくは立入検査帽、特別警備服、特別警備服上衣、特別警備手袋、特別警備靴、特別警備き章、略章）がその着用品とされている。